[日本語] English
万見
- PDB-5da0: Structure of the the SLC26 transporter SLC26Dg in complex with a ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5da0
タイトルStructure of the the SLC26 transporter SLC26Dg in complex with a nanobody
要素
  • Nanobody
  • Sulphate transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Membrane transport protein / nanobody complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / STAS domain / SLC26A/SulP transporter domain / Sulfate permease family / Transcription Regulator spoIIAA / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / Immunoglobulins ...: / STAS domain / SLC26A/SulP transporter domain / Sulfate permease family / Transcription Regulator spoIIAA / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sulphate transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus geothermalis (バクテリア)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Dutzler, R. / Geertsma, E.R. / Chang, Y. / Shaik, F.R.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
SNSFNCCR Structural Biology スイス
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structure of a prokaryotic fumarate transporter reveals the architecture of the SLC26 family.
著者: Geertsma, E.R. / Chang, Y.N. / Shaik, F.R. / Neldner, Y. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Dutzler, R.
履歴
登録2015年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月23日Group: Database references
改定 1.22015年10月14日Group: Database references
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sulphate transporter
B: Nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3314
ポリマ－67,3662
非ポリマー9652
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3100 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area27290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.650, 117.280, 84.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.09, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-219-

LEU

-
要素

#1: 抗体 Sulphate transporter


分子量: 54148.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus geothermalis (strain DSM 11300) (バクテリア)
遺伝子: Dgeo_2773 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1J2S8
#2: 抗体 Nanobody


分子量: 13217.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 糖 ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.34 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 1M Ammoniumformate, 50 mM Na Acetate pH 4.5, 48% PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→40 Å / Num. obs: 20209 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
SHARP位相決定
直接法位相決定
精密化解像度: 3.2→19.946 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 39.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 973 4.85 %
Rwork0.2584 --
obs0.2609 20070 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→19.946 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4346 0 66 0 4412
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034502
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7446113
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8611557
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.026746
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004754
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2002-3.36810.47131640.37492681X-RAY DIFFRACTION99
3.3681-3.5780.36081200.33052718X-RAY DIFFRACTION99
3.578-3.85250.31551480.3042697X-RAY DIFFRACTION99
3.8525-4.23680.29681090.27012768X-RAY DIFFRACTION100
4.2368-4.84220.30221440.25022723X-RAY DIFFRACTION100
4.8422-6.0720.32981490.26992742X-RAY DIFFRACTION100
6.072-19.94610.2721390.21782768X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0326-0.44670.03840.6677-0.83520.7999-0.0412-0.18260.04220.15940.1012-0.07970.02180.479701.0398-0.0331-0.01720.9699-0.00160.996461.583120.919965.5601
2-0.19850.48871.11640.9901-0.86470.6976-0.14510.4088-0.0839-0.07840.11090.0812-0.48610.2352-01.2029-0.24750.09560.9703-0.0051.099655.168837.817663.9227
30.60460.2529-0.14020.59410.27443.4776-0.12620.3063-0.08070.02440.0251-0.0666-0.0860.147701.0132-0.04650.02081.0110.03121.034354.808724.44762.9745
40.6284-0.05220.35790.98620.36360.0823-0.33260.6194-0.3151-0.16430.23370.0970.21290.292201.1872-0.0936-0.04221.578-0.02891.257311.387518.066943.6704
50.1548-0.1296-0.17660.0732-0.2098-0.3574-0.088-0.63740.11620.61340.6873-0.6881-0.7305-1.101201.67770.16690.05981.8434-0.22652.0201-10.888428.47661.5456
60.147-0.07820.12150.15230.3404-0.02550.1285-1.76220.91690.74730.95330.6081-0.4728-0.461201.34920.2287-0.08941.7192-0.23711.63032.612328.534956.5889
70.11950.0138-0.05110.0416-0.0662-0.1276-0.7786-0.978-0.3230.2117-0.1496-0.4216-0.5254-0.5689-01.63540.00110.23332.06150.14051.8061-2.352222.137649.7368
8-0.04060.0034-0.0363-0.00290.04580.0191-0.23370.13030.3082-0.1970.05990.44350.1419-0.126802.00410.4665-0.09022.4694-0.34831.8382-6.948436.249448.4585
90.1643-0.0745-0.03010.16030.0688-0.0190.1887-0.77480.7812-0.0534-0.4165-0.00940.96930.3476-01.57280.0252-0.05551.821-0.14931.6461-5.525724.70859.6944
10-0.0160.29220.0916-0.0205-0.0223-0.1148-0.7294-0.81330.6628-0.04050.5448-0.41850.11590.224101.9477-0.0157-0.07832.767-0.27642.21114.373831.707157.3173
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 14 through 113 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 114 through 191 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 192 through 391 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 392 through 484 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 9 through 26 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 27 through 55 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 56 through 71 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 72 through 80 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 81 through 100 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 101 through 124 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る