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- PDB-5daz: Crystal structure of Scabin, a mono-ADP-ribosyltransferase from S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5daz
タイトルCrystal structure of Scabin, a mono-ADP-ribosyltransferase from Streptomyces scabies
要素Scabin
キーワードTRANSFERASE / mono-ADP-ribosyltransferase / apo-enzyme / NAD-binding protein
機能・相同性: / Scabin-like / nucleotide binding / Putative secreted protein
機能・相同性情報
生物種Streptomyces scabiei 87.22 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Dutta, D. / Lanoue, J. / Merrill, A.R.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-106661 カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Scabin, a Novel DNA-acting ADP-ribosyltransferase from Streptomyces scabies.
著者: Lyons, B. / Ravulapalli, R. / Lanoue, J. / Lugo, M.R. / Dutta, D. / Carlin, S. / Merrill, A.R.
履歴
登録2015年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月6日Group: Database references
改定 1.22016年6月8日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list ...citation / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Scabin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8571
ポリマ－21,8571
非ポリマー00
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.787, 61.075, 37.812
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.640, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-385-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Scabin / mono-ADP-ribosyltransferase


分子量: 21857.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces scabiei 87.22 (バクテリア)
株: 87.22 / 細胞株: K12 / 遺伝子: SCAB_27771 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: C9Z6T8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.2 % / 解説: large multi-faceted crystals, 300 um x 300 um
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 100 mM MES, pH 6.5, 15% PEG400 / PH範囲: 6.0 - 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→43.273 Å / Num. obs: 33118 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 26.76 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rrim(I) all: 0.048 / Χ2: 0.979 / Net I/σ(I): 18.81 / Num. measured all: 141816
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.45-1.540.6250.7642.1518873562445580.87681
1.54-1.640.8630.434.0421962531050630.4995.3
1.64-1.770.9570.2346.9420565492847330.26796
1.77-1.940.9910.10613.3519045456144050.12196.6
1.94-2.170.9970.05722.4317328413440140.06597.1
2.17-2.510.9980.03930.8315311364535590.04497.6
2.51-3.070.9990.03239.7513038310530490.03698.2
3.07-4.320.9990.02747.510090241023820.0398.8
4.320.9980.02749.435604136913550.03199

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2CB4

2cb4


解像度: 1.45→43.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.627 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2021 1655 5 %RANDOM
Rwork0.1649 ---
obs0.1668 31437 94.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 92.13 Å2 / Biso mean: 27.961 Å2 / Biso min: 12.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å20.5 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→43.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1313 0 0 177 1490
Biso mean---36.81 -
残基数----166
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0330.0191362
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021210
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.811.9391869
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.36632800
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3175169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.38423.63666
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.35915194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.897159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1660.2195
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.0211562
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02313
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3461.904667
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3351.904666
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5382.851833
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 92 -
Rwork0.349 1743 -
all-1835 -
obs--71.71 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.9723 Å / Origin y: 33.3968 Å / Origin z: 14.1485 Å
111213212223313233
T0.0048 Å20.0073 Å20.0061 Å2-0.0583 Å20.0104 Å2--0.0078 Å2
L1.5839 °2-0.5704 °2-0.4941 °2-0.8264 °2-0.1107 °2--0.7187 °2
S0.0431 Å °0.211 Å °0.0634 Å °0.0105 Å °-0.0173 Å °0.0095 Å °-0.0183 Å °-0.1955 Å °-0.0258 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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