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万見
- PDB-5d51: Krypton derivatization of an O2-tolerant membrane-bound [NiFe] hy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d51
タイトルKrypton derivatization of an O2-tolerant membrane-bound [NiFe] hydrogenase reveals a hydrophobic gas tunnel network
要素(Uptake hydrogenase ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / [NIFE] HYDROGENASE / KNALLGASBACTERIA / PROTEOBACTERIA / AEROBIC HYDROGEN BACTERIA / DEHYDROGENASE / HYDROGEN / DIHYDROGEN / HYDROGEN CATALYSIS / METALLOENZYME / METALLOPROTEIN CATALYTIC CENTER / NICKEL-IRON COFACTOR / BIMETALLIC / NI-FE ACTIVE SITE / IRON-SULFUR CLUSTER / T-CLUSTER / [4FE-3S] CLUSTER / [3FE-4S] CLUSTER / [4FE-4S] CLUSTER / OXIDIZED STATE / OXYGEN-TOLERANT HYDROGENASE / MEMBRANE-BOUND / KRYPTON / NOBLE GAS DERIVATIZATION / HYDROPHOBIC TUNNEL / GAS TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrogenase (acceptor) / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity ...hydrogenase (acceptor) / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B ...Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / : / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Few Secondary Structures / Irregular / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / FE4-S3 CLUSTER / KRYPTON / NI-FE OXIDIZED ACTIVE CENTER / IRON/SULFUR CLUSTER / Uptake hydrogenase large subunit / Uptake hydrogenase small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Cupriavidus necator (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Kalms, J. / Schmidt, A. / Frielingsdorf, S. / van der Linden, P. / von Stetten, D. / Lenz, O. / Carpentier, P. / Scheerer, P.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2016
タイトル: Krypton Derivatization of an O2 -Tolerant Membrane-Bound [NiFe] Hydrogenase Reveals a Hydrophobic Tunnel Network for Gas Transport.
著者: Kalms, J. / Schmidt, A. / Frielingsdorf, S. / van der Linden, P. / von Stetten, D. / Lenz, O. / Carpentier, P. / Scheerer, P.
履歴
登録2015年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月30日Group: Database references
改定 1.22016年5月4日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Uptake hydrogenase large subunit
S: Uptake hydrogenase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,49728
ポリマ－104,6322
非ポリマー2,86526
水10,215567
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12710 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area25940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.387, 95.574, 119.752
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Uptake hydrogenase ... , 2種, 2分子 LS

#1: タンパク質 Uptake hydrogenase large subunit / HOXG / Hydrogenlyase / Membrane-bound hydrogenase large subunit


分子量: 67247.195 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-603 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cupriavidus necator (バクテリア)
遺伝子: hoxG, PHG002 / 発現宿主: Cupriavidus necator (バクテリア) / 参照: UniProt: P31891, hydrogenase (acceptor)
#2: タンパク質 Uptake hydrogenase small subunit / HOXK / Hydrogenlyase / Membrane-bound hydrogenase small subunit


分子量: 37384.520 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 44-360 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cupriavidus necator (バクテリア)
遺伝子: hoxK, PHG001 / 発現宿主: Cupriavidus necator (バクテリア) / 参照: UniProt: P31892, hydrogenase (acceptor)

-
非ポリマー , 8種, 593分子

#3: 化合物 ChemComp-NFV / NI-FE OXIDIZED ACTIVE CENTER


分子量: 210.583 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3FeN2NiO2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-KR / KRYPTON


分子量: 83.798 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: Kr
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#8: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#9: 化合物 ChemComp-F4S / FE4-S3 CLUSTER / T-CLUSTER


分子量: 319.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S3
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 567 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% - 30% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH 5.5 - 6.5 / PH範囲: 5.5 - 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月19日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→47.79 Å / Num. obs: 142125 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.47→1.55 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.796 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RGW

3rgw


解像度: 1.47→47.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / SU B: 2.479 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.053 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15046 6930 4.9 %RANDOM
Rwork0.13298 ---
obs0.13383 135101 99.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.178 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.43 Å20 Å2-0 Å2
2--0.37 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.47→47.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6753 0 53 567 7373
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0197114
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026629
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.261.9499698
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.852315277
LS精密化 シェル解像度: 1.47→1.508 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 495 -
Rwork0.254 9780 -
obs--98.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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