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- PDB-5dae: Kazal type inhibitor from salivary glands of Aedes aegypti mosquito -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dae
タイトルKazal type inhibitor from salivary glands of Aedes aegypti mosquito
要素AAEL006007-PA
キーワードPROTEIN BINDING / inhibitor / Kazal / trypsin / anticoagulant
機能・相同性
機能・相同性情報


Kazal serine protease inhibitors family signature. / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Kazal domain-containing peptide
類似検索 - 構成要素
生物種Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Torquato, R.J.S. / Pereira, P.J.B. / Tanaka, A.S.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2012/03657-8 ブラジル
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: High-resolution structure of a Kazal-type serine protease inhibitor from the dengue vector Aedes aegypti.
著者: Torquato, R.J.S. / Lu, S. / Martins, N.H. / Tanaka, A.S. / Pereira, P.J.B.
履歴
登録2015年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月12日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AAEL006007-PA
B: AAEL006007-PA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7252
ポリマ－14,7252
非ポリマー00
水1,60389
1
A: AAEL006007-PA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3621
ポリマ－7,3621
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: AAEL006007-PA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3621
ポリマ－7,3621
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)26.136, 65.167, 27.662
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 AAEL006007-PA / Kazal domain-containing peptide


分子量: 7362.287 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 27-91 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
遺伝子: AAEL006007 / プラスミド: pPIC9 / 発現宿主: Komagataella pastoris GS115 (菌類) / 参照: UniProt: Q1HRB8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 14.24 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: sodium acetate, PEG 3350, PEG 400, Dioxane / PH範囲: 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→65.2 Å / Num. obs: 16291 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 1.398 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2006: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.4→32.584 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2304 840 5.17 %Random selection
Rwork0.1802 ---
obs0.1827 16260 99.32 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→32.584 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数838 0 0 89 927
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011850
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4051152
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.107342
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091131
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007155
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.48770.36281420.32022549X-RAY DIFFRACTION99
1.4877-1.60260.27421130.25092572X-RAY DIFFRACTION99
1.6026-1.76380.24871380.2232574X-RAY DIFFRACTION100
1.7638-2.01910.21730.18362537X-RAY DIFFRACTION100
2.0191-2.54360.22571600.1882572X-RAY DIFFRACTION100
2.5436-32.59230.22061140.14972616X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.45160.10930.13130.40380.33890.7611-0.08820.1955-0.1215-0.0876-0.0717-0.01630.25430.0021-0.0010.1885-0.00130.00320.156-0.00420.153714.137916.941112.5407
20.10380.08730.030.4229-0.13590.0846-0.2870.4767-0.2373-0.58170.14570.27590.3795-0.129-0.10510.4913-0.17870.04810.6002-0.20760.43663.48419.85318.3387
30.1825-0.1419-0.07680.10280.05610.0821-0.0421-0.0770.17330.0546-0.12070.2461-0.2639-0.2498-0.00030.17620.0001-0.01060.2146-0.03260.22287.118918.439818.9248
40.9365-0.82330.00440.83020.05820.039-0.2615-0.174-0.47530.4517-0.21370.59420.16020.0039-0.30240.3576-0.01370.10620.2621-0.00530.2868.921112.670530.27
50.01450.0123-0.00450.0256-0.01820.01330.0867-0.16060.4119-0.13040.029-0.6599-0.2331-0.42710.00030.41830.1120.03760.41120.11860.54341.17817.4884-0.7937
60.0411-0.03370.03160.0276-0.02510.0226-0.04290.04820.48720.07970.0739-0.0288-0.0315-0.0575-0.00110.18990.01-0.00170.26430.00710.2662-1.48710.000211.9076
70.10740.00810.10790.0229-0.03560.17470.1729-0.11090.58380.2279-0.02780.2332-0.2374-0.12570.00090.160.00450.02060.1582-0.01870.186110.3518-0.708712.3885
80.1917-0.15090.05690.2782-0.1330.393-0.1109-0.1036-0.005-0.27470.14190.0043-0.1924-0.0760.00140.2441-0.02790.03720.2002-0.01160.25859.71081.97491.7424
90.15890.04990.14010.28950.14060.15620.0732-0.1075-0.05320.3098-0.0212-0.094-0.03590.3207-00.194-0.0127-0.01290.2103-0.01750.187115.0466-4.261212.2811
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 32 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 33 through 40 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 41 through 49 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 50 through 59 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 6 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 7 through 11 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 12 through 24 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 25 through 39 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 40 through 54 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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