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- PDB-5da0: Structure of the the SLC26 transporter SLC26Dg in complex with a ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5da0 | ||||||
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Title | Structure of the the SLC26 transporter SLC26Dg in complex with a nanobody | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSPORT PROTEIN / Membrane transport protein / nanobody complex | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dutzler, R. / Geertsma, E.R. / Chang, Y. / Shaik, F.R. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure of a prokaryotic fumarate transporter reveals the architecture of the SLC26 family. Authors: Geertsma, E.R. / Chang, Y.N. / Shaik, F.R. / Neldner, Y. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Dutzler, R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 230 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 196.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Antibody | Mass: 54148.684 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: Dgeo_2773 / Production host: ![]() ![]() |
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#2: Antibody | Mass: 13217.518 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: Sugar |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.61 Å3/Da / Density % sol: 73.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.5 Details: 1M Ammoniumformate, 50 mM Na Acetate pH 4.5, 48% PEG 400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 16, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.2→40 Å / Num. obs: 20209 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 18.7 |
Reflection shell | Resolution: 3.2→3.3 Å / Redundancy: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 3.2→19.946 Å / SU ML: 0.54 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 39.96 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→19.946 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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