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- PDB-5dav: Fe(II)/(alpha)ketoglutarate-dependent dioxygenase AsqJ in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dav
タイトルFe(II)/(alpha)ketoglutarate-dependent dioxygenase AsqJ in complex with 4-Methoxydehydrocyclopeptin
要素Phytanoyl-CoA dioxygenase family protein (AFU_orthologue AFUA_8G00230)
キーワードOXIDOREDUCTASE / Antibiotics / Biosynthesis / Alkaloids / Viridicatin / Desaturase / Epoxidase / Fragmentation / 4-Methoxydehydrocyclopeptin
機能・相同性
機能・相同性情報


(-)-cyclopenine synthase / dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
q2cbj1_9rhob like domain / Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-Methoxydehydrocyclopeptin / BROMIDE ION / : / NICKEL (II) ION / Iron/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase asqJ
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Groll, M. / Braeuer, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB749 ドイツ
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2016
タイトル: Structure of the Dioxygenase AsqJ: Mechanistic Insights into a One-Pot Multistep Quinolone Antibiotic Biosynthesis.
著者: Brauer, A. / Beck, P. / Hintermann, L. / Groll, M.
履歴
登録2015年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phytanoyl-CoA dioxygenase family protein (AFU_orthologue AFUA_8G00230)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6677
ポリマ－33,9791
非ポリマー6886
水4,288238
1
A: Phytanoyl-CoA dioxygenase family protein (AFU_orthologue AFUA_8G00230)
ヘテロ分子

A: Phytanoyl-CoA dioxygenase family protein (AFU_orthologue AFUA_8G00230)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,33414
ポリマ－67,9582
非ポリマー1,37612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-1/21
Buried area8010 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area21430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.050, 120.770, 66.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-644-

HOH

21A-654-

HOH

31A-715-

HOH

41A-716-

HOH

51A-727-

HOH

61A-729-

HOH

71A-736-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Phytanoyl-CoA dioxygenase family protein (AFU_orthologue AFUA_8G00230) / AsqJ


分子量: 33978.855 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 110-416 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ)
遺伝子: AN9227.2, ANIA_09227 / プラスミド: pET28b(+) / 詳細 (発現宿主): Cleavable SUMO-fusion tag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5AR53

-
非ポリマー , 6種, 244分子

#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-58J / 4-Methoxydehydrocyclopeptin


分子量: 308.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H16N2O3
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM TRIS/HCl, 1 M LiBr, 27% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月13日
放射モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED-EXIT. SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 27710 / Num. obs: 27599 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.0066 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.545 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DAP

5dap


解像度: 1.8→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 5.886 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.247 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19618 1380 5 %RANDOM
Rwork0.1644 ---
obs0.16622 26218 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.146 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.81 Å2-0 Å20 Å2
2--2.8 Å20 Å2
3----1 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2227 0 35 238 2500
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0192308
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022258
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0451.9853150
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.74135194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2875287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.36123.73691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.96215385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0381516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2371
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02499
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0032.4791152
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9992.4741150
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.343.7081437
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.3393.7131438
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1972.7091156
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.1932.711156
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.3733.971714
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.40620.4812746
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.16720.0772645
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.86634566
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free25.019564
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.81954694
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 97 -
Rwork0.284 1858 -
obs--99.8 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -20.8692 Å / Origin y: -18.304 Å / Origin z: -13.0645 Å
111213212223313233
T0.0068 Å20.0018 Å20.0013 Å2-0.0019 Å20.0003 Å2--0.0075 Å2
L0.0676 °20.0173 °20.0136 °2-0.0212 °20.0108 °2--0.0119 °2
S-0.0051 Å °0.0022 Å °-0.0005 Å °0.0009 Å °0.0049 Å °-0.006 Å °-0.0006 Å °0.0018 Å °0.0002 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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