PDB-5da0: Structure of the the SLC26 transporter SLC26Dg in complex with a ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5da0

タイトル

Structure of the the SLC26 transporter SLC26Dg in complex with a nanobody

要素

Nanobody
Sulphate transporter

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Membrane transport protein / nanobody complex

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinococcus geothermalis (バクテリア)

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Dutzler, R. / Geertsma, E.R. / Chang, Y. / Shaik, F.R.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structure of a prokaryotic fumarate transporter reveals the architecture of the SLC26 family.
著者: Geertsma, E.R. / Chang, Y.N. / Shaik, F.R. / Neldner, Y. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Dutzler, R.

履歴

登録	2015年8月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月23日	Group: Database references
改定 1.2	2015年10月14日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5da0.cif.gz	230 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5da0.ent.gz	196.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5da0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/5da0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/5da0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5da4C 5iofC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5tt5-d 5szv-d 4ien-d 1rrv-d 4bzf-d 6v2d-d 1jdf-1 4htc-2 4qne-d 1lrh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Sulphate transporter

B: Nanobody

ヘテロ分子

68.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.650, 117.280, 84.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.09, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-219- LEU

#1: 抗体	Sulphate transporter 分子量: 54148.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus geothermalis (strain DSM 11300) (バクテリア) 遺伝子: Dgeo_2773 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1J2S8
#2: 抗体	Nanobody 分子量: 13217.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 糖	ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂₂H₄₂O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.34 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 1M Ammoniumformate, 50 mM Na Acetate pH 4.5, 48% PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→40 Å / Num. obs: 20209 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 18.7
反射シェル	解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHELX		位相決定
SHARP		位相決定
直接法		位相決定

精密化

解像度: 3.2→19.946 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 39.96 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.308	973	4.85 %
R_work	0.2584	-	-
obs	0.2609	20070	99.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→19.946 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4346	0	66	0	4412

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4502
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.744	6113
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.861	1557
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.026	746
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	754

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2002-3.3681	0.4713	164	0.3749	2681	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3681-3.578	0.3608	120	0.3305	2718	X-RAY DIFFRACTION	99
3.578-3.8525	0.3155	148	0.304	2697	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8525-4.2368	0.2968	109	0.2701	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2368-4.8422	0.3022	144	0.2502	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8422-6.072	0.3298	149	0.2699	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
6.072-19.9461	0.272	139	0.2178	2768	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0326	-0.4467	0.0384	0.6677	-0.8352	0.7999	-0.0412	-0.1826	0.0422	0.1594	0.1012	-0.0797	0.0218	0.4797	0	1.0398	-0.0331	-0.0172	0.9699	-0.0016	0.9964	61.5831	20.9199	65.5601
2	-0.1985	0.4887	1.1164	0.9901	-0.8647	0.6976	-0.1451	0.4088	-0.0839	-0.0784	0.1109	0.0812	-0.4861	0.2352	-0	1.2029	-0.2475	0.0956	0.9703	-0.005	1.0996	55.1688	37.8176	63.9227
3	0.6046	0.2529	-0.1402	0.5941	0.2744	3.4776	-0.1262	0.3063	-0.0807	0.0244	0.0251	-0.0666	-0.086	0.1477	0	1.0132	-0.0465	0.0208	1.011	0.0312	1.0343	54.8087	24.447	62.9745
4	0.6284	-0.0522	0.3579	0.9862	0.3636	0.0823	-0.3326	0.6194	-0.3151	-0.1643	0.2337	0.097	0.2129	0.2922	0	1.1872	-0.0936	-0.0422	1.578	-0.0289	1.2573	11.3875	18.0669	43.6704
5	0.1548	-0.1296	-0.1766	0.0732	-0.2098	-0.3574	-0.088	-0.6374	0.1162	0.6134	0.6873	-0.6881	-0.7305	-1.1012	0	1.6777	0.1669	0.0598	1.8434	-0.2265	2.0201	-10.8884	28.476	61.5456
6	0.147	-0.0782	0.1215	0.1523	0.3404	-0.0255	0.1285	-1.7622	0.9169	0.7473	0.9533	0.6081	-0.4728	-0.4612	0	1.3492	0.2287	-0.0894	1.7192	-0.2371	1.6303	2.6123	28.5349	56.5889
7	0.1195	0.0138	-0.0511	0.0416	-0.0662	-0.1276	-0.7786	-0.978	-0.323	0.2117	-0.1496	-0.4216	-0.5254	-0.5689	-0	1.6354	0.0011	0.2333	2.0615	0.1405	1.8061	-2.3522	22.1376	49.7368
8	-0.0406	0.0034	-0.0363	-0.0029	0.0458	0.0191	-0.2337	0.1303	0.3082	-0.197	0.0599	0.4435	0.1419	-0.1268	0	2.0041	0.4665	-0.0902	2.4694	-0.3483	1.8382	-6.9484	36.2494	48.4585
9	0.1643	-0.0745	-0.0301	0.1603	0.0688	-0.019	0.1887	-0.7748	0.7812	-0.0534	-0.4165	-0.0094	0.9693	0.3476	-0	1.5728	0.0252	-0.0555	1.821	-0.1493	1.6461	-5.5257	24.708	59.6944
10	-0.016	0.2922	0.0916	-0.0205	-0.0223	-0.1148	-0.7294	-0.8133	0.6628	-0.0405	0.5448	-0.4185	0.1159	0.2241	0	1.9477	-0.0157	-0.0783	2.767	-0.2764	2.2111	4.3738	31.7071	57.3173

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 14 through 113 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 114 through 191 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 192 through 391 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 392 through 484 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 9 through 26 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 27 through 55 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 56 through 71 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 72 through 80 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 81 through 100 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 101 through 124 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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