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- PDB-5d66: Crystal structure of an ankyrin repeat domain (ABAYE2397) from Ac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d66
タイトルCrystal structure of an ankyrin repeat domain (ABAYE2397) from Acinetobacter baumannii AYE at 1.00 A resolution
要素Uncharacterized protein
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / ankyrin repeat domain / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF3447 / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ANK_REP_REGION domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of an ankyrin repeat domain (ABAYE2397) from Acinetobacter baumannii AYE at 1.00 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2015年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation_author.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3228
ポリマ－43,1102
非ポリマー2136
水13,187732
1
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6614
ポリマ－21,5551
非ポリマー1063
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6614
ポリマ－21,5551
非ポリマー1063
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.268, 43.221, 49.632
Angle α, β, γ (deg.)83.850, 89.960, 78.380
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein / ankyrin repeat domain


分子量: 21554.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (strain AYE) (バクテリア)
株: AYE / 遺伝子: ABAYE2397 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: B0VB33
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 732 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M sodium chloride, 20.0% polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月9日
詳細: Vertical focusing mirror; double crystal Si(111) monochromator
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→27.228 Å / Num. all: 156154 / Num. obs: 156154 / % possible obs: 82.5 % / 冗長度: 4 % / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.089 / Rsym value: 0.077 / Net I/av σ(I): 5.264 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 618768
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueDiffraction-IDNet I/σ(I) obs% possible all
1-1.033.90.8290.71611601140810.4170.8290.71611.929.1
1.03-1.053.90.6040.5221.42334459390.3040.6040.5222.443.3
1.05-1.083.90.4330.37423318784450.2180.4330.3743.263.8
1.08-1.1240.3260.2822.645420114480.1640.3260.2824.188.9
1.12-1.1540.2480.2143.444782112540.1240.2480.2145.189.8
1.15-1.240.2090.181443538109360.1050.2090.1815.990.6
1.2-1.2440.1840.1594.542407106500.0920.1840.1596.791.2
1.24-1.2940.1640.1424.940755102260.0820.1640.1427.391.8
1.29-1.3540.1530.1335.13971799840.0770.1530.1337.992.3
1.35-1.4140.1350.1175.83799195330.0670.1350.1178.893.1
1.41-1.4940.1190.1036.43668692110.060.1190.1031093.6
1.49-1.5840.1050.0917.23455286790.0530.1050.09111.494.3
1.58-1.6940.0960.0837.83285882490.0480.0960.08312.695
1.69-1.8340.0880.0768.63096477760.0440.0880.07613.995.6
1.83-23.90.0810.078.92796870990.0410.0810.0715.995.7
2-2.2440.0730.0639.62538764260.0370.0730.06317.496
2.24-2.583.90.0710.0629.92233157100.0360.0710.06218.195.8
2.58-3.1640.0660.05710.61946549090.0330.0660.0571997.9
3.16-4.473.80.0590.05111.81407436650.0310.0590.05119.794.8
4.47-27.2283.80.070.0610.2733119340.0370.070.0618.891.1

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
SHELX位相決定
SHARP位相決定
REFMAC5.8.0103精密化
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1→27.228 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.08 / SU B: 0.852 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.03
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. THE SAD PHASES WERE USED AS RESTRAINTS DURING REFINEMENT. 3. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.168 7870 5 %RANDOM
Rwork0.139 148222 --
obs0.1404 156092 82.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 75.55 Å2 / Biso mean: 12.2327 Å2 / Biso min: 4.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20.36 Å2-0.11 Å2
2--0.5 Å2-0.01 Å2
3----0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→27.228 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2956 0 6 732 3694
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0223282
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023287
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.671.9624499
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04637540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7055456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.63724.61141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.78115588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5441522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2526
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023915
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02749
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9230.7611698
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9220.761697
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.121.1492163
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.78536569
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free25.9445427
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.45656832
LS精密化 シェル解像度: 1→1.026 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 207 -
Rwork0.325 3871 -
all-4078 -
obs--29.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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