PDB-5dc6: Crystal structure of D176N-Y306F HDAC8 in complex with a tetrapep...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dc6

タイトル

Crystal structure of D176N-Y306F HDAC8 in complex with a tetrapeptide substrate

要素

Fluor-de-Lys tetrapeptide assay substrate
Histone deacetylase 8

キーワード

HYDROLASE / histone deacetylase 8 / arginase fold / deacetylase / enzyme-substrate complex

機能・相同性

機能・相同性情報

histone decrotonylase activity / histone deacetylase / protein lysine deacetylase activity / regulation of telomere maintenance / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / mitotic sister chromatid cohesion / histone deacetylase activity / nuclear chromosome / Notch-HLH transcription pathway / histone deacetylase complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.553 Å

データ登録者

Decroos, C. / Lee, M.S. / Christianson, D.W.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM49758	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM40602	米国

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: General Base-General Acid Catalysis in Human Histone Deacetylase 8.
著者: Gantt, S.M. / Decroos, C. / Lee, M.S. / Gullett, L.E. / Bowman, C.M. / Christianson, D.W. / Fierke, C.A.

履歴

登録	2015年8月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月17日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dc6.cif.gz	326.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dc6.ent.gz	264.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dc6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dc6_validation.pdf.gz	458.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dc6_full_validation.pdf.gz	460 KB	表示
XML形式データ	5dc6_validation.xml.gz	33.6 KB	表示
CIF形式データ	5dc6_validation.cif.gz	50.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/5dc6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/5dc6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dc5C 5dc7C 5dc8C 3ewfS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5d1c-1 4qa7-d 3ewf-5 4qa6-1 4qa6-2 5d1c-2 5dc8-2 5dc7-2 5dc8-1 3ewf-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone deacetylase 8

B: Histone deacetylase 8

C: Fluor-de-Lys tetrapeptide assay substrate

D: Fluor-de-Lys tetrapeptide assay substrate

ヘテロ分子

88.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Histone deacetylase 8

C: Fluor-de-Lys tetrapeptide assay substrate

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Histone deacetylase 8

D: Fluor-de-Lys tetrapeptide assay substrate

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.332, 98.206, 104.281
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Histone deacetylase 8 / HD8 分子量: 43215.008 Da / 分子数: 2 / 変異: D176N, Y306F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDAC8, HDACL1, CDA07 / プラスミド: pHD2-Xa-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BY41, histone deacetylase
#2: タンパク質・ペプチド	Fluor-de-Lys tetrapeptide assay substrate 分子量: 836.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 598分子

#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 591 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.59 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 100 mM Tris (pH 8.0), 13% (w/v) PEG 8000, and 4 mM TCEP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月20日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→49.103 Å / Num. obs: 122036 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 15.6
反射シェル	解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 1.039 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1833	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3EWF

3ewf

解像度: 1.553→49.103 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1663	6116	5.02 %
R_work	0.1467	-	-
obs	0.1477	121931	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.553→49.103 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5744	0	22	591	6357

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	6400
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.246	8743
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.733	2339
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	931
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1153

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.553-1.5702	0.2677	166	0.2403	3611	X-RAY DIFFRACTION	93
1.5702-1.5887	0.2519	207	0.2337	3822	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5887-1.6081	0.2138	210	0.2192	3817	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6081-1.6284	0.2331	208	0.21	3799	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6284-1.6499	0.2342	207	0.2006	3822	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6499-1.6725	0.2361	225	0.1919	3793	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6725-1.6964	0.2203	203	0.1916	3838	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6964-1.7217	0.2307	174	0.1814	3883	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7217-1.7486	0.2039	194	0.1736	3854	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7486-1.7773	0.1852	204	0.1618	3826	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7773-1.8079	0.1725	224	0.1534	3828	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8079-1.8408	0.1621	184	0.1518	3826	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8408-1.8762	0.1855	217	0.1442	3831	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8762-1.9145	0.17	210	0.1402	3856	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9145-1.9561	0.1654	186	0.144	3845	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9561-2.0016	0.1824	203	0.1487	3860	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0016-2.0517	0.1615	200	0.1445	3834	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0517-2.1072	0.193	211	0.1437	3848	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1072-2.1692	0.1577	195	0.1385	3874	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1692-2.2392	0.1601	188	0.1376	3886	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2392-2.3192	0.1745	204	0.1407	3859	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3192-2.4121	0.1639	202	0.1425	3877	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4121-2.5218	0.1837	218	0.1435	3868	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5218-2.6548	0.1752	201	0.1473	3902	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6548-2.8211	0.1533	219	0.1455	3872	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8211-3.0389	0.1818	199	0.1472	3913	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0389-3.3446	0.1739	229	0.1425	3887	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3446-3.8284	0.1392	208	0.1338	3953	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8284-4.8228	0.1193	203	0.1211	3986	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8228-49.1276	0.1573	217	0.152	4145	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1274	0.0591	-0.2525	2.073	0.4641	1.0674	0.0505	0.2089	0.0741	-0.2752	-0.0213	-0.2125	-0.1482	0.0858	-0.0327	0.2361	-0.0088	0.0413	0.2235	0.0311	0.1979	-1.1845	-2.1915	-9.0896
2	1.8292	-0.3781	-0.5881	1.4538	0.471	1.7399	0.0201	0.2544	-0.1402	-0.1308	-0.1156	0.0998	0.0497	-0.1975	0.0983	0.1576	0.0112	0.0042	0.1599	-0.0252	0.141	-13.728	-15.6511	-7.0142
3	1.2758	-0.8547	-0.1369	1.385	0.393	1.2981	-0.0578	-0.0775	-0.1386	0.1127	0.0636	0.0036	0.1731	0.0507	-0.0117	0.1574	0.0067	-0.001	0.1448	0.0074	0.1754	-5.7489	-19.3301	9.2334
4	0.6742	-0.1889	-0.0131	1.4343	-0.045	0.7885	-0.0339	-0.0835	0.0647	0.1181	0.0309	-0.2015	-0.0708	0.134	0.0101	0.145	-0.0092	-0.0212	0.1784	-0.0081	0.1838	-0.7693	-2.8888	9.5266
5	0.998	-0.141	-0.2376	1.8829	-0.6784	1.7058	-0.0304	-0.2433	0.0938	0.3987	0.1134	-0.0044	-0.0886	0.0442	-0.075	0.221	-0.0114	-0.0351	0.2125	-0.0258	0.1542	-6.7985	-1.0564	17.6555
6	1.4638	-0.2683	0.2084	2.3669	-0.0098	1.5799	-0.0033	0.1736	-0.1031	-0.2456	0.0115	0.1742	0.1076	0.086	-0.0084	0.2189	0.0085	-0.0329	0.2229	-0.0168	0.1911	-38.911	0.8384	-6.5714
7	1.1662	0.9434	-0.4257	1.0848	-0.0712	0.6938	-0.0164	0.1522	-0.0309	-0.1995	0.0764	0.3759	0.0458	-0.1822	-0.063	0.1951	-0.0048	-0.0582	0.2384	-0.0097	0.2576	-46.1072	-2.2093	-3.2999
8	2.2073	0.1849	-0.2487	2.7796	0.2422	2.0065	0.012	0.548	0.1021	-0.4789	-0.0876	0.054	-0.2525	-0.1189	0.023	0.3142	0.011	-0.0193	0.2808	0.0465	0.2126	-30.2987	18.38	-12.3955
9	2.2075	-0.1723	0.6901	1.3669	-0.3247	1.4991	-0.0009	0.3656	-0.0111	-0.199	-0.0461	-0.0416	-0.0715	0.1549	0.0448	0.2504	0.008	-0.0217	0.1877	0.0036	0.1593	-30.0022	11.8235	-8.2006
10	1.2903	-0.2213	-0.1066	1.5338	-0.127	1.2775	-0.0381	0.058	0.0825	0.0113	0.0035	0.1206	-0.1462	-0.1004	0.0359	0.1888	0.0309	-0.0186	0.1582	0.0028	0.1707	-36.8936	11.4875	-0.1226
11	1.2545	-0.3802	0.2811	1.7217	-0.4108	2.3915	-0.0981	0.033	0.1383	-0.0483	0.0068	0.2072	-0.3438	-0.1553	0.0341	0.2337	0.054	-0.0193	0.1709	0.0044	0.2422	-44.4971	20.0134	3.4499
12	0.9366	-1.0555	0.2398	2.6254	-0.4084	1.0408	-0.1575	-0.0036	0.0865	0.0912	0.0827	0.0149	-0.2437	-0.0419	0.0541	0.1962	0.0241	-0.0141	0.1584	-0.0072	0.1812	-33.7006	17.6267	10.4444
13	1.4947	-0.969	-0.0384	1.8555	0.1349	1.3261	-0.1056	-0.1393	0.2985	0.0801	0.1096	-0.1286	-0.3798	0.0304	0.0485	0.2664	0.0001	-0.0308	0.174	-0.0145	0.1866	-28.6871	20.4766	15.0984
14	1.0532	-0.8787	0.2613	2.5357	-0.4269	1.2009	-0.0826	-0.1372	-0.032	0.3253	0.0591	0.2063	-0.1178	-0.1241	0.0262	0.2682	0.0534	0.0416	0.2283	-0.0128	0.1769	-38.2667	10.5418	21.583
15	0.9909	-0.3632	-0.0012	1.1896	0.0495	1.0512	-0.0698	-0.1291	0.009	0.1318	0.0646	0.1749	-0.0407	-0.135	0.0311	0.1703	0.0157	0.0303	0.184	0.0063	0.2039	-40.4848	4.9602	12.2256
16	1.3209	-0.2116	0.3062	2.5206	0.5333	1.6191	-0.039	-0.0441	-0.0779	0.0716	0.0017	0.3734	0.164	-0.2255	0.0223	0.1678	-0.0196	0.0101	0.1885	0.0032	0.2141	-43.5414	-8.3925	6.201
17	0.7805	0.1418	0.3108	2.0516	0.7753	1.7931	-0.0407	-0.1483	-0.0067	0.2682	0.1035	-0.0596	-0.0783	-0.0068	-0.0425	0.191	0.0134	0.0199	0.2117	0.0147	0.1513	-32.42	3.082	21.1073

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 14 through 63 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 64 through 156 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 157 through 225 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 226 through 336 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 337 through 376 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 14 through 36 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 37 through 63 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 64 through 85 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 86 through 127 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 128 through 156 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 157 through 176 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 177 through 202 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 203 through 225 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 226 through 255 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 256 through 307 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 308 through 336 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 337 through 377 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 4種, 598分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

-非ポリマー , 4種, 598分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 4種, 598分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)