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- PDB-5d3u: Crystal structure of the 5-selective H176F mutant of Cytochrome TxtE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d3u
タイトルCrystal structure of the 5-selective H176F mutant of Cytochrome TxtE
要素P450-like protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / cytochrome / p450 / heme / regioselectivity / F/G loop
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
4-nitrotryptophan synthase / Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / TRYPTOPHAN / Putative P450-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces scabies (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Cahn, J.K.B. / Dodani, S.C. / Arnold, F.H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Gordon and Betty Moore FoundationGBMF2809 米国
US Army Research OfficeW911NF-09-0001 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2016
タイトル: Discovery of a regioselectivity switch in nitrating P450s guided by molecular dynamics simulations and Markov models.
著者: Dodani, S.C. / Kiss, G. / Cahn, J.K. / Su, Y. / Pande, V.S. / Arnold, F.H.
履歴
登録2015年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P450-like protein
B: P450-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,1509
ポリマ－94,2892
非ポリマー1,8617
水17,655980
1
A: P450-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0574
ポリマ－47,1441
非ポリマー9133
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: P450-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0935
ポリマ－47,1441
非ポリマー9484
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.795, 99.351, 105.499
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 P450-like protein


分子量: 47144.496 Da / 分子数: 2 / 変異: H176F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces scabies (strain 87.22) (バクテリア)
株: 87.22 / 遺伝子: SCAB_31831 / プラスミド: pET28b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: C9ZDC6

-
非ポリマー , 5種, 987分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 980 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.13 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 25% PEG 3350, 200mM MgCl2, 100mM Bis-Tris pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月13日
放射モノクロメーター: LIQUID NITROGEN-COOLED DOUBLE CRYSTAL K-B FOCUSING MIRRORS
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.152→72.328 Å / Num. obs: 136577 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.8 % / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.158 / Rsym value: 0.14 / Net I/av σ(I): 4.723 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 654153
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.45-1.534.81.2260.693991196220.6371.2261.597.5
1.53-1.624.60.8430.885890185010.4420.843297.2
1.62-1.734.90.5421.386549176150.2770.5422.998.3
1.73-1.874.70.3532.176364163920.1840.3533.998
1.87-2.054.90.213.574230151940.1070.216.198.7
2.05-2.294.90.135.667481139050.0660.138.999.1
2.29-2.654.80.0897.958358121120.0450.08911.797.8
2.65-3.244.90.06310.551149105140.0310.06315.499.7
3.24-4.594.80.04412.33873181100.0220.04422.198.2
4.59-36.1644.60.03812.72141046120.0190.03821.997.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.94 Å38.52 Å
Translation5.94 Å38.52 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TPN

4tpn


解像度: 1.45→72.328 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / WRfactor Rfree: 0.2177 / WRfactor Rwork: 0.1542 / FOM work R set: 0.6967 / SU B: 4.42 / SU ML: 0.073 / SU R Cruickshank DPI: 0.0964 / SU Rfree: 0.0897 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2513 6899 5.1 %RANDOM
Rwork0.1873 ---
obs0.1905 129589 97.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 145.01 Å2 / Biso mean: 13.332 Å2 / Biso min: 3.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.71 Å20 Å20 Å2
2--1.05 Å20 Å2
3---0.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→72.328 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6282 0 129 980 7391
Biso mean--7.95 33.13 -
残基数----806
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0196687
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026371
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8751.9779181
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.965314589
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1430.21022
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0217680
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021610
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1220.9783262
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1230.9783261
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5391.4834078
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.785313058
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free58.2025352
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded16.388513498
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 507 -
Rwork0.315 9412 -
all-9919 -
obs--97.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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