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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5d77 | ||||||
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タイトル | Structure of Mip6 RRM3 Domain | ||||||
![]() | RNA-binding protein MIP6 | ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / RNA Binding Domain | ||||||
機能・相同性 | ![]() mRNA localization resulting in post-transcriptional regulation of gene expression / mRNA metabolic process / prospore membrane / poly(A) binding / poly(U) RNA binding / Translation initiation complex formation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / mRNA 3'-UTR binding ...mRNA localization resulting in post-transcriptional regulation of gene expression / mRNA metabolic process / prospore membrane / poly(A) binding / poly(U) RNA binding / Translation initiation complex formation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / mRNA 3'-UTR binding / cytoplasmic stress granule / regulation of translation / ribonucleoprotein complex / RNA binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mohamad, N. / Bravo, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of Mip6 RRM3 domain at 1.3 著者: Mohamad, N. / Bravo, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 64.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 441.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3feyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9211.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: MIP6, YHR015W / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CIT / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.12 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 1.6M Sodium Citrate Tribasic dihydrate pH 6.5; Ammonium Nitrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月20日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→45.91 Å / Num. obs: 15814 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Net I/σ(I): 25.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 95.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3FEY 解像度: 1.3→33.766 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.77 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→33.766 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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