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- PDB-5d4b: Structural Basis for a New Templated Activity by Terminal Deoxynu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d4b
タイトルStructural Basis for a New Templated Activity by Terminal Deoxynucleotidyl Transferase: Implications for V(D)J Recombination
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*GP*G)-3')
  • Terminal deoxynucleotidyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Tdt / Synapsis / Double strand breaks
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA nucleotidylexotransferase / DNA nucleotidylexotransferase activity / DNA modification / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA metabolic process / response to ATP / euchromatin / nuclear matrix / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA-directed DNA polymerase activity ...DNA nucleotidylexotransferase / DNA nucleotidylexotransferase activity / DNA modification / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA metabolic process / response to ATP / euchromatin / nuclear matrix / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA-directed DNA polymerase activity / hydrolase activity / chromatin / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA nucleotidylexotransferase (TdT) / Polymerase, nucleotidyl transferase domain / DNA nucleotidylexotransferase (TdT) / DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / Nucleotidyltransferase domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / breast cancer carboxy-terminal domain / DNA polymerase lambda, fingers domain ...DNA nucleotidylexotransferase (TdT) / Polymerase, nucleotidyl transferase domain / DNA nucleotidylexotransferase (TdT) / DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / Nucleotidyltransferase domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / breast cancer carboxy-terminal domain / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase beta thumb / DNA polymerase, thumb domain superfamily / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Nucleotidyltransferase superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA nucleotidylexotransferase / DNA nucleotidylexotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Loc'h, J. / Rosario, S. / Delarue, M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Fondation ARC pour la recherche sur le cancer フランス
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for a New Templated Activity by Terminal Deoxynucleotidyl Transferase: Implications for V(D)J Recombination.
著者: Loc'h, J. / Rosario, S. / Delarue, M.
履歴
登録2015年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月17日Group: Database references
改定 1.22016年9月14日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Terminal deoxynucleotidyltransferase
B: Terminal deoxynucleotidyltransferase
C: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,83618
ポリマ－98,9736
非ポリマー86312
水2,792155
1
A: Terminal deoxynucleotidyltransferase
C: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,89010
ポリマ－51,4594
非ポリマー4326
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Terminal deoxynucleotidyltransferase
D: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,89010
ポリマ－51,4594
非ポリマー4326
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.730, 71.450, 198.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Terminal deoxynucleotidyltransferase


分子量: 45704.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Dntt / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3UZ80, UniProt: P09838*PLUS

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 CDEF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*C)-3')


分子量: 1810.258 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*GP*G)-3')


分子量: 2134.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 167分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 22-28% PEG 4000, 100-300 mM Lithium Sulfate and 100 mM Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→49.23 Å / Num. all: 23888 / Num. obs: 22902 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 83.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 11.47
反射 シェル解像度: 2.66→2.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.794 / Mean I/σ(I) obs: 1.67 / % possible all: 90.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JMS

1jms


解像度: 2.66→49.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9367 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.336
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2472 1153 5 %RANDOM
Rwork0.2072 ---
obs0.2091 22902 96.34 %-
原子変位パラメータBiso mean: 67.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.3425 Å20 Å20 Å2
2---2.7688 Å20 Å2
3----7.5737 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.373 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.66→49.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5188 484 44 155 5871
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015868HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.068049HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1849SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes92HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes828HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5868HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.64
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.38
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion787SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6477SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.66→2.78 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3337 129 4.98 %
Rwork0.2532 2461 -
all0.2571 2590 -
obs--96.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2892-0.0272-0.17890.32840.2931.3780.00680.02090.0519-0.0165-0.0090.0451-0.03120.03730.0022-0.0556-0.0146-0.0077-0.0748-0.00160.018832.09217.0541-26.1692
20.29140.04650.01830.566-0.52691.75020.0369-0.0682-0.0428-0.0602-0.2006-0.0339-0.0027-0.0160.1637-0.07730.03220.009-0.0718-0.0068-0.02131.8273-7.324725.3918
30.04690.0013-0.14550.0041-0.09760.13160-0.001-0.00780.00180.00110.00170.008-0.0029-0.00110.00710.02040.0159-0.0055-0.00250.004533.3667-5.1571-29.3393
40.119-0.0425-0.19720.0798-0.01290-0.00080.00890.0049-0.0014-0.0051-0.0022-0.0080.00480.00590.0029-0.01250.0045-0.01380.00140.021935.25714.675728.3852
50.1340.038-0.08330.15120.08250.1241-0.00030.00290.0006-0.00430.00130.01110.0014-0.0022-0.0010.0057-0.0001-0.0110.00310.00330.001938.3817-4.2953-1.0657
60-0.2938-0.47960.33850.067300.0005-0.0007-0.0001-0.00160.00250.0084-0.002-0.0006-0.00290.02160.00480.0417-0.0060.02560.002137.34042.30433.683
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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