PDB-5d5l: PreQ1-II riboswitch with an engineered G-U wobble pair bound to Cs+

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5d5l

タイトル

PreQ1-II riboswitch with an engineered G-U wobble pair bound to Cs+

要素

PreQ1-II riboswitch

キーワード

RNA / GU wobble / pseudoknot / Shine-Dalgarno sequence

機能・相同性

: / 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

Lactobacillus rhamnosus LOCK908 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Wedekind, J.E. / Liberman, J.A. / Salim, M.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM063162	米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)	RR026501	米国

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Cesium(I) binding to G-U-wobble base pairs in preQ1 riboswitches with implications for crystallographic phasing
著者: Belashov, I.A. / Liberman, J.A. / Salim, M. / Wedekind, J.E.

履歴

登録	2015年8月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5d5l.cif.gz	440.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5d5l.ent.gz	364.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5d5l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5d5l_validation.pdf.gz	451.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5d5l_full_validation.pdf.gz	455.5 KB	表示
XML形式データ	5d5l_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	5d5l_validation.cif.gz	21.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/5d5l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/5d5l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jf2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4jf2-d 5a9p-d 5dh6-d 5eao-d 5dh8-d 5di2-d 7d7l-2 7jiw-d 4j2c-d 5dqk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リボスイッチ (Riboswitches)
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リシン (Ricin)
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Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: PreQ1-II riboswitch

B: PreQ1-II riboswitch

C: PreQ1-II riboswitch

D: PreQ1-II riboswitch

ヘテロ分子

105 kDa, 4 ポリマー
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1

A: PreQ1-II riboswitch

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: PreQ1-II riboswitch

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: PreQ1-II riboswitch

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: PreQ1-II riboswitch

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	86.358, 57.833, 99.493
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.640, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: RNA鎖	PreQ1-II riboswitch 分子量: 24851.574 Da / 分子数: 4 / 変異: C5G,C6G,G7C,C14G,G15U / 由来タイプ: 合成詳細: This sequence was obtained from the 5-prime-leader of the queT gene 由来: (合成) Lactobacillus rhamnosus LOCK908 (バクテリア)
#2: 化合物	... ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン分子量: 132.905 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs
#3: 化合物	ChemComp-PRF / 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE / 2-アミノ-5-(アミノメチル)-7H-ピロロ[2,3-d]ピリミジン-4(3H)-オン分子量: 179.179 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₉N₅O
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.36 % / 解説: Thin plates of size 300 um x 50 um x 20 um
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 14.4% (w/v) poly(ethylene) glycol 6000, 0.130 M MgOAc2, 0.001 M spermine-HCl, 0.020 M KCl, 0.130 M CsCl and 0.050 M Na-cacodylate pH 6.0 Temp details: isothermal incubation

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: phi-axis rotation

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 1.17 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月8日 / 詳細: Rh coated focusing mirror

放射

モノクロメーター: Si(111) Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.17 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 2.8 % / 数: 86950 / R_merge(I) obs: 0.071 / Χ²: 1.07 / D res high: 2.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 30551 / % possible obs: 92.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.38	50	1	0.054	1.038	2.9
4.27	5.38	1	0.046	1.045	2.9
3.73	4.27	1	0.051	1.054	3
3.39	3.73	1	0.065	1.063	2.8
3.15	3.39	1	0.082	1.086	3
2.96	3.15	1	0.113	1.145	2.8
2.82	2.96	1	0.209	1.142	2.9
2.69	2.82	1	0.315	1.062	3
2.59	2.69	1	0.45	1.062	2.7
2.5	2.59	1	0.502	1.01	2.2

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 30551 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 2.8 % / B_iso Wilson estimate: 53.52 Å² / R_merge(I) obs: 0.071 / Χ²: 1.074 / Net I/av σ(I): 13.937 / Net I/σ(I): 12.1 / Num. measured all: 86950

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.5-2.59	2.2	0.502	2351	1.01	72.7
2.59-2.69	2.7	0.45	3014	1.062	92.2
2.69-2.82	3	0.315	3169	1.062	97.3
2.82-2.96	2.9	0.209	3156	1.142	96.6
2.96-3.15	2.8	0.113	3060	1.145	94.1
3.15-3.39	3	0.082	3193	1.086	96.8
3.39-3.73	2.8	0.065	3129	1.063	95.2
3.73-4.27	3	0.051	3153	1.054	96
4.27-5.38	2.9	0.046	3155	1.045	94.8
5.38-50	2.9	0.054	3171	1.038	93

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
SCALEPACK		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4jf2

4jf2

解像度: 2.5→49.373 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.45 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.247	3657	6.53 %	random
R_work	0.1988	52384	-	-
obs	0.202	56041	87.73 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 248.59 Å² / B_iso mean: 69.5077 Å² / B_iso min: 19.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→49.373 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	6576	135	196	6907
B_iso mean	-	-	60.03	51.48	-
残基数	-	-	-	-	308

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7610
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.589	11625
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.027	1536
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	312
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.287	3700

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4943-2.5272	0.3975	76	0.3654	1133	1209	50
2.5272-2.5618	0.448	106	0.3516	1497	1603	66
2.5618-2.5984	0.4029	124	0.3509	1726	1850	74
2.5984-2.6372	0.3958	135	0.3306	1913	2048	84
2.6372-2.6784	0.3417	148	0.3269	2093	2241	91
2.6784-2.7223	0.391	140	0.3089	2112	2252	93
2.7223-2.7692	0.3566	153	0.3044	2160	2313	92
2.7692-2.8196	0.3304	151	0.318	2128	2279	94
2.8196-2.8738	0.4179	147	0.3146	2112	2259	91
2.8738-2.9324	0.3327	145	0.3025	2082	2227	92
2.9324-2.9962	0.3177	152	0.2566	2084	2236	92
2.9962-3.0659	0.3139	129	0.2255	1973	2102	84
3.0659-3.1425	0.3031	145	0.2181	2067	2212	92
3.1425-3.2275	0.2959	152	0.2082	2187	2339	93
3.2275-3.3224	0.2566	151	0.193	2091	2242	93
3.3224-3.4297	0.2565	150	0.1921	2130	2280	92
3.4297-3.5522	0.2442	147	0.1865	2131	2278	93
3.5522-3.6944	0.2076	143	0.1699	2056	2199	89
3.6944-3.8625	0.2061	143	0.158	2043	2186	89
3.8625-4.066	0.2035	146	0.1496	2114	2260	93
4.066-4.3206	0.1945	146	0.1364	2146	2292	94
4.3206-4.654	0.1749	148	0.146	2162	2310	94
4.654-5.1219	0.209	140	0.1476	1993	2133	87
5.1219-5.862	0.2337	153	0.1567	2220	2373	95
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精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
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54	X-RAY DIFFRACTION	54	(chain C and resid 74:77)	C	74 - 77
55	X-RAY DIFFRACTION	55	(chain D and resid 1:4)	D	1 - 4
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59	X-RAY DIFFRACTION	59	(chain D and resid 20:23)	D	20 - 23
60	X-RAY DIFFRACTION	60	(chain D and resid 24:27)	D	24 - 27
61	X-RAY DIFFRACTION	61	(chain D and resid 28:31)	D	28 - 31
62	X-RAY DIFFRACTION	62	(chain D and resid 32:35)	D	32 - 35
63	X-RAY DIFFRACTION	63	(chain D and resid 36:39)	D	36 - 39
64	X-RAY DIFFRACTION	64	(chain D and resid 40:45)	D	40 - 45
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71	X-RAY DIFFRACTION	71	(chain D and resid 74:77)	D	74 - 77

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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