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- PDB-5dbv: Structure of a C269A mutant of propionaldehyde dehydrogenase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dbv
タイトルStructure of a C269A mutant of propionaldehyde dehydrogenase from the Clostridium phytofermentans fucose utilisation bacterial microcompartment
要素Aldehyde Dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Acylating aldehyde dehydrogenase / CoA / propionaldehyde / BMC
機能・相同性
機能・相同性情報


acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Acetaldehyde/propionaldehyde dehydrogenase, EutE/PduP-related / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase ...Acetaldehyde/propionaldehyde dehydrogenase, EutE/PduP-related / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / COENZYME A / Aldehyde Dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium phytofermentans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Tuck, L.R. / Altenbach, K. / Ang, T.F. / Crawshaw, A.D. / Campopiano, D.J. / Clarke, D.J. / Marles-Wright, J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M010996/1 英国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Insight into Coenzyme A cofactor binding and the mechanism of acyl-transfer in an acylating aldehyde dehydrogenase from Clostridium phytofermentans.
著者: Tuck, L.R. / Altenbach, K. / Ang, T.F. / Crawshaw, A.D. / Campopiano, D.J. / Clarke, D.J. / Marles-Wright, J.
履歴
登録2015年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年1月10日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 2.02024年1月10日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldehyde Dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9579
ポリマ－47,6651
非ポリマー1,2928
水5,278293
1
A: Aldehyde Dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Aldehyde Dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Aldehyde Dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Aldehyde Dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,82736
ポリマ－190,6594
非ポリマー5,16832
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
Buried area25990 Å2
ΔGint-184 kcal/mol
Surface area54630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.264, 138.264, 84.445
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-504-

ACT

21A-504-

ACT

31A-840-

HOH

41A-878-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Aldehyde Dehydrogenase


分子量: 47664.781 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 20-462 / 変異: C269A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium phytofermentans (strain ATCC 700394 / DSM 18823 / ISDg) (バクテリア)
遺伝子: Cphy_1178 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A9KN57
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.05 % / 解説: Square bipyramid
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: PROTEIN IN 50 MM TRIS.HCL, PH 8.0, 35 MM NACL. 1:1 HANGING DROPS OVER: 0.1 M SODIUM ACETATE, PH 4.5 - 4.8 1.4 - 1.8 M AMMONIUM SULPHATE. Crystals soaked with 10 mM CoA in well solution.
PH範囲: 4.5 - 4.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月20日
放射モノクロメーター: Single Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→49.89 Å / Num. all: 40079 / Num. obs: 40079 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 1.77→1.8 Å / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 1.05 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4C3S

4c3s


解像度: 1.77→48.89 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.183 2016 5.03 %Random selection
Rwork0.1465 ---
obs0.1484 40064 99.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→48.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3220 0 79 293 3592
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013344
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2634528
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5631245
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052531
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007581
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7681-1.81230.26131440.21612625X-RAY DIFFRACTION99
1.8123-1.86130.24591250.19672722X-RAY DIFFRACTION100
1.8613-1.91610.22811240.1812684X-RAY DIFFRACTION100
1.9161-1.97790.24171610.16892677X-RAY DIFFRACTION100
1.9779-2.04860.21791370.15862705X-RAY DIFFRACTION100
2.0486-2.13060.17341440.14492693X-RAY DIFFRACTION100
2.1306-2.22760.17741310.14362711X-RAY DIFFRACTION100
2.2276-2.34510.20531270.14122713X-RAY DIFFRACTION100
2.3451-2.4920.19051630.14522678X-RAY DIFFRACTION100
2.492-2.68440.22611530.15082702X-RAY DIFFRACTION100
2.6844-2.95450.18971490.15252738X-RAY DIFFRACTION100
2.9545-3.38190.18661510.15342732X-RAY DIFFRACTION100
3.3819-4.26050.13911460.12482777X-RAY DIFFRACTION100
4.2605-48.90240.16311610.13842891X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.16010.9552-0.73512.0763-0.46051.35690.1694-0.23940.05080.302-0.1414-0.0456-0.26080.0785-0.0140.3222-0.02430.00690.2841-0.03410.1651-11.356115.96823.7955
21.66790.6354-1.03130.7366-0.57191.64650.1128-0.2062-0.03920.1734-0.11570.0077-0.13980.03130.00840.2249-0.01260.01170.20460.01050.2105-11.130511.85216.281
34.9775-0.3032-0.06172.20450.31374.0110.0881-0.03080.15050.1522-0.02960.2339-0.2708-0.3786-0.01690.2460.01970.08590.1306-0.00490.2361-18.341324.482516.0407
41.77091.0396-0.20571.4395-0.22981.2403-0.0125-0.01210.00770.10360.03450.1646-0.0243-0.1686-0.07150.17550.01630.03290.22180.00740.2495-27.2065-0.343510.4993
51.6408-0.3057-0.37830.7955-0.33771.8851-0.0281-0.0179-0.15490.07380.04350.20950.0195-0.39980.03580.2012-0.01950.0310.34090.0280.3133-37.5534-6.370711.2994
62.51480.8753-0.99851.1762-0.45221.2145-0.00780.0603-0.04060.02090.0201-0.0464-0.0495-0.0131-0.01250.19660.0126-0.00920.17940.01980.1943-9.96535.04725.0078
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 29 through 87 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 88 through 183 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 184 through 218 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 219 through 271 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 272 through 406 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 407 through 462 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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