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- PDB-5d5n: Crystal Structure of the Human Cytomegalovirus pUL50-pUL53 Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d5n
タイトルCrystal Structure of the Human Cytomegalovirus pUL50-pUL53 Complex
要素
  • Virion egress protein UL31 homolog
  • Virion egress protein UL34 homolog
キーワードVIRAL PROTEIN / Viral Nuclear Egress Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from nuclear membrane / host cell nuclear inner membrane / viral tegument / HCMV Late Events / HCMV Early Events / zinc ion binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus viron egress-type / Herpesvirus virion protein U34 / Herpesvirus UL31 / Herpesvirus UL31-like protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear egress protein 1 / Nuclear egress protein 2 / Nuclear egress protein 1 / Nuclear egress protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Walzer, S.A. / Egerer-Sieber, C. / Hohl, K. / Sevvana, M. / Muller, Y.A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB796 ドイツ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of the Human Cytomegalovirus pUL50-pUL53 Core Nuclear Egress Complex Provides Insight into a Unique Assembly Scaffold for Virus-Host Protein Interactions.
著者: Walzer, S.A. / Egerer-Sieber, C. / Sticht, H. / Sevvana, M. / Hohl, K. / Milbradt, J. / Muller, Y.A. / Marschall, M.
履歴
登録2015年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Database references
改定 1.22015年11月25日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Virion egress protein UL34 homolog
B: Virion egress protein UL31 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0843
ポリマ－48,0182
非ポリマー651
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3590 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.153, 118.153, 73.623
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6

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要素

#1: タンパク質 Virion egress protein UL34 homolog / Primary envelopment factor UL34 homolog


分子量: 19607.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
株: AD169 / 遺伝子: UL50 / プラスミド: pE-Sumo / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P16791, UniProt: Q6SW81*PLUS
#2: タンパク質 Virion egress protein UL31 homolog


分子量: 28410.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
株: AD169 / 遺伝子: UL53 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16794, UniProt: F5HFZ4*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Protein concentration: 10-13 mg/ml Protein buffer: 50 mM Tris/HCl pH 8.0, 150 mM NaCl, 2 mM TCEP Reservoir solution: 0.2 mM CaCl2, 20 % (w/v) PEG 3350 Ratio: 1:1 protein:reservoir solution

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→50 Å / Num. obs: 20319 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 68.3 Å2 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.44→2.5 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Rsym value: 1.298 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
XDSXDSAPPデータ削減
XDSXDSAPPデータスケーリング
SHELX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.44→46.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 29.698 / SU ML: 0.301 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.346 / ESU R Free: 0.281 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28717 1620 7.4 %RANDOM
Rwork0.22092 ---
obs0.22566 20319 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 77.975 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.29 Å20.65 Å20 Å2
2--1.29 Å2-0 Å2
3----4.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→46.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3076 0 1 20 3097
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193143
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4131.9574255
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92336931
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6745381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.83424.392148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.31115561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.7771517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2490
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213495
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02712
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0783.5671533
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0783.5671532
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8045.3481908
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8045.3491909
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1193.6741610
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.1183.6751611
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.8995.4672347
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.7527.4853322
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.7527.4853322
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.44→2.503 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 120 -
Rwork0.362 1482 -
obs--99.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.4482-1.6277-0.85723.2061-2.045410.82380.06520.45370.1038-0.4271-0.1835-0.38740.89940.19580.11840.14280.05350.04010.08730.07840.231336.66624.886-2.222
220.91582.04451.820320.4818-11.57597.0101-0.1263-1.1161-1.1467-1.42980.76110.85990.9419-0.6626-0.63480.5315-0.24970.02060.3876-0.19550.494926.25218.326-0.634
33.6188-0.37360.44095.7743-4.62279.3862-0.21470.10090.192-0.07150.40320.4512-0.5036-1.5742-0.18850.07310.122-0.00320.49880.08240.336722.86733.776-2.04
410.66590.9996-7.1663.7614-1.295114.19260.59310.43830.6911-1.1783-0.4619-0.4029-1.094-0.2879-0.13120.57330.16710.0910.41690.27950.329129.18339.302-11.623
55.85390.4012-3.39348.8751-3.83233.4939-0.1926-0.6738-0.3335-0.6726-0.2738-0.90120.56590.65790.46630.59340.5137-0.19860.6789-0.16130.249510.44939.13315.88
61.46032.27061.02616.11194.948511.96330.01570.51260.5042-0.39090.33130.0294-1.911.5832-0.3470.3787-0.22-0.00420.86610.24510.574917.53953.76425.984
75.05440.54883.62742.81652.510113.29790.1086-0.36280.13370.4421-0.08870.1003-0.2591.4251-0.01990.1186-0.14030.03070.46460.04490.172311.63246.63131.991
84.13040.30610.75425.33914.07958.4002-0.2483-0.64920.09920.34990.16930.3858-0.81150.24390.0790.4131-0.03420.09150.4856-0.02090.56621.20454.0837.588
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 85
2X-RAY DIFFRACTION2A86 - 100
3X-RAY DIFFRACTION3A101 - 171
4X-RAY DIFFRACTION4B59 - 89
5X-RAY DIFFRACTION5B90 - 114
6X-RAY DIFFRACTION6B115 - 156
7X-RAY DIFFRACTION7B157 - 259
8X-RAY DIFFRACTION8B260 - 289

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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