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- PDB-5d98: Influenza C Virus RNA-dependent RNA Polymerase - Space group P43212 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d98
タイトルInfluenza C Virus RNA-dependent RNA Polymerase - Space group P43212
要素
  • Polymerase acidic protein
  • Polymerase basic protein 2
  • RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
キーワードTRANSFERASE/RNA / RNA-dependent RNA polymerase / Influenza / Influenza C virus / Negative-strand virus / transferase-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting ...cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / : ...Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza C virus (インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Hengrung, N. / El Omari, K. / Serna Martin, I. / Vreede, F.T. / Cusack, S. / Rambo, R.P. / Vonrhein, C. / Bricogne, G. / Stuart, D.I. / Grimes, J.M. / Fodor, E.
資金援助 英国, 5件
組織認可番号国
Wellcome Trust092931/Z/10/Z 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/K000241/1 英国
Medical Research Council (United Kingdom)G1000099 英国
Medical Research Council (United Kingdom)G1100138 英国
Wellcome Trust075491/Z/04 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of the RNA-dependent RNA polymerase from influenza C virus.
著者: Hengrung, N. / El Omari, K. / Serna Martin, I. / Vreede, F.T. / Cusack, S. / Rambo, R.P. / Vonrhein, C. / Bricogne, G. / Stuart, D.I. / Grimes, J.M. / Fodor, E.
履歴
登録2015年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月18日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase acidic protein
B: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
C: Polymerase basic protein 2
D: Polymerase acidic protein
E: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
F: Polymerase basic protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)514,38510
ポリマ－514,2886
非ポリマー974
水00
1
A: Polymerase acidic protein
B: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
C: Polymerase basic protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,1935
ポリマ－257,1443
非ポリマー492
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Polymerase acidic protein
E: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
F: Polymerase basic protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,1935
ポリマ－257,1443
非ポリマー492
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)185.660, 185.660, 598.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22E
13C
23F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRTHRTHRAA4 - 7084 - 708
21THRTHRTHRTHRDD4 - 7084 - 708
12METMETSERSERBB1 - 7531 - 753
22METMETSERSEREE1 - 7531 - 753
13METMETLYSLYSCC1 - 7711 - 771
23METMETLYSLYSFF1 - 7711 - 771

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.685073, -0.720346, -0.108516), (0.724762, -0.688997, -0.001829), (-0.07345, -0.079901, 0.994093)-158.578766, 56.801472, 67.556961

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要素

#1: タンパク質 Polymerase acidic protein / Polymerase 3 / RNA-directed RNA polymerase subunit P2


分子量: 82025.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza C virus (strain C/Johannesburg/1/1966) (インフルエンザウイルス)
遺伝子: PA, P3 / プラスミド: MultiBac / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9IMP5
#2: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase basic protein 1 / PB1 / RNA-directed RNA polymerase subunit P1


分子量: 86145.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza C virus (strain C/Johannesburg/1/1966) (インフルエンザウイルス)
遺伝子: PB1 / プラスミド: MultiBac / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9IMP4, RNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase subunit P3


分子量: 88972.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza C virus (strain C/Johannesburg/1/1966) (インフルエンザウイルス)
遺伝子: PB2 / プラスミド: MultiBac / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9IMP3
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Drops were set up by mixing polymerase (5.8 mg/ml in 25 mM Hepes:NaOH, pH 7.5, 10% (v/v) glycerol, 0.5 M NaCl, 0.5 mM TCEP, 10 mM CaCl2) with 70% Morpheus G2 (10% w/v PEG 8000, 20% v/v ...詳細: Drops were set up by mixing polymerase (5.8 mg/ml in 25 mM Hepes:NaOH, pH 7.5, 10% (v/v) glycerol, 0.5 M NaCl, 0.5 mM TCEP, 10 mM CaCl2) with 70% Morpheus G2 (10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol, 0.02 M carboxylic acids (0.2 M sodium formate, 0.2 M ammonium acetate, 0.2 M trisodium citrate, 0.2 M sodium potassium l-tartrate, 0.2 M sodium oxamate), 0.1 M MES/imidazole) in a 2:1 protein:precipitant ratio.

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンDiamond I0310.9763
シンクロトロンDiamond I0321.035
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2015年2月2日
DECTRIS PILATUS 6M2PIXEL2014年4月14日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97631
21.0351
反射解像度: 3.9→100.57 Å / Num. obs: 95267 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 21.2 % / Rmerge(I) obs: 0.201 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 3.9→4 Å / 冗長度: 20.6 % / Rmerge(I) obs: 3.685 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
xia2データ削減
PHENIX位相決定
SHELX位相決定
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.9→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 80.769 / SU ML: 0.987 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.805 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32572 4770 5 %RANDOM
Rwork0.28578 ---
obs0.2878 90335 98.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 205.572 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.73 Å2-0 Å2-0 Å2
2--9.73 Å2-0 Å2
3----19.47 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.9→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数34716 0 4 0 34720
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01935362
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0234482
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1161.9747528
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.679379634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.66354310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.49324.1851596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.506156842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.46115242
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.25220
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02139190
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.027876
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it9.6320.32117306
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other9.62920.32117305
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it15.74630.47321594
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other15.74530.47421595
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.07720.99518056
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other9.07720.99518057
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other15.14131.23325935
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined21.75643100
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other21.75643100
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.5

Ens-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
1A662810.47
2B674210.16
3C723214.44
LS精密化 シェル解像度: 3.9→4.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.54 355 -
Rwork0.51 6402 -
obs--96.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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