PDB-5d4z: Crystal structure of Repressor from Salmonella-temperate phage

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5d4z

タイトル

Crystal structure of Repressor from Salmonella-temperate phage

要素

Repressor

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Repressor

機能・相同性

Helix-turn-helix / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / DNA binding / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Repressor

機能・相同性情報

生物種

Salmonella phage SPC32H (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.98 Å

データ登録者

Kim, H.J. / Yoon, H.J. / Ryu, S. / Lee, H.H.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Noncanonical DNA-binding mode of repressor and its disassembly by antirepressor
著者: Kim, M. / Kim, H.J. / Son, S.H. / Yoon, H.J. / Lim, Y. / Lee, J.W. / Seok, Y.-J. / Jin, K.S. / Yu, Y.G. / Kim, S.K. / Ryu, S. / Lee, H.H.

履歴

登録	2015年8月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月1日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_reflns_twin / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_reflns_twin.operator / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5d4z.cif.gz	628.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5d4z.ent.gz	524.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5d4z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5d4z_validation.pdf.gz	698 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5d4z_full_validation.pdf.gz	808.3 KB	表示
XML形式データ	5d4z_validation.xml.gz	128 KB	表示
CIF形式データ	5d4z_validation.cif.gz	174.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/5d4z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/5d4z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5d50SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4lp8-d 1t39-d 3eeq-d 2wlh-d 4zh0-d 4b4c-1 3zrs-d 2x6b-d 4x4c-d 1r6o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Repressor

B: Repressor

C: Repressor

D: Repressor

E: Repressor

F: Repressor

G: Repressor

H: Repressor

I: Repressor

J: Repressor

K: Repressor

L: Repressor

M: Repressor

N: Repressor

O: Repressor

P: Repressor

Q: Repressor

R: Repressor

T: Repressor

U: Repressor

V: Repressor

W: Repressor

X: Repressor

Y: Repressor

Z: Repressor

1: Repressor

2: Repressor

3: Repressor

4: Repressor

5: Repressor

6: Repressor

7: Repressor

376 kDa, 32 ポリマー
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1

A: Repressor

B: Repressor

I: Repressor

J: Repressor

登録者が定義した集合体
47 kDa, 4 ポリマー
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2

C: Repressor

D: Repressor

K: Repressor

L: Repressor

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47 kDa, 4 ポリマー
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3

E: Repressor

F: Repressor

4: Repressor

5: Repressor

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47 kDa, 4 ポリマー
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4

G: Repressor

H: Repressor

6: Repressor

7: Repressor

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5

M: Repressor

N: Repressor

V: Repressor

W: Repressor

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6

O: Repressor

P: Repressor

X: Repressor

Y: Repressor

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7

Q: Repressor

R: Repressor

Z: Repressor

1: Repressor

登録者が定義した集合体
47 kDa, 4 ポリマー
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8

T: Repressor

U: Repressor

2: Repressor

3: Repressor

登録者が定義した集合体
47 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	61.599, 62.497, 267.896
Angle α, β, γ (deg.)	89.99, 89.97, 72.70
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	... Repressor 分子量: 11759.522 Da / 分子数: 32 / 断片: UNP residues 92-198 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella phage SPC32H (ファージ) 遺伝子: rep, SPC32H_041 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: T1S9Z0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.99 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2 / 詳細: 15%(w/v) PEG 4000, 0.1M magnesium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97935 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97935 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.509
1	1	-h,-k,l	2	0.491

反射

解像度: 2.98→50 Å / Num. obs: 75973 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 1.6 % / Net I/σ(I): 22.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
HKL-2000		data processing
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5D50

5d50

解像度: 2.98→49.13 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.887 / SU B: 19.355 / SU ML: 0.367 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27324	3813	5 %	RANDOM
R_work	0.21564	-	-	-
obs	0.21855	72158	97.45 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.309 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.69 Å²	35.58 Å²	0.29 Å²
2-	-	20.99 Å²	16.14 Å²
3-	-	-	-28.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.98→49.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25435	0	0	527	25962

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	25878
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	25423
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.254	1.949	34960
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.842	3	58496
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.465	5	3281
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.58	24.577	1053
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.795	15	4603
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.16	15	128
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	4017
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	28976
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	5580
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.83	7.837	13220
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.829	7.837	13219
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.789	11.751	16469
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.789	11.751	16470
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.142	7.846	12658
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.142	7.846	12659
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.746	11.735	18492
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.907	62.77	33426
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.866	62.886	33283
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.979→3.056 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.397	241	-
R_work	0.256	4542	-
obs	-	-	83.68 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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