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万見
- PDB-5d6g: CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT OF RIBOSOMAL PROTEIN P0 IN COMPLEX ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d6g
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT OF RIBOSOMAL PROTEIN P0 IN COMPLEX WITH 74NT 23S RNA FROM METHANOCOCCUS JANNASCHII
要素
  • 23S ribosomal RNA
  • 50S ribosomal protein L10
キーワードTRANSLATION / Archaeal Proteins / Methanococcus / Protein Structure / RNA / Ribosomal Proteins / Ribosomes
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / structural constituent of ribosome
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L10, N-terminal fragment, domain II / Ribosomal protein L10, N-terminal RNA-binding domain / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2 / 50S ribosomal protein L10, archaea / : / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P ...Ribosomal protein L10, N-terminal fragment, domain II / Ribosomal protein L10, N-terminal RNA-binding domain / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2 / 50S ribosomal protein L10, archaea / : / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Alpha-Beta Plaits / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / : / Large ribosomal subunit protein uL10
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Gabdulkhakov, A.G. / Mitroshin, I.V. / Garber, M.B.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT OF RIBOSOMAL PROTEIN P0 IN COMPLEX WITH 74NT 23S RNA FROM METHANOCOCCUS JANNASCHII
著者: Gabdulkhakov, A.G. / Mitroshin, I.V. / Garber, M.B.
履歴
登録2015年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 50S ribosomal protein L10
0: 23S ribosomal RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3314
ポリマ－47,2822
非ポリマー492
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2340 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area21960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.230, 108.310, 112.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L10 / Acidic ribosomal protein P0 homolog / MjaL10


分子量: 23353.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: rpl10, rplP0, MJ0509 / プラスミド: pET-11c/MjaP0NTF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P54049
#2: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 23928.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
プラスミド: pMja23S-74.UC18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1(Blue) / 参照: REF: 470491724
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.51 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 50 mM Sodium Cacodylate, pH 6.5, 0.2 M KCl, 0.1 M Magnesium acetate, 9% PEG 6000, 0.5 mM CTAB

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. all: 49425 / Num. obs: 10828 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.56 % / Rmerge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 7.15
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3JSY

3jsy


解像度: 3.3→24.827 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.36 / 位相誤差: 34.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2985 487 4.98 %
Rwork0.245 --
obs0.2475 9780 98.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→24.827 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1572 1588 2 5 3167
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093378
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4354935
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6971527
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059629
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01348
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3002-3.77630.36971580.3173018X-RAY DIFFRACTION98
3.7763-4.75220.33031610.27623080X-RAY DIFFRACTION99
4.7522-24.8280.24991680.2023195X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.72320.2497-0.74943.1339-1.48531.6687-0.3242-0.42640.47242.52960.46790.46010.50280.5485-0.58451.37880.2157-0.13180.9284-0.49371.9421141.849813.273239.0647
26.3154-1.4387-6.93783.070.38831.99490.0976-0.74521.4952-1.54450.24420.62631.9478-0.0068-0.09920.97020.10060.06510.6948-0.11931.95124.925227.139738.0574
30.9094-0.7942-0.80091.5211.32941.9712-0.3912-0.55910.9171.6216-0.3607-0.49070.8875-0.99160.88052.2061-0.0020.20321.1649-0.43911.7473116.203438.283458.7273
40.5042-0.38450.93255.98982.14272.81570.4132-0.7472-0.06832.7104-0.319-2.14841.3373-1.3312-0.22092.6525-0.44990.53041.1093-0.62521.0446120.543326.293858.3613
50.53960.41281.38260.69130.56631.8412-0.5143-0.58940.79570.059-0.95950.7094-0.6837-0.47031.25371.6749-0.00940.12941.0544-0.59261.9334126.959532.584250.8643
60.66760.86941.35984.43131.68863.70970.3617-0.16741.05350.6564-0.9793-0.8157-0.6031-0.4090.68871.2185-0.15930.08310.7277-0.15491.6953129.636229.428140.6596
78.4021-0.09590.45292.01590.89260.0895-0.14040.8181-0.11940.95880.56430.8670.35370.1378-0.261.6634-0.038-0.49171.27470.46254.2681149.104214.92442.1925
82.2066-2.33622.0152.6665-0.81551.66490.1101-0.7689-0.61910.1273-0.1693-0.10970.5249-0.26740.06871.0632-0.21960.38450.69590.0421.5388117.037510.600337.3931
92.47982.0891.13312.5403-0.37582.64410.33990.2344-1.7234-0.2689-0.0913-0.1461.5157-0.174-0.0261.282-0.0273-0.12570.6349-0.14591.8377122.20432.480930.52
100.74930.461-1.43993.91660.17561.285-0.32330.07890.2716-0.80070.5105-0.34840.12630.1648-0.1730.9462-0.0807-0.06460.80950.06191.6991112.379424.818925.4017
113.3866-1.574-0.58954.29121.91585.6638-0.8761.62611.2767-1.140.0765-1.1282-0.0799-0.14260.70781.1755-0.1227-0.20631.01380.51031.0989116.955352.830320.6687
12-0.05480.032-0.95886.8595-0.73042.0834-0.19540.00270.3387-0.4221-0.6113-0.3456-0.41280.02720.51571.0301-0.1026-0.35130.9123-0.13091.1923115.345333.443821.1982
131.5841.7695-2.14432.3439-1.46185.81160.6003-1.451-3.3755-0.058-0.2013-0.4601-1.903-1.0484-0.83411.9439-0.163-0.59031.8339-0.11861.5991110.445210.744316.2968
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 0 and resid 1151:1162
2X-RAY DIFFRACTION2chain 0 and resid 1163:1167
3X-RAY DIFFRACTION3chain 0 and resid 1168:1182
4X-RAY DIFFRACTION4chain 0 and resid 1183:1194
5X-RAY DIFFRACTION5chain 0 and resid 1195:1204
6X-RAY DIFFRACTION6chain 0 and resid 1205:1221
7X-RAY DIFFRACTION7chain 0 and resid 1222:1224
8X-RAY DIFFRACTION8chain A and resid 10:52
9X-RAY DIFFRACTION9chain A and resid 53:85
10X-RAY DIFFRACTION10chain A and resid 86:137
11X-RAY DIFFRACTION11chain A and resid 138:155
12X-RAY DIFFRACTION12chain A and resid 156:201
13X-RAY DIFFRACTION13chain A and resid 202:214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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