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万見
- PDB-5dbh: Crystal structure of O-acetylserine sulfhydrylase from haemophilu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dbh
タイトルCrystal structure of O-acetylserine sulfhydrylase from haemophilus influenzae in complex with reaction intermediate alpha-aminoacrylate
要素Cysteine synthase
キーワードTRANSFERASE / cysteine synthase activity / transferase activity
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine synthase / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine synthase activity / cysteine biosynthetic process from serine / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cysteine synthase CysK / Cysteine synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / : / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Rossmann fold ...Cysteine synthase CysK / Cysteine synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / : / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0JO / Cysteine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Kaushik, A. / Ekka, M.K. / Singh, A.K. / Kumaran, S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of O-acetylserine sulfhydrylase from haemophilus influenzae in complex with reaction intermediate alpha-aminoacrylate
著者: Kaushik, A. / Ekka, M.K. / Singh, A.K. / Kumaran, S.
履歴
登録2015年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2015年9月9日ID: 4LHG
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月10日Group: Non-polymer description
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Cysteine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6613
ポリマ－34,2521
非ポリマー4082
水1,69394
1
X: Cysteine synthase
ヘテロ分子

X: Cysteine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3216
ポリマ－68,5042
非ポリマー8174
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area21000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.660, 112.660, 43.369
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 Cysteine synthase / CSase / O-acetylserine (thiol)-lyase / OAS-TL / O-acetylserine sulfhydrylase


分子量: 34252.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (インフルエンザ菌)
株: ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd / Cell: bacteria / 細胞株: Bacterial cells / 遺伝子: cysK, HI_1103 / プラスミド: pET28A / 詳細 (発現宿主): N terminal His tag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P45040, cysteine synthase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-0JO / 2-{[(E)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene]amino}prop-2-enoic acid / 2-[[2-メチル-3-ヒドロキシ-5-(ホスホノオキシメチル)-4-ピリジル]メチレンアミノ]プロペン酸


分子量: 316.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13N2O7P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.77 % / 解説: TRINGLE SHAPED CRYSTAL (PRISIM FROM THE TOP)
結晶化温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / pH: 7.5 / 詳細: 0.1MHEPES 1.3M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年7月13日 / 詳細: varimax optics
放射モノクロメーター: Graphite polar / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→32 Å / Num. obs: 19145 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 53
反射 シェル解像度: 1.98→2.05 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 22 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HO1

4ho1


解像度: 1.98→32 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1949 976 5.1 %Random
Rwork0.1545 ---
obs0.1566 19145 99.29 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2302 0 27 94 2423
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072362
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0573202
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.068876
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044377
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005411
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9768-2.0810.20731230.1562603X-RAY DIFFRACTION100
2.081-2.21140.22471410.15172563X-RAY DIFFRACTION100
2.2114-2.38210.20771460.16052577X-RAY DIFFRACTION99
2.3821-2.62170.20131440.15462586X-RAY DIFFRACTION100
2.6217-3.00090.21251460.15992603X-RAY DIFFRACTION100
3.0009-3.78020.19021520.16012571X-RAY DIFFRACTION98
3.7802-350.17451240.14722666X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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