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- PDB-5dcp: Crystal structure of the human filamin B Ig-like domains 16-17 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dcp
タイトルCrystal structure of the human filamin B Ig-like domains 16-17
要素Filamin-B
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / CYTOSKELETON / ADHESION / IMMUNOGLOBULIN-LIKE / ACTIN BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell morphogenesis / keratinocyte development / brush border / skeletal muscle tissue development / stress fiber / phagocytic vesicle / ISG15 antiviral mechanism / cellular response to type II interferon / Z disc / actin filament binding ...epithelial cell morphogenesis / keratinocyte development / brush border / skeletal muscle tissue development / stress fiber / phagocytic vesicle / ISG15 antiviral mechanism / cellular response to type II interferon / Z disc / actin filament binding / actin cytoskeleton / actin binding / actin cytoskeleton organization / cell cortex / cadherin binding / focal adhesion / neuronal cell body / signal transduction / RNA binding / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Filamin family / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain ...Filamin family / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Seppala, J. / Pentikainen, U. / Ylanne, J.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Skeletal Dysplasia Mutations Effect on Human Filamins' Structure and Mechanosensing.
著者: Seppala, J. / Bernardi, R.C. / Haataja, T.J.K. / Hellman, M. / Pentikainen, O.T. / Schulten, K. / Permi, P. / Ylanne, J. / Pentikainen, U.
履歴
登録2015年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年4月11日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_wavelength_list
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Filamin-B
B: Filamin-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4982
ポリマ－37,4982
非ポリマー00
水19811
1
A: Filamin-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7491
ポリマ－18,7491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Filamin-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7491
ポリマ－18,7491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.620, 80.620, 118.016
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321

-
要素

#1: タンパク質 Filamin-B / FLN-B / ABP-278 / ABP-280 homolog / Actin-binding-like protein / Beta-filamin / Filamin homolog 1 / ...FLN-B / ABP-278 / ABP-280 homolog / Actin-binding-like protein / Beta-filamin / Filamin homolog 1 / Fh1 / Filamin-3 / Thyroid autoantigen / Truncated actin-binding protein / Truncated ABP


分子量: 18749.146 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1737-1911 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FLNB, FLN1L, FLN3, TABP, TAP / プラスミド: pGTvL1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: O75369
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 3.5 M Sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月28日 / 詳細: bent cylindrical mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→50 Å / Num. obs: 16042 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 63.353 Å2 / Rmerge F obs: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rrim(I) all: 0.106 / Χ2: 1.034 / Net I/σ(I): 12.79 / Num. measured all: 129873
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.49-2.556.90.8030.5793.148198115511110.62296.2
2.55-2.620.8950.5214.0410069115011500.553100
2.62-2.70.8930.4424.879726111311130.47100
2.7-2.780.9190.3526.149376107110710.374100
2.78-2.880.9690.287.438976103610360.297100
2.88-2.980.9690.238.78862103110310.244100
2.98-3.090.9820.17610.5883009829820.187100
3.09-3.210.9840.14813.1876959289280.158100
3.21-3.360.9920.1215.0673469079070.129100
3.36-3.520.9910.10616.366058818810.114100
3.52-3.710.9930.09517.255998158140.10399.9
3.71-3.940.9930.09519.4964187877870.102100
3.94-4.210.9950.08720.6562067567560.092100
4.21-4.550.9960.08621.1355536866860.092100
4.55-4.980.9950.08521.551916526520.09100
4.98-5.570.9940.08221.1744145785780.088100
5.57-6.430.9950.08220.137915175170.088100
6.43-7.870.9940.07419.6730694604600.08100
7.87-11.140.9960.06822.2529193613610.072100
11.140.9970.07120.715602262210.07797.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMACrefmac_5.7.0029精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2K7P

2k7p


解像度: 2.49→40.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 9.096 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.34 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2502 802 5 %RANDOM
Rwork0.2057 ---
obs0.208 15238 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 157.07 Å2 / Biso mean: 64.445 Å2 / Biso min: 32.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.28 Å2-1.28 Å20 Å2
2---1.28 Å20 Å2
3---4.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.49→40.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2386 0 0 11 2397
Biso mean---49.31 -
残基数----322
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0192448
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022269
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6811.9713353
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79735261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.6015316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.6362588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.32515343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.605152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2393
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212746
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02492
LS精密化 シェル解像度: 2.49→2.555 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 56 -
Rwork0.31 1055 -
all-1111 -
obs--95.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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