PDB-5daj: Crystal structure of NalD, the secondary repressor of MexAB-OprM ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5daj

タイトル

Crystal structure of NalD, the secondary repressor of MexAB-OprM multidrug efflux pump in Pseudomonas aeruginosa

要素

NalD

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATOR / Repressor / Transcriptional regulator / TetR family

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of transport / negative regulation of transmembrane transport / negative regulation of transporter activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Chen, W.Z. / Wang, D. / Huang, S.Q. / Hu, Q.Y. / Liu, X.C. / Gan, J.H. / Chen, H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2016
タイトル: Novobiocin binding to NalD induces the expression of the MexAB-OprM pump in Pseudomonas aeruginosa
著者: Chen, W.Z. / Wang, D. / Zhou, W. / Sang, H. / Liu, X.C. / Ge, Z. / Zhang, J. / Lan, L. / Yang, C.G. / Chen, H.

履歴

登録	2015年8月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月8日	Group: Database references
改定 1.2	2023年4月12日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5daj.cif.gz	642.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5daj.ent.gz	541.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5daj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5daj_validation.pdf.gz	483.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5daj_full_validation.pdf.gz	500.5 KB	表示
XML形式データ	5daj_validation.xml.gz	50.4 KB	表示
CIF形式データ	5daj_validation.cif.gz	68 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/5daj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/5daj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5h9tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5h9t-1 5h9t-2 5h9t-4 3pm1-d 5h9t-3 2zcn-1 2zcn-2 1jty-1 3bjb-1 3vw2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NalD

B: NalD

C: NalD

D: NalD

E: NalD

F: NalD

G: NalD

H: NalD

199 kDa, 8 ポリマー
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1

A: NalD

B: NalD

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: NalD

D: NalD

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.7 kDa, 2 ポリマー
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3

E: NalD

F: NalD

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49.7 kDa, 2 ポリマー
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4

G: NalD

H: NalD

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	61.639, 128.137, 266.063
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	ASP	ASP	A	A	7 - 204	7 - 204
2	1	ASP	ASP	ASP	ASP	B	B	7 - 204	7 - 204
1	2	LYS	LYS	TRP	TRP	A	A	5 - 205	5 - 205
2	2	LYS	LYS	TRP	TRP	C	C	5 - 205	5 - 205
1	3	ASP	ASP	TRP	TRP	A	A	7 - 205	7 - 205
2	3	ASP	ASP	TRP	TRP	D	D	7 - 205	7 - 205
1	4	SER	SER	ASP	ASP	A	A	8 - 204	8 - 204
2	4	SER	SER	ASP	ASP	E	E	8 - 204	8 - 204
1	5	ASP	ASP	TRP	TRP	A	A	7 - 205	7 - 205
2	5	ASP	ASP	TRP	TRP	F	F	7 - 205	7 - 205
1	6	SER	SER	TRP	TRP	A	A	8 - 205	8 - 205
2	6	SER	SER	TRP	TRP	G	G	8 - 205	8 - 205
1	7	GLU	GLU	ASP	ASP	A	A	6 - 204	6 - 204
2	7	GLU	GLU	ASP	ASP	H	H	6 - 204	6 - 204
1	8	ASP	ASP	TRP	TRP	B	B	7 - 205	7 - 205
2	8	ASP	ASP	TRP	TRP	C	C	7 - 205	7 - 205
1	9	ASP	ASP	TRP	TRP	B	B	7 - 205	7 - 205
2	9	ASP	ASP	TRP	TRP	D	D	7 - 205	7 - 205
1	10	SER	SER	TRP	TRP	B	B	8 - 205	8 - 205
2	10	SER	SER	TRP	TRP	E	E	8 - 205	8 - 205
1	11	ASP	ASP	TRP	TRP	B	B	7 - 205	7 - 205
2	11	ASP	ASP	TRP	TRP	F	F	7 - 205	7 - 205
1	12	SER	SER	TRP	TRP	B	B	8 - 205	8 - 205
2	12	SER	SER	TRP	TRP	G	G	8 - 205	8 - 205
1	13	ASP	ASP	ASP	ASP	B	B	7 - 204	7 - 204
2	13	ASP	ASP	ASP	ASP	H	H	7 - 204	7 - 204
1	14	ASP	ASP	ASP	ASP	C	C	7 - 204	7 - 204
2	14	ASP	ASP	ASP	ASP	D	D	7 - 204	7 - 204
1	15	SER	SER	ASP	ASP	C	C	8 - 204	8 - 204
2	15	SER	SER	ASP	ASP	E	E	8 - 204	8 - 204
1	16	ASP	ASP	ASP	ASP	C	C	7 - 204	7 - 204
2	16	ASP	ASP	ASP	ASP	F	F	7 - 204	7 - 204
1	17	SER	SER	TRP	TRP	C	C	8 - 205	8 - 205
2	17	SER	SER	TRP	TRP	G	G	8 - 205	8 - 205
1	18	GLU	GLU	ASP	ASP	C	C	6 - 204	6 - 204
2	18	GLU	GLU	ASP	ASP	H	H	6 - 204	6 - 204
1	19	SER	SER	TRP	TRP	D	D	8 - 205	8 - 205
2	19	SER	SER	TRP	TRP	E	E	8 - 205	8 - 205
1	20	ASP	ASP	TRP	TRP	D	D	7 - 205	7 - 205
2	20	ASP	ASP	TRP	TRP	F	F	7 - 205	7 - 205
1	21	SER	SER	TRP	TRP	D	D	8 - 205	8 - 205
2	21	SER	SER	TRP	TRP	G	G	8 - 205	8 - 205
1	22	ASP	ASP	TRP	TRP	D	D	7 - 205	7 - 205
2	22	ASP	ASP	TRP	TRP	H	H	7 - 205	7 - 205
1	23	SER	SER	TRP	TRP	E	E	8 - 205	8 - 205
2	23	SER	SER	TRP	TRP	F	F	8 - 205	8 - 205
1	24	SER	SER	TRP	TRP	E	E	8 - 205	8 - 205
2	24	SER	SER	TRP	TRP	G	G	8 - 205	8 - 205
1	25	SER	SER	ASP	ASP	E	E	8 - 204	8 - 204
2	25	SER	SER	ASP	ASP	H	H	8 - 204	8 - 204
1	26	SER	SER	TRP	TRP	F	F	8 - 205	8 - 205
2	26	SER	SER	TRP	TRP	G	G	8 - 205	8 - 205
1	27	ASP	ASP	ASP	ASP	F	F	7 - 204	7 - 204
2	27	ASP	ASP	ASP	ASP	H	H	7 - 204	7 - 204
1	28	SER	SER	TRP	TRP	G	G	8 - 205	8 - 205
2	28	SER	SER	TRP	TRP	H	H	8 - 205	8 - 205

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	NalD 分子量: 24835.490 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 遺伝子: nalD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HY46
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.36 % / 解説: platelike
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: Tacsimate, Sodium citrate tribasic dihydrate, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 61847 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.4 % / R_sym value: 0.1 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.65→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 31.244 / SU ML: 0.286 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.334 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2661	3122	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21048	-	-	-
obs	0.21335	58632	99.34 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 87.04 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.52 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	2.23 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12585	0	0	10	12595

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	12824
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	12372
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.305	1.976	17337
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.485	3	28254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.734	5	1544
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.257	23.023	655
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.15	15	2159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.337	15	145
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	1949
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	14419
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	3098
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.286	6.887	6221
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.287	6.887	6220
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.823	10.323	7750
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.823	10.323	7751
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.969	7.514	6603
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.969	7.514	6604
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.254	11.041	9588
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.88	54.138	13963
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	11.759	54.13	13960
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.832	3	25196
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	69.054	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	41.922	5	24965

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	23954	0.06
1	2	B	23954	0.06
2	1	A	23454	0.07
2	2	C	23454	0.07
3	1	A	23414	0.07
3	2	D	23414	0.07
4	1	A	23260	0.07
4	2	E	23260	0.07
5	1	A	23282	0.07
5	2	F	23282	0.07
6	1	A	23442	0.07
6	2	G	23442	0.07
7	1	A	22870	0.09
7	2	H	22870	0.09
8	1	B	23564	0.07
8	2	C	23564	0.07
9	1	B	23450	0.07
9	2	D	23450	0.07
10	1	B	23524	0.07
10	2	E	23524	0.07
11	1	B	23612	0.07
11	2	F	23612	0.07
12	1	B	23676	0.07
12	2	G	23676	0.07
13	1	B	23254	0.08
13	2	H	23254	0.08
14	1	C	22944	0.07
14	2	D	22944	0.07
15	1	C	23134	0.06
15	2	E	23134	0.06
16	1	C	22814	0.08
16	2	F	22814	0.08
17	1	C	23112	0.07
17	2	G	23112	0.07
18	1	C	22574	0.09
18	2	H	22574	0.09
19	1	D	23054	0.07
19	2	E	23054	0.07
20	1	D	22964	0.08
20	2	F	22964	0.08
21	1	D	22994	0.08
21	2	G	22994	0.08
22	1	D	22584	0.1
22	2	H	22584	0.1
23	1	E	22972	0.08
23	2	F	22972	0.08
24	1	E	23570	0.07
24	2	G	23570	0.07
25	1	E	22570	0.08
25	2	H	22570	0.08
26	1	F	23006	0.09
26	2	G	23006	0.09
27	1	F	22804	0.09
27	2	H	22804	0.09
28	1	G	23210	0.09
28	2	H	23210	0.09

LS精密化シェル

解像度: 2.653→2.721 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.382	245	-
R_work	0.314	4084	-
obs	-	-	96.16 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4439	-0.1895	-0.1515	0.8024	-0.1405	0.3623	-0.0172	0.005	0.032	-0.0157	-0.0265	-0.0034	0.0075	-0.0063	0.0437	0.2062	0.0018	0.0022	0.124	-0.0052	0.1033	7.1591	47.95	41.5836
2	0.1226	-0.0755	-0.1062	0.1674	-0.0215	0.1596	-0.0045	0.0138	-0.0148	0.014	0.0053	-0.0042	0.0006	-0.0192	-0.0008	0.2018	-0.0069	-0.0027	0.1289	-0.0027	0.1114	11.7158	20.5462	42.4649
3	1.197	1.1777	0.1935	1.1776	0.1633	0.0706	0.0109	-0.0211	0.0314	0.0381	-0.0385	0.0201	-0.0348	0.0196	0.0276	0.2369	-0.0161	-0.0111	0.117	0.0098	0.1152	35.7775	44.2769	56.3116
4	0.0719	0.0818	-0.0205	0.2007	0.018	0.2564	-0.0034	-0.0071	0.0001	0.0015	-0.0004	-0.0093	0.0142	0.0277	0.0038	0.1976	0.0043	-0.0004	0.1352	0.001	0.1132	30.3278	19.5145	46.201
5	0.3176	-0.0344	-0.0675	1.0394	-0.5959	0.3708	-0.0676	0.1054	0.0569	-0.0056	0.0835	0.0263	-0.003	-0.0648	-0.0159	0.2809	-0.0256	-0.0206	0.1512	-0.0022	0.0891	27.7357	97.251	-6.9947
6	0.2316	0.0028	-0.1537	0.0061	-0.0306	0.3235	0.0134	-0.0118	0.0093	-0.0048	-0.0161	-0.0027	-0.0353	-0.0055	0.0027	0.2338	0.0068	0.0028	0.1421	-0.0055	0.0916	23.4033	93.5953	19.6026
7	0.3758	-0.0013	0.1661	0.5762	0.0883	0.0885	-0.0207	0.0542	-0.0383	0.0168	0.0606	-0.0755	-0.0104	0.027	-0.0399	0.2223	0.0066	0.0141	0.1833	-0.0265	0.0977	37.8742	65.8897	0.3362
8	0.3009	-0.1502	-0.3087	0.0802	0.1588	0.3251	-0.0108	-0.0113	-0.0037	0.0356	0.0193	0.0014	0.0234	0.0437	-0.0085	0.238	0.0052	0.0065	0.1561	0	0.1134	24.8766	75.1634	22.3544
9	0.3215	0.1755	-0.5614	1.0235	0.3035	1.4105	0.0556	-0.0233	0.0295	-0.0576	0.0748	-0.0076	-0.2141	0.1005	-0.1303	0.263	-0.0177	0.0331	0.1788	-0.015	0.1271	-0.3054	40.7735	20.1631
10	4.5863	1.0838	0.0177	0.2592	-0.0042	0.0285	0.0648	-0.2353	0.6722	0.0535	-0.0429	0.172	-0.1345	-0.0157	-0.0219	0.6567	0.0035	0.0581	0.3667	0.1482	0.2227	-24.5813	29.9039	13.9607
11	0.3109	-0.3462	-0.2102	0.6961	0.6023	0.5996	-0.0173	-0.0055	-0.0304	0.0506	0.0413	0.0017	0.0475	0.1046	-0.0239	0.2217	0.0093	-0.0203	0.1641	-0.0176	0.1067	4.0732	8.4041	19.7518
12	0.3718	-0.1157	0.0023	0.112	0.0256	0.2846	0.0203	0.0699	-0.0165	-0.0269	-0.0168	0.0003	0.025	0.0025	-0.0035	0.2124	-0.0002	-0.0054	0.1465	-0.0165	0.1031	-20.6355	12.2161	8.9836
13	1.2041	1.3074	-0.2783	1.4204	-0.3032	0.0687	-0.1087	0.1075	-0.0422	-0.1015	0.1073	-0.0431	0.0251	-0.0034	0.0014	0.2831	-0.0253	-0.0177	0.1175	-0.0164	0.117	19.5462	95.1106	56.78
14	0.0908	0.0367	-0.0401	0.1309	0.1343	0.2173	0.0247	0.0139	0.0271	-0.0328	0.0113	-0.0233	-0.0556	-0.0005	-0.036	0.2167	0.0079	0.0121	0.1244	0.0009	0.126	-5.2826	83.1078	56.0549
15	0.3253	-0.1998	0.2083	2.3326	1.1827	0.9172	-0.0227	-0.0003	0.155	0.1815	0.1463	-0.5091	0.0625	0.0972	-0.1236	0.2227	0.0003	-0.0489	0.127	-0.0308	0.247	23.8022	65.1155	69.4046
16	0.3648	-0.1641	-0.0763	0.3117	0.0779	0.2283	0.0098	-0.0104	0.0109	-0.0132	0.0103	-0.0163	-0.0093	0.006	-0.0201	0.2016	-0.0041	0.0005	0.1223	-0.008	0.1201	-1.0169	64.5131	58.3221

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 54
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	55 - 205
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	7 - 54
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	55 - 205
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	5 - 54
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	55 - 205
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	7 - 54
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	55 - 205
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	8 - 54
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	55 - 205
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	7 - 54
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	55 - 205
13	X-RAY DIFFRACTION	13	G	8 - 54
14	X-RAY DIFFRACTION	14	G	55 - 205
15	X-RAY DIFFRACTION	15	H	6 - 54
16	X-RAY DIFFRACTION	16	H	55 - 206

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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