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万見
- PDB-5d4i: Intact nitrite complex of a copper nitrite reductase determined b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d4i
タイトルIntact nitrite complex of a copper nitrite reductase determined by serial femtosecond crystallography
要素Copper-containing nitrite reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / copper
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquitin-like modifier activating enzyme activity
類似検索 - 分子機能
Bacteriocin biosynthesis, cyclodehydratase domain / Thiazole/oxazole-forming peptide maturase, SagD family component / : / Winged Helix-turn-helix domain / YcaO-like domain / YcaO cyclodehydratase, ATP-ad Mg2+-binding / YcaO domain profile. / Ubiquitin-activating enzyme / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase ...Bacteriocin biosynthesis, cyclodehydratase domain / Thiazole/oxazole-forming peptide maturase, SagD family component / : / Winged Helix-turn-helix domain / YcaO-like domain / YcaO cyclodehydratase, ATP-ad Mg2+-binding / YcaO domain profile. / Ubiquitin-activating enzyme / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / NITRITE ION / MusD
類似検索 - 構成要素
生物種Alcaligenes faecalis (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Fukuda, Y. / Tse, K.M. / Nakane, T. / Nakatsu, T. / Suzuki, M. / Sugahara, M. / Inoue, S. / Masuda, T. / Yumoto, F. / Matsugaki, N. ...Fukuda, Y. / Tse, K.M. / Nakane, T. / Nakatsu, T. / Suzuki, M. / Sugahara, M. / Inoue, S. / Masuda, T. / Yumoto, F. / Matsugaki, N. / Nango, E. / Tono, K. / Joti, Y. / Kameshima, T. / Song, C. / Hatsui, T. / Yabashi, M. / Nureki, O. / Murphy, M.E.P. / Inoue, T. / Iwata, S. / Mizohata, E.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
日本
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Redox-coupled proton transfer mechanism in nitrite reductase revealed by femtosecond crystallography
著者: Fukuda, Y. / Tse, K.M. / Nakane, T. / Nakatsu, T. / Suzuki, M. / Sugahara, M. / Inoue, S. / Masuda, T. / Yumoto, F. / Matsugaki, N. / Nango, E. / Tono, K. / Joti, Y. / Kameshima, T. / Song, C. ...著者: Fukuda, Y. / Tse, K.M. / Nakane, T. / Nakatsu, T. / Suzuki, M. / Sugahara, M. / Inoue, S. / Masuda, T. / Yumoto, F. / Matsugaki, N. / Nango, E. / Tono, K. / Joti, Y. / Kameshima, T. / Song, C. / Hatsui, T. / Yabashi, M. / Nureki, O. / Murphy, M.E. / Inoue, T. / Iwata, S. / Mizohata, E.
履歴
登録2015年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月22日Group: Database references
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_related_exp_data_set / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper-containing nitrite reductase
B: Copper-containing nitrite reductase
C: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,57912
ポリマ－111,0603
非ポリマー5199
水5,819323
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13630 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area33240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.000, 103.000, 147.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Copper-containing nitrite reductase / Cu-NIR


分子量: 37019.922 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 40-376 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alcaligenes faecalis (バクテリア)
遺伝子: nirK, nir / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38501, nitrite reductase (NO-forming)
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-NO2 / NITRITE ION / 二酸化窒素


分子量: 46.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 4 / 詳細: 100mM sodium acetate (pH 4.0) and 12% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Ambient temp details: LCP injector
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 1.149 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.149 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→28.97 Å / Num. obs: 120700 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1079 % / Net I/σ(I): 11.87
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 1021.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→28.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1955 6263 4.9 %RANDOM
Rwork0.16491 ---
obs0.16644 120357 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.278 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.6→28.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7697 0 15 323 8035
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0198157
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1191.94211137
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.15651052
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.17224.525358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.973151247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.7431529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1630.21212
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0216361
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3483.4924151
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3075.2155222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7363.8364006
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.37912088
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.34356
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.598 494 -
Rwork0.611 8783 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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