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- PDB-5dbe: Crystal structure of O-acetylserine sulfhydrylase from Haemophilu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dbe
タイトルCrystal structure of O-acetylserine sulfhydrylase from Haemophilus influenzae in complex with pre-reactive O-acetyl serine, alpha-aminoacrylate reaction intermediate and peptide inhibitor at the resolution of 2.25A
要素
  • C-terminal peptide from Serine acetyltransferase
  • Cysteine synthase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / CYSTEINE BIOSYNTHESIS / TRANSFERASE / PYRIDOXAL PHOSPHATE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMP / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


serine O-acetyltransferase / serine O-acetyltransferase activity / cysteine synthase / cystathionine beta-synthase activity / cysteine synthase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine biosynthetic process from serine / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine acetyltransferase, LbH domain / Serine O-acetyltransferase / Serine acetyltransferase, N-terminal / Serine acetyltransferase, N-terminal / Serine acetyltransferase, N-terminal / Serine acetyltransferase, N-terminal domain superfamily / Cysteine synthase CysK / Cysteine synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. ...Serine acetyltransferase, LbH domain / Serine O-acetyltransferase / Serine acetyltransferase, N-terminal / Serine acetyltransferase, N-terminal / Serine acetyltransferase, N-terminal / Serine acetyltransferase, N-terminal domain superfamily / Cysteine synthase CysK / Cysteine synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Rossmann fold - #1100 / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Trimeric LpxA-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0JO / O-ACETYLSERINE / Serine acetyltransferase / Cysteine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae KW20 (インフルエンザ菌)
Salmonella typhimurium LT2 (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Singh, A.K. / Kaushik, A. / Ekka, M.K. / Kumaran, S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure Of O-Acetylserine Sulfhydrylase From Haemophilus Influenzae In Complex With Pre-Reactive O-Acetyl Serine, Alpha-Aminoacrylate Reactionintermediate And Peptide ...タイトル: Crystal Structure Of O-Acetylserine Sulfhydrylase From Haemophilus Influenzae In Complex With Pre-Reactive O-Acetyl Serine, Alpha-Aminoacrylate Reactionintermediate And Peptide Inhibitor At The Resolution Of 2.25A
著者: Singh, A.K. / Kaushik, A. / Ekka, M.K. / Kumaran, S.
履歴
登録2015年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2015年9月9日ID: 4ZU8
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月10日Group: Non-polymer description
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Cysteine synthase
A: C-terminal peptide from Serine acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0576
ポリマ－36,4102
非ポリマー6484
水79344
1
X: Cysteine synthase
A: C-terminal peptide from Serine acetyltransferase
ヘテロ分子

X: Cysteine synthase
A: C-terminal peptide from Serine acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,11412
ポリマ－72,8194
非ポリマー1,2958
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-y,z1
Buried area6570 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area20310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.643, 112.643, 45.898
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 XA

#1: タンパク質 Cysteine synthase / CSase / O-acetylserine (thiol)-lyase / OAS-TL / O-acetylserine sulfhydrylase


分子量: 35232.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae KW20 (インフルエンザ菌)
株: KW20 / 遺伝子: cysK, HI_1103 / プラスミド: pET28A
詳細 (発現宿主): kanamycin resisitant gene, iptg inducble, N erminal His tag
発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P45040, cysteine synthase
#2: タンパク質・ペプチド C-terminal peptide from Serine acetyltransferase / SAT / Serine transacetylase


分子量: 1177.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Salmonella typhimurium LT2 (サルモネラ菌)
参照: UniProt: P29847

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非ポリマー , 4種, 48分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-OAS / O-ACETYLSERINE / O-アセチル-L-セリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#5: 化合物 ChemComp-0JO / 2-{[(E)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene]amino}prop-2-enoic acid / 2-[[2-メチル-3-ヒドロキシ-5-(ホスホノオキシメチル)-4-ピリジル]メチレンアミノ]プロペン酸


分子量: 316.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13N2O7P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: TRIANGLE SHAPED
結晶化温度: 293 K / 手法: liquid diffusion
詳細: 0.1M HEPES, 1.2M SODIUM CITRATE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
PH範囲: 7.4-7.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年7月15日 / 詳細: vaimax Hf optics
放射モノクロメーター: GRAPHITE POLAR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→35 Å / Num. obs: 13894 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 42.8
反射 シェル解像度: 2.25→2.35 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 8.6 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HO1

4ho1


解像度: 2.25→35 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2272 692 4.98 %random selection
Rwork0.1825 ---
obs0.1848 13894 99.63 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2261 0 43 44 2348
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082330
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1743158
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.218841
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043376
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006406
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.246-2.41940.28791390.2132603X-RAY DIFFRACTION99
2.4194-2.66280.25821470.19022598X-RAY DIFFRACTION100
2.6628-3.04790.22761300.18412660X-RAY DIFFRACTION100
3.0479-3.83940.24681300.18672631X-RAY DIFFRACTION99
3.8394-100.19981460.1722710X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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