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- PDB-5dbf: Crystal Structure of Iridoid Synthase from Cantharanthus roseus i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dbf
タイトルCrystal Structure of Iridoid Synthase from Cantharanthus roseus in complex with NADPH
要素Iridoid synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE / metal-binding / substrate binding / acidocalcisomal pyrophosphatase / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


(S)-8-oxocitronellyl enol synthase / monoterpenoid biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, NAD or NADP as acceptor / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
PRISE-like Rossmann-fold domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / (S)-8-oxocitronellyl enol synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Catharanthus roseus (ニチニチカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hu, Y.M. / Liu, W.D. / Zheng, Y.Y. / Xu, Z.X. / Ko, T.P. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: Structures of Iridoid Synthase from Cantharanthus roseus with Bound NAD(+) , NADPH, or NAD(+) /10-Oxogeranial: Reaction Mechanisms
著者: Hu, Y.M. / Liu, W.D. / Malwal, S.R. / Zheng, Y.Y. / Feng, X.X. / Ko, T.P. / Chen, C.C. / Xu, Z.X. / Liu, M.X. / Han, X. / Gao, J. / Oldfield, E. / Guo, R.T.
履歴
登録2015年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iridoid synthase
B: Iridoid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,0584
ポリマ－84,5672
非ポリマー1,4912
水5,242291
1
A: Iridoid synthase
ヘテロ分子

A: Iridoid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,0584
ポリマ－84,5672
非ポリマー1,4912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z+1/21
Buried area1970 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area29090 Å2
手法PISA
2
B: Iridoid synthase
ヘテロ分子

B: Iridoid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,0584
ポリマ－84,5672
非ポリマー1,4912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area1960 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area29470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.769, 94.887, 172.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 27 - 390 / Label seq-ID: 2 - 365

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Iridoid synthase


分子量: 42283.418 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 26-388 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Catharanthus roseus (ニチニチカ)
プラスミド: pET32Xa/LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: K7WDL7, EC: 1.3.1.99
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Ammonium Acetate,Sodium Acetate trihydrate,Polyethylene Glycol 4000, Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月30日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. obs: 49651 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 1.697 / Net I/av σ(I): 25.358 / Net I/σ(I): 18.1 / Num. measured all: 247973
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.0750.39645640.9470.1910.4411.46391.1
2.07-2.155.10.2847510.9660.1350.3111.63894.8
2.15-2.255.10.23849890.9740.1160.2661.68998.6
2.25-2.375.30.19350350.9860.0930.2141.77799.9
2.37-2.525.40.15950570.9880.0770.1771.7799.9
2.52-2.715.20.12450570.9930.060.1381.94999.9
2.71-2.995.10.09150550.9950.0450.1022.04199.5
2.99-3.424.80.05949670.9970.0290.0661.85897.5
3.42-4.34.40.04949700.9970.0250.0561.58496.5
4.3-254.60.03952060.9970.020.0441.08897.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2V6F

2v6f


解像度: 2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 6.857 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 2403 4.8 %RANDOM
Rwork0.1921 ---
obs0.1948 47205 97.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 110.16 Å2 / Biso mean: 45.914 Å2 / Biso min: 25.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.42 Å2-0 Å2-0 Å2
2--5.92 Å20 Å2
3----4.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5707 0 96 291 6094
Biso mean--38.07 51.77 -
残基数----719
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0195959
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.025576
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7171.9628106
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.019312891
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3435715
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.29925.175257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.767151002
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5171514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2891
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216599
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021343
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4394.362871
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.4354.3582870
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.6686.5243583
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 22340 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.001→2.053 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 166 -
Rwork0.336 3052 -
all-3218 -
obs--86.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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