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- PDB-5d8g: A structural view on the dissociation of E. coli Tryptophanase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d8g
タイトルA structural view on the dissociation of E. coli Tryptophanase
要素Tryptophanase
キーワードLYASE / tryptophanase / PLP-dependent enzyme / cold dissociation / hydrophobic interactions / open conformation / closed conformation
機能・相同性
機能・相同性情報


indole metabolic process / tryptophanase activity / tryptophanase / cell pole / L-cysteine desulfhydrase activity / tryptophan catabolic process / potassium ion binding / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / identical protein binding ...indole metabolic process / tryptophanase activity / tryptophanase / cell pole / L-cysteine desulfhydrase activity / tryptophan catabolic process / potassium ion binding / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tryptophanase / Beta-eliminating lyase family / Tryptophanase, conserved site / Beta-eliminating lyases pyridoxal-phosphate attachment site. / Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase / Beta-eliminating lyase / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Almog, O.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: A structural view of the dissociation of Escherichia coli tryptophanase.
著者: Green, K. / Qasim, N. / Gdaelvsky, G. / Kogan, A. / Goldgur, Y. / Parola, A.H. / Lotan, O. / Almog, O.
履歴
登録2015年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9078
ポリマ－52,4971
非ポリマー4107
水7,602422
1
A: Tryptophanase
ヘテロ分子

A: Tryptophanase
ヘテロ分子

A: Tryptophanase
ヘテロ分子

A: Tryptophanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,62732
ポリマ－209,9884
非ポリマー1,63928
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area22610 Å2
ΔGint-256 kcal/mol
Surface area64200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.287, 120.267, 171.709
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1001-

CL

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Tryptophanase / L-tryptophan indole-lyase / TNase


分子量: 52496.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: HLPEPFRIR VIEPVKRTTR AYREEAIIKS GMNPFLLDS EDVFIDLLTD SGTGAMTQS MQAAMMRGDEAYSGSRSYYALA ESVKNIFGYQYTIPTHQGRGAEQIYIPVLIKKREQEKGLDRSKMVAFSNYFFDTTQGHSQINGCTVRNVYIKEAFDTGVR ...詳細: HLPEPFRIR VIEPVKRTTR AYREEAIIKS GMNPFLLDS EDVFIDLLTD SGTGAMTQS MQAAMMRGDEAYSGSRSYYALA ESVKNIFGYQYTIPTHQGRGAEQIYIPVLIKKREQEKGLDRSKMVAFSNYFFDTTQGHSQINGCTVRNVYIKEAFDTGVR YDFKGNFDLEGLERGIEEVGPNNVPYIVATITSNSAGGQPVSLANLKAMYSIAKKYDIPVVMDSARFAENAYFIKQREAE YKDWTIEQITRETYKYADMLAMSAKKDAMVPMGGLLCMKDDSFFDVYTECRTLCVVQEGFPTYGGLEGGAMERLAVGLYD GMNLDWLAYRIAQVQYLVDGLEEIGVVCQQAGGHAAFVDAGKLLPHIPADQFPAQALACELYKVAGIRAVEIGSFLLGRD PKTGKQLPCPAELLRLTIPRATYTQTHMDFIIEAFKHVKENAANIKGLTFTYEPKVLRHFTAKLKEV
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: tnaA, ind, b3708, JW3686
発現宿主: Escherichia coli str. 'clone D i2' (大腸菌)
参照: UniProt: P0A853, tryptophanase

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非ポリマー , 6種, 429分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 30%(w/v) PEG 400, 100 mM HEPES pH 7.5, 200 mM MgCl2, 5 mM 2-mercaptoethanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→49.2 Å / Num. obs: 45940 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.6 % / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル最高解像度: 1.89 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.89→49.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 2.511 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 2449 5.1 %RANDOM
Rwork0.17429 ---
obs0.17629 45940 99.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.383 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→49.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3671 0 21 422 4114
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0223829
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0351.9725177
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2275477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.2223.851174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.88115666
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3861525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1560.2558
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0212907
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3091.52350
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.07223787
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.75631479
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6884.51390
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.891→1.94 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 172 -
Rwork0.265 3285 -
obs--96.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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