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- PDB-5de2: Structural mechanism of Nek7 activation by Nek9-induced dimerisation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5de2
タイトルStructural mechanism of Nek7 activation by Nek9-induced dimerisation
要素
  • Serine/threonine-protein kinase Nek7
  • Serine/threonine-protein kinase Nek9
キーワードTRANSFERASE / Protein kinase / mitosis / protein-protein interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of NIMA Kinases NEK9, NEK6, NEK7 / NEK6-subfamily protein kinase / Activation of NIMA Kinases NEK9, NEK6, NEK7 / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / cellular response to potassium ion / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / positive regulation of telomere maintenance / microtubule organizing center / protein kinase activator activity / spindle assembly ...Activation of NIMA Kinases NEK9, NEK6, NEK7 / NEK6-subfamily protein kinase / Activation of NIMA Kinases NEK9, NEK6, NEK7 / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / cellular response to potassium ion / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / positive regulation of telomere maintenance / microtubule organizing center / protein kinase activator activity / spindle assembly / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / regulation of mitotic cell cycle / molecular function activator activity / spindle pole / mitotic cell cycle / microtubule / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein phosphorylation / cell division / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / protein kinase binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase Nek9, catalytic domain / : / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...Serine/threonine-protein kinase Nek9, catalytic domain / : / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase Nek9 / Serine/threonine-protein kinase Nek7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Haq, T. / Bayliss, R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UKC24461/ A12772 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Mechanistic basis of Nek7 activation through Nek9 binding and induced dimerization.
著者: Haq, T. / Richards, M.W. / Burgess, S.G. / Gallego, P. / Yeoh, S. / O'Regan, L. / Reverter, D. / Roig, J. / Fry, A.M. / Bayliss, R.
履歴
登録2015年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase Nek7
B: Serine/threonine-protein kinase Nek7
C: Serine/threonine-protein kinase Nek9
D: Serine/threonine-protein kinase Nek9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7714
ポリマ－75,7714
非ポリマー00
水18010
1
A: Serine/threonine-protein kinase Nek7
C: Serine/threonine-protein kinase Nek9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8862
ポリマ－37,8862
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14310 Å2
手法PISA
2
B: Serine/threonine-protein kinase Nek7
D: Serine/threonine-protein kinase Nek9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8862
ポリマ－37,8862
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area830 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area14110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.120, 88.120, 155.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase Nek7 / Never in mitosis A-related kinase 7 / NimA-related protein kinase 7


分子量: 35654.113 Da / 分子数: 2 / 変異: Y97F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEK7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8TDX7, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド Serine/threonine-protein kinase Nek9 / Nercc1 kinase / Never in mitosis A-related kinase 9 / NimA-related protein kinase 9


分子量: 2231.525 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: Q8K1R7, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.56 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: The composition of the reservoir buffer was: 0.2M Potassium thiocyanate, 0.1M Bis-Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→54.48 Å / Num. obs: 18228 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 82.82 Å2 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 2.78→2.85 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.964 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.1精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WQM

2wqm


解像度: 2.78→54.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9263 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU R Cruickshank DPI: 1.944 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 2.103 / SU Rfree Blow DPI: 0.342 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.347
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2535 929 5.11 %RANDOM
Rwork0.2059 ---
obs0.2083 18191 99.92 %-
原子変位パラメータBiso mean: 66.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7315 Å20 Å20 Å2
2---0.7315 Å20 Å2
3---1.463 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.351 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.78→54.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4442 0 0 10 4452
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0094546HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.026145HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1595SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes107HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes654HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4546HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.44
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.63
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion578SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5048SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.78→2.95 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2963 161 5.53 %
Rwork0.2418 2752 -
all0.2446 2913 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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