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- PDB-5d9y: Crystal structure of TET2-5fC complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d9y
タイトルCrystal structure of TET2-5fC complex
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*TP*(5FC)P*GP*AP*AP*GP*CP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*AP*GP*CP*TP*TP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*T)-3')
  • Methylcytosine dioxygenase TET2,Methylcytosine dioxygenase TET2
キーワードoxidoreductase/DNA / 5-methylcytosine dioxygenase / TET2 / 5-formylcytosine / protein-DNA complex / oxidoreductase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


leukocyte differentiation / methylcytosine dioxygenase / 5-methylcytosine catabolic process / 5-methylcytosine dioxygenase activity / TET1,2,3 and TDG demethylate DNA / Specification of primordial germ cells / : / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / myeloid cell differentiation / protein O-linked glycosylation ...leukocyte differentiation / methylcytosine dioxygenase / 5-methylcytosine catabolic process / 5-methylcytosine dioxygenase activity / TET1,2,3 and TDG demethylate DNA / Specification of primordial germ cells / : / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / myeloid cell differentiation / protein O-linked glycosylation / ferrous iron binding / response to organic cyclic compound / chromosome / cell cycle / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Methylcytosine dioxygenase TET1/2/3 / Oxygenase domain of the 2OGFeDO superfamily / 2OGFeDO, oxygenase domain / Oxygenase domain of the 2OGFeDO superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / N-OXALYLGLYCINE / DNA / DNA (> 10) / Methylcytosine dioxygenase TET2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.971 Å
データ登録者Hu, L. / Cheng, J. / Rao, Q. / Li, Z. / Li, J. / Xu, Y.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Structural insight into substrate preference for TET-mediated oxidation.
著者: Hu, L. / Lu, J. / Cheng, J. / Rao, Q. / Li, Z. / Hou, H. / Lou, Z. / Zhang, L. / Li, W. / Gong, W. / Liu, M. / Sun, C. / Yin, X. / Li, J. / Tan, X. / Wang, P. / Wang, Y. / Fang, D. / Cui, Q. ...著者: Hu, L. / Lu, J. / Cheng, J. / Rao, Q. / Li, Z. / Hou, H. / Lou, Z. / Zhang, L. / Li, W. / Gong, W. / Liu, M. / Sun, C. / Yin, X. / Li, J. / Tan, X. / Wang, P. / Wang, Y. / Fang, D. / Cui, Q. / Yang, P. / He, C. / Jiang, H. / Luo, C. / Xu, Y.
履歴
登録2015年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月18日Group: Database references / Other
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylcytosine dioxygenase TET2,Methylcytosine dioxygenase TET2
B: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*TP*(5FC)P*GP*AP*AP*GP*CP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*TP*TP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1498
ポリマ－58,7503
非ポリマー3995
水4,720262
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area21690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.154, 87.958, 268.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Methylcytosine dioxygenase TET2,Methylcytosine dioxygenase TET2


分子量: 51397.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TET2, KIAA1546, Nbla00191 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6N021, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q6N021, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*TP*(5FC)P*GP*AP*AP*GP*CP*T)-3')


分子量: 3690.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*CP*TP*TP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*T)-3')


分子量: 3662.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 267分子

#4: 化合物 ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン


分子量: 147.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / コメント: 阻害剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.12 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: 21% PEGMME2000, 0.1M MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 57919 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 24.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.06 / Χ2: 0.88 / Net I/av σ(I): 28 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 242789
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.97-2.044.70.62437510.8170.2990.6950.97693.2
2.04-2.125.40.49239630.9140.2240.5430.9998.2
2.12-2.225.80.36739910.9480.1630.4030.98199
2.22-2.345.80.2540110.9750.1110.2740.97699.3
2.34-2.486.30.18140700.9840.0780.1980.93199.9
2.48-2.676.20.12740780.990.0550.1390.87799.9
2.67-2.946.10.08140560.9940.0350.0880.85999.5
2.94-3.376.60.05541010.9970.0230.060.848100
3.37-4.246.50.04241240.9970.0180.0460.80299.7
4.24-506.30.03643330.9980.0160.0390.65999.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NM6

4nm6


解像度: 1.971→36.767 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2482 3114 5.38 %
Rwork0.2051 54805 -
obs0.2074 57919 74.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 108.2 Å2 / Biso mean: 33.6166 Å2 / Biso min: 8.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.971→36.767 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3252 488 14 262 4016
Biso mean--24.51 32.43 -
残基数----437
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093900
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1595364
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045580
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005620
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.4281517
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9705-2.00130.3612570.31005106229
2.0013-2.03410.3174610.29391050111133
2.0341-2.06920.2942750.31268134338
2.0692-2.10680.3099810.29641365144641
2.1068-2.14730.3349890.28751493158245
2.1473-2.19120.3028960.28981713180951
2.1912-2.23880.30841000.27671778187854
2.2388-2.29090.29821150.26232060217560
2.2909-2.34820.31591350.25342164229966
2.3482-2.41160.32491390.24362498263774
2.4116-2.48260.2461460.23872678282481
2.4826-2.56270.29631710.2342887305887
2.5627-2.65430.30441670.2433152331993
2.6543-2.76050.28341760.23973179335596
2.7605-2.88610.29861760.23363210338697
2.8861-3.03820.26431850.227933843569100
3.0382-3.22840.2421790.214433363515100
3.2284-3.47750.23251830.205733383521100
3.4775-3.82720.21921880.17753318350699
3.8272-4.38020.19592000.157433213521100
4.3802-5.51560.20782000.15353312351299
5.5156-36.77320.22721950.16433296349199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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