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- PDB-5da5: Crystal structure of Rhodospirillum rubrum Rru_A0973 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5da5
タイトルCrystal structure of Rhodospirillum rubrum Rru_A0973
要素Rru_A0973
キーワードOXIDOREDUCTASE / ferritin / iron / ferroxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


encapsulin nanocompartment / ferroxidase / ferroxidase activity / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1960 / Ferritin-like protein / : / EncFtn-like / Helix Hairpins / Ferritin-like superfamily / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
: / GLYCOLIC ACID / Encapsulated ferritin-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.064 Å
データ登録者He, D. / Vanden Hehier, S. / Georgiev, A. / Altenbach, K. / Tarrant, E. / Mackay, C.L. / Waldron, K.J. / Clarke, D.J. / Marles-Wright, J.
資金援助 中国, 英国, 2件
組織認可番号国
China Scholarships Council 中国
Royal SocietyRG130585 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Structural characterization of encapsulated ferritin provides insight into iron storage in bacterial nanocompartments.
著者: He, D. / Hughes, S. / Vanden-Hehir, S. / Georgiev, A. / Altenbach, K. / Tarrant, E.J. / Mackay, C.L. / Waldron, K.J. / Clarke, D.J. / Marles-Wright, J.
履歴
登録2015年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月31日Group: Database references
改定 1.22018年1月31日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 2.12024年1月10日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rru_A0973
B: Rru_A0973
C: Rru_A0973
D: Rru_A0973
E: Rru_A0973
F: Rru_A0973
G: Rru_A0973
H: Rru_A0973
I: Rru_A0973
J: Rru_A0973
K: Rru_A0973
L: Rru_A0973
M: Rru_A0973
N: Rru_A0973
O: Rru_A0973
P: Rru_A0973
Q: Rru_A0973
R: Rru_A0973
S: Rru_A0973
T: Rru_A0973
U: Rru_A0973
V: Rru_A0973
W: Rru_A0973
X: Rru_A0973
Y: Rru_A0973
Z: Rru_A0973
a: Rru_A0973
b: Rru_A0973
c: Rru_A0973
d: Rru_A0973
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)404,445104
ポリマ－400,43030
非ポリマー4,01474
水14,556808
1
A: Rru_A0973
B: Rru_A0973
C: Rru_A0973
D: Rru_A0973
E: Rru_A0973
F: Rru_A0973
G: Rru_A0973
H: Rru_A0973
I: Rru_A0973
J: Rru_A0973
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,93237
ポリマ－133,47710
非ポリマー1,45627
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
K: Rru_A0973
L: Rru_A0973
M: Rru_A0973
N: Rru_A0973
O: Rru_A0973
P: Rru_A0973
Q: Rru_A0973
R: Rru_A0973
S: Rru_A0973
T: Rru_A0973
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,73633
ポリマ－133,47710
非ポリマー1,25923
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
U: Rru_A0973
V: Rru_A0973
W: Rru_A0973
X: Rru_A0973
Y: Rru_A0973
Z: Rru_A0973
a: Rru_A0973
b: Rru_A0973
c: Rru_A0973
d: Rru_A0973
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,77634
ポリマ－133,47710
非ポリマー1,29924
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.184, 120.533, 140.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.36, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ...
Rru_A0973


分子量: 13347.675 Da / 分子数: 30 / 断片: UNP residues 1-96 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
遺伝子: Rru_A0973 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2RVS1
#2: 化合物...
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-GOA / GLYCOLIC ACID / HYDROXYACETIC ACID / HYDROXYETHANOIC ACID


分子量: 76.051 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O3
#4: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 808 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.22 % / 解説: 200 um x 50 um rods
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1 - 2 ul protein mixed with 1 ul well solution over 1 ml well solution. 0.14 M calcium acetate 15 % (w/v) PEG3350
PH範囲: 7-8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.7311 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月7日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7311 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.064→49.63 Å / Num. all: 395746 / Num. obs: 395746 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rsym value: 0.147 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.064→2.1 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 88.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3K6C

3k6c


解像度: 2.064→49.627 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2061 19192 4.98 %Random Selection
Rwork0.1712 ---
obs0.173 385749 97.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.064→49.627 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22233 0 138 808 23179
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01222828
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26431056
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7688412
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0553470
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074046
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0637-2.08710.36024780.32749351X-RAY DIFFRACTION75
2.0871-2.11170.33556530.29412352X-RAY DIFFRACTION99
2.1117-2.13740.31146620.290412224X-RAY DIFFRACTION99
2.1374-2.16450.31536260.287412379X-RAY DIFFRACTION99
2.1645-2.1930.30026160.27712348X-RAY DIFFRACTION98
2.193-2.2230.32136430.283412264X-RAY DIFFRACTION98
2.223-2.25480.30686320.27812249X-RAY DIFFRACTION98
2.2548-2.28840.31546030.275912276X-RAY DIFFRACTION98
2.2884-2.32420.2846280.257912217X-RAY DIFFRACTION98
2.3242-2.36230.25886160.224312243X-RAY DIFFRACTION98
2.3623-2.4030.23186550.209912223X-RAY DIFFRACTION98
2.403-2.44670.23366180.192712209X-RAY DIFFRACTION98
2.4467-2.49380.22816780.184312112X-RAY DIFFRACTION98
2.4938-2.54470.23566240.182912320X-RAY DIFFRACTION98
2.5447-2.60.21266560.161412271X-RAY DIFFRACTION98
2.6-2.66050.20015710.165112345X-RAY DIFFRACTION98
2.6605-2.7270.23276420.167412371X-RAY DIFFRACTION99
2.727-2.80070.21935780.168312445X-RAY DIFFRACTION99
2.8007-2.88310.23176540.161612370X-RAY DIFFRACTION99
2.8831-2.97620.19456540.150312454X-RAY DIFFRACTION100
2.9762-3.08260.18897280.156312314X-RAY DIFFRACTION100
3.0826-3.2060.23146540.173912359X-RAY DIFFRACTION100
3.206-3.35180.20817350.170312393X-RAY DIFFRACTION100
3.3518-3.52850.19896850.161712354X-RAY DIFFRACTION100
3.5285-3.74950.15116360.135912381X-RAY DIFFRACTION99
3.7495-4.03890.15886510.12612416X-RAY DIFFRACTION99
4.0389-4.44510.14916220.118812433X-RAY DIFFRACTION99
4.4451-5.08780.15136570.125712294X-RAY DIFFRACTION99
5.0878-6.40790.20036700.154512319X-RAY DIFFRACTION99
6.4079-49.64180.15326670.138412271X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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