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- PDB-5de1: Crystal structure of human IDH1 in complex with GSK321A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5de1
タイトルCrystal structure of human IDH1 in complex with GSK321A
要素Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
キーワードOxidoreductase/Oxidoreductase Inhibitor / IDH1 / allosteric inhibitor / NADP+ / Oxidoreductase-Oxidoreductase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / 2-oxoglutarate metabolic process / NADP metabolic process ...Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / 2-oxoglutarate metabolic process / NADP metabolic process / glyoxylate cycle / response to steroid hormone / female gonad development / peroxisomal matrix / tricarboxylic acid cycle / glutathione metabolic process / Peroxisomal protein import / NAD binding / peroxisome / tertiary granule lumen / NADP binding / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / response to oxidative stress / cadherin binding / Neutrophil degranulation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-59D / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Concha, N.O. / Smallwood, A. / Qi, H.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: New IDH1 mutant inhibitors for treatment of acute myeloid leukemia.
著者: Okoye-Okafor, U.C. / Bartholdy, B. / Cartier, J. / Gao, E.N. / Pietrak, B. / Rendina, A.R. / Rominger, C. / Quinn, C. / Smallwood, A. / Wiggall, K.J. / Reif, A.J. / Schmidt, S.J. / Qi, H. / ...著者: Okoye-Okafor, U.C. / Bartholdy, B. / Cartier, J. / Gao, E.N. / Pietrak, B. / Rendina, A.R. / Rominger, C. / Quinn, C. / Smallwood, A. / Wiggall, K.J. / Reif, A.J. / Schmidt, S.J. / Qi, H. / Zhao, H. / Joberty, G. / Faelth-Savitski, M. / Bantscheff, M. / Drewes, G. / Duraiswami, C. / Brady, P. / Groy, A. / Narayanagari, S.R. / Antony-Debre, I. / Mitchell, K. / Wang, H.R. / Kao, Y.R. / Christopeit, M. / Carvajal, L. / Barreyro, L. / Paietta, E. / Makishima, H. / Will, B. / Concha, N. / Adams, N.D. / Schwartz, B. / McCabe, M.T. / Maciejewski, J. / Verma, A. / Steidl, U.
履歴
登録2015年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Database references
改定 1.22015年10月28日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
B: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6306
ポリマ－93,1402
非ポリマー2,4904
水2,864159
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6600 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area34740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.726, 82.726, 303.639
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic / IDH / Cytosolic NADP-isocitrate dehydrogenase / IDP / NADP(+)-specific ICDH / Oxalosuccinate decarboxylase


分子量: 46569.980 Da / 分子数: 2 / 変異: R132H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDH1, PICD / Cell (発現宿主): Sf9 cells
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O75874, isocitrate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-59D / (7R)-1-(4-fluorobenzyl)-N-{3-[(1S)-1-hydroxyethyl]phenyl}-7-methyl-5-(1H-pyrrol-2-ylcarbonyl)-4,5,6,7-tetrahydro-1H-pyrazolo[4,3-c]pyridine-3-carboxamide / GSK-321


分子量: 501.552 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H28FN5O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.89 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 18-23% PEG3350, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 7.0, 10mM NADP+

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月16日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→30 Å / Num. obs: 51200 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 1.005 / Net I/av σ(I): 29.694 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 433207
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.25-2.338.60.71350051.005100
2.33-2.428.60.52750181.002100
2.42-2.538.60.37250241.002100
2.53-2.678.60.26150711.002100
2.67-2.838.60.17350351.004100
2.83-3.058.60.1350681.005100
3.05-3.368.50.0950971.014100
3.36-3.858.50.05251471.002100
3.85-4.848.20.0552191.00499.7
4.84-307.80.03355161.00699.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 4L04

4l04


解像度: 2.25→29.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / WRfactor Rfree: 0.2647 / WRfactor Rwork: 0.2292 / FOM work R set: 0.8047 / SU B: 12.86 / SU ML: 0.162 / SU R Cruickshank DPI: 0.2742 / SU Rfree: 0.2174 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.274 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2579 2589 5.1 %RANDOM
Rwork0.2203 ---
obs0.2222 48511 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 96.75 Å2 / Biso mean: 50.448 Å2 / Biso min: 27.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.5 Å2-0 Å2
3----1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→29.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6235 0 170 159 6564
Biso mean--51.43 47.99 -
残基数----799
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0196549
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026118
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9511.9778874
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.659314071
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0795793
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.94724.807285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.538151110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.61526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0490.2966
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.027443
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021525
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9313.9083190
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9313.9073189
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6595.8493977
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.31 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 203 -
Rwork0.273 3488 -
all-3691 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)詳細Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7834-0.2495-0.37610.10830.01960.7039-0.05-0.0085-0.06910.00980.0069-0.02040.09040.02080.04310.0830.0183-0.05360.0093-0.03840.1881Chain A and Chain B-33.1662.579-14.716
20.86430.12070.37420.333-0.21260.4059-0.04050.04280.07190.0085-0.0291-0.0552-0.04140.02810.06970.05030.0048-0.02810.0336-0.00460.1548-29.3819.38818.718
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 414
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 413

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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