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万見
- PDB-5d8i: Engineering the Species-Specificity of an Inhibitory Antibody Tar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d8i
タイトルEngineering the Species-Specificity of an Inhibitory Antibody Targeting a Modulator of Tumor Stroma
要素Sulfhydryl oxidase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / enzyme / disulfide bonds / thioredoxin fold
機能・相同性
機能・相同性情報


flavin-dependent sulfhydryl oxidase activity / thiol oxidase / extracellular matrix assembly / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / Platelet degranulation / negative regulation of macroautophagy / intercellular bridge / protein disulfide isomerase activity / Neutrophil degranulation ...flavin-dependent sulfhydryl oxidase activity / thiol oxidase / extracellular matrix assembly / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / Platelet degranulation / negative regulation of macroautophagy / intercellular bridge / protein disulfide isomerase activity / Neutrophil degranulation / FAD binding / protein folding / Golgi membrane / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Sulfhydryl oxidase, flavin adenine dinucleotide (FAD) binding domain / Sulfhydryl oxidase, Trx-like domain / Sulfhydryl oxidase, flavin adenine dinucleotide (FAD) binding domain superfamily / QSOX Trx-like domain / Flavin adenine dinucleotide (FAD)-dependent sulfhydryl oxidase / Sulfhydryl oxidase / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain superfamily / Erv1 / Alr family / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain profile. ...Sulfhydryl oxidase, flavin adenine dinucleotide (FAD) binding domain / Sulfhydryl oxidase, Trx-like domain / Sulfhydryl oxidase, flavin adenine dinucleotide (FAD) binding domain superfamily / QSOX Trx-like domain / Flavin adenine dinucleotide (FAD)-dependent sulfhydryl oxidase / Sulfhydryl oxidase / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain superfamily / Erv1 / Alr family / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain profile. / Thioredoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sulfhydryl oxidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Grossman, I. / Fass, D.
資金援助1件
組織認可番号国
European Research Council310649
引用ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2016
タイトル: Overcoming a species-specificity barrier in development of an inhibitory antibody targeting a modulator of tumor stroma.
著者: Grossman, I. / Ilani, T. / Fleishman, S.J. / Fass, D.
履歴
登録2015年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月30日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfhydryl oxidase 1
B: Sulfhydryl oxidase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1842
ポリマ－53,1842
非ポリマー00
水5,152286
1
A: Sulfhydryl oxidase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5921
ポリマ－26,5921
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Sulfhydryl oxidase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5921
ポリマ－26,5921
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.480, 116.375, 50.023
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Sulfhydryl oxidase 1 / mSOx / Quiescin Q6 / Skin sulfhydryl oxidase


分子量: 26591.994 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 36-275 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: SVLYSSSDPLTLLDADSVRPTVLGSSSAWAVEFFA SWCGHCIAFAPTWKELANDVKDWRPALNLAVLDCAEETNSAVCREFNIAGFPTVRFFQAFTKNGSGATLP GAGANVQTLRMRLIDALESHRDTWPPACPPLEPAKLNDIDGFFTRNKADYLALVFEREDSYLGREVTLDL ...詳細: SVLYSSSDPLTLLDADSVRPTVLGSSSAWAVEFFA SWCGHCIAFAPTWKELANDVKDWRPALNLAVLDCAEETNSAVCREFNIAGFPTVRFFQAFTKNGSGATLP GAGANVQTLRMRLIDALESHRDTWPPACPPLEPAKLNDIDGFFTRNKADYLALVFEREDSYLGREVTLDL SQYHAVAVRRVLNTESDLVNKFGVTDFPSCYLLLRNGSVSRVPVLVESRSFYTSYLRGLPGLTRD
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Qsox1, Qscn6, Sox / プラスミド: pet15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8BND5, thiol oxidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 5% w/v dimethyl sulfoxide, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 7% w/v PEG monomethyl ether 2 kD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年8月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 28528 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.318 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 79.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3Q6O

3q6o


解像度: 2.05→28.513 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 27.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2523 1957 6.87 %random selection
Rwork0.201 ---
obs0.2045 28485 95.61 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→28.513 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3707 0 0 286 3993
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063881
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2755304
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.91390
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.094592
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007698
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0474-2.09860.31521050.27441556X-RAY DIFFRACTION78
2.0986-2.15530.28821120.2591765X-RAY DIFFRACTION89
2.1553-2.21870.32861430.25641821X-RAY DIFFRACTION92
2.2187-2.29030.28331330.24611872X-RAY DIFFRACTION95
2.2903-2.37210.29991650.22191893X-RAY DIFFRACTION97
2.3721-2.4670.28381380.22421916X-RAY DIFFRACTION98
2.467-2.57930.28681490.21191918X-RAY DIFFRACTION98
2.5793-2.71510.28591490.21141940X-RAY DIFFRACTION98
2.7151-2.88510.31151420.23371978X-RAY DIFFRACTION99
2.8851-3.10760.25741450.21051928X-RAY DIFFRACTION98
3.1076-3.41990.25211460.20991965X-RAY DIFFRACTION99
3.4199-3.91370.23931530.18231967X-RAY DIFFRACTION99
3.9137-4.92660.22041490.16061986X-RAY DIFFRACTION100
4.9266-28.51620.17791280.17462023X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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