PDB-5d9a: Influenza C Virus RNA-dependent RNA Polymerase - Space group P212121

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5d9a

タイトル

Influenza C Virus RNA-dependent RNA Polymerase - Space group P212121

要素

Polymerase acidic protein
Polymerase basic protein 2
RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

キーワード

VIRAL PROTEIN / RNA-dependent RNA polymerase / Influenza / Influenza C virus / Negative-strand virus

機能・相同性

機能・相同性情報

cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza C virus (インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 4.3 Å

データ登録者

Hengrung, N. / El Omari, K. / Serna Martin, I. / Vreede, F.T. / Cusack, S. / Rambo, R.P. / Vonrhein, C. / Bricogne, G. / Stuart, D.I. / Grimes, J.M. / Fodor, E.

資金援助

英国, 5件

組織	認可番号	国
Wellcome Trust	092931/Z/10/Z	英国
Wellcome Trust	075491/Z/04	英国
Medical Research Council (United Kingdom)	MR/K000241/1	英国
Medical Research Council (United Kingdom)	G1000099	英国
Medical Research Council (United Kingdom)	G1100138	英国

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of the RNA-dependent RNA polymerase from influenza C virus.
著者: Hengrung, N. / El Omari, K. / Serna Martin, I. / Vreede, F.T. / Cusack, S. / Rambo, R.P. / Vonrhein, C. / Bricogne, G. / Stuart, D.I. / Grimes, J.M. / Fodor, E.

履歴

登録	2015年8月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月4日	Group: Database references
改定 1.2	2015年11月18日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2019年2月20日	Group: Advisory / Data collection / Derived calculations カテゴリ: diffrn_source / pdbx_data_processing_status ...diffrn_source / pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.5	2019年7月10日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.6	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.7	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5d9a.cif.gz	1.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5d9a.ent.gz	1.4 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5d9a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/5d9a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/5d9a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5d98SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5d98-1 5d98-2 6y0c-d 4y1n-d 4y1o-d 6cip-1 6ty9-d 11093 6oes-d 6ehm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Polymerase acidic protein

B: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

C: Polymerase basic protein 2

D: Polymerase acidic protein

E: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

F: Polymerase basic protein 2

G: Polymerase acidic protein

H: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

I: Polymerase basic protein 2

J: Polymerase acidic protein

K: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

L: Polymerase basic protein 2

1.03 MDa, 12 ポリマー
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1

A: Polymerase acidic protein

B: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

C: Polymerase basic protein 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
257 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Polymerase acidic protein

E: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

F: Polymerase basic protein 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
257 kDa, 3 ポリマー
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3

G: Polymerase acidic protein

H: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

I: Polymerase basic protein 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
257 kDa, 3 ポリマー
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4

J: Polymerase acidic protein

K: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

L: Polymerase basic protein 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
257 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	107.280, 217.500, 597.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	THR	THR	A	A	4 - 708	4 - 708
2	1	THR	THR	THR	THR	D	D	4 - 708	4 - 708
1	2	THR	THR	THR	THR	A	A	4 - 708	4 - 708
2	2	THR	THR	THR	THR	G	G	4 - 708	4 - 708
1	3	THR	THR	THR	THR	A	A	4 - 708	4 - 708
2	3	THR	THR	THR	THR	J	J	4 - 708	4 - 708
1	4	MET	MET	SER	SER	B	B	1 - 753	1 - 753
2	4	MET	MET	SER	SER	E	E	1 - 753	1 - 753
1	5	MET	MET	SER	SER	B	B	1 - 753	1 - 753
2	5	MET	MET	SER	SER	H	H	1 - 753	1 - 753
1	6	MET	MET	SER	SER	B	B	1 - 753	1 - 753
2	6	MET	MET	SER	SER	K	K	1 - 753	1 - 753
1	7	MET	MET	LYS	LYS	C	C	1 - 771	1 - 771
2	7	MET	MET	LYS	LYS	F	F	1 - 771	1 - 771
1	8	MET	MET	LYS	LYS	C	C	1 - 771	1 - 771
2	8	MET	MET	LYS	LYS	I	I	1 - 771	1 - 771
1	9	MET	MET	LYS	LYS	C	C	1 - 771	1 - 771
2	9	MET	MET	LYS	LYS	L	L	1 - 771	1 - 771
1	10	THR	THR	THR	THR	D	D	4 - 708	4 - 708
2	10	THR	THR	THR	THR	G	G	4 - 708	4 - 708
1	11	THR	THR	THR	THR	D	D	4 - 708	4 - 708
2	11	THR	THR	THR	THR	J	J	4 - 708	4 - 708
1	12	MET	MET	SER	SER	E	E	1 - 753	1 - 753
2	12	MET	MET	SER	SER	H	H	1 - 753	1 - 753
1	13	MET	MET	SER	SER	E	E	1 - 753	1 - 753
2	13	MET	MET	SER	SER	K	K	1 - 753	1 - 753
1	14	MET	MET	LYS	LYS	F	F	1 - 771	1 - 771
2	14	MET	MET	LYS	LYS	I	I	1 - 771	1 - 771
1	15	MET	MET	LYS	LYS	F	F	1 - 771	1 - 771
2	15	MET	MET	LYS	LYS	L	L	1 - 771	1 - 771
1	16	THR	THR	THR	THR	G	G	4 - 708	4 - 708
2	16	THR	THR	THR	THR	J	J	4 - 708	4 - 708
1	17	MET	MET	SER	SER	H	H	1 - 753	1 - 753
2	17	MET	MET	SER	SER	K	K	1 - 753	1 - 753
1	18	MET	MET	LYS	LYS	I	I	1 - 771	1 - 771
2	18	MET	MET	LYS	LYS	L	L	1 - 771	1 - 771

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Polymerase acidic protein / Polymerase 3 / RNA-directed RNA polymerase subunit P2 分子量: 82025.531 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Influenza C virus (strain C/Johannesburg/1/1966) (インフルエンザウイルス) 株: C/Johannesburg/1/1966 / 遺伝子: PA, P3 / プラスミド: MultiBac / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9IMP5
#2: タンパク質	RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase basic protein 1 / PB1 / RNA-directed RNA polymerase subunit P1 分子量: 86145.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Influenza C virus (strain C/Johannesburg/1/1966) (インフルエンザウイルス) 株: C/Johannesburg/1/1966 / 遺伝子: PB1 / プラスミド: MultiBac / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9IMP4, RNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質	Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase subunit P3 分子量: 88972.547 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Influenza C virus (strain C/Johannesburg/1/1966) (インフルエンザウイルス) 株: C/Johannesburg/1/1966 / 遺伝子: PB2 / プラスミド: MultiBac / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9IMP3
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Drops were set up by mixing polymerase (5 mg/ml in 25 mM Hepes:NaOH, pH 7.5, 10% (v/v) glycerol, 0.5 M NaCl, 0.5 mM TCEP, 10 mM CaCl2) with 0.2 M NaCl, 0.1 M Na:HEPES, pH 7.5, 25% (w/v) ...詳細: Drops were set up by mixing polymerase (5 mg/ml in 25 mM Hepes:NaOH, pH 7.5, 10% (v/v) glycerol, 0.5 M NaCl, 0.5 mM TCEP, 10 mM CaCl2) with 0.2 M NaCl, 0.1 M Na:HEPES, pH 7.5, 25% (w/v) PEG4000 and microseeds in a 2:1:1 protein:precipitant:seed ratio.

結晶

マシュー密度: 3.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 64 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Drops were set up by mixing polymerase (5 mg/ml in 25 mM Hepes:NaOH, pH 7.5, 10% (v/v) glycerol, 0.5 M NaCl, 0.5 mM TCEP, 10 mM CaCl2) with 0.2 M NaCl, 0.1 M Na:HEPES, pH 7.5, 25% (w/v) ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 4.3→80.9 Å / Num. obs: 95264 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.204 / Net I/σ(I): 5.5
反射シェル	解像度: 4.3→4.41 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.993 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 93.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0124	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5D98

5d98

解像度: 4.3→50.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.853 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.818 / SU B: 168.293 / SU ML: 1.971 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.418 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.36847	4744	5 %	RANDOM
R_work	0.31575	-	-	-
obs	0.31839	90390	98.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 191.76 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.39 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.98 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-8.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 4.3→50.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	69371	0	0	0	69371

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	70656
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	68906
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.241	1.97	94958
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.986	3	159126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.303	5	8607
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.388	24.183	3189
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.33	15	13672
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.574	15	484
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	10434
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	78271
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	15733
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	10.205	18.874	34575
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	10.205	18.874	34574
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	17.787	28.277	43133
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	17.787	28.277	43134
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.115	19.642	36081
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	8.115	19.642	36082
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	15.138	29.162	51826
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	27.76		82723
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	27.759		82723
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	82552	0.06
1	2	D	82552	0.06
2	1	A	82974	0.03
2	2	G	82974	0.03
3	1	A	82980	0.03
3	2	J	82980	0.03
4	1	B	85988	0
4	2	E	85988	0
5	1	B	85978	0
5	2	H	85978	0
6	1	B	85992	0
6	2	K	85992	0
7	1	C	89468	0.02
7	2	F	89468	0.02
8	1	C	89280	0.03
8	2	I	89280	0.03
9	1	C	89566	0.01
9	2	L	89566	0.01
10	1	D	82570	0.06
10	2	G	82570	0.06
11	1	D	82590	0.05
11	2	J	82590	0.05
12	1	E	85978	0
12	2	H	85978	0
13	1	E	85996	0
13	2	K	85996	0
14	1	F	90088	0.04
14	2	I	90088	0.04
15	1	F	90454	0.01
15	2	L	90454	0.01
16	1	G	83198	0
16	2	J	83198	0
17	1	H	85998	0
17	2	K	85998	0
18	1	I	90170	0.03
18	2	L	90170	0.03

LS精密化シェル

解像度: 4.301→4.412 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.423	352	-
R_work	0.423	6096	-
obs	-	-	92.88 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)