PDB-5d3h: First bromodomain of BRD4 bound to inhibitor XD29

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5d3h

タイトル

First bromodomain of BRD4 bound to inhibitor XD29

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

TRANSCRIPTION / Gene regulation / Bromodomain / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / histone reader activity / : ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Wohlwend, D. / Huegle, M. / Weitzel, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: 4-Acyl Pyrrole Derivatives Yield Novel Vectors for Designing Inhibitors of the Acetyl-Lysine Recognition Site of BRD4(1).
著者: Hugle, M. / Lucas, X. / Weitzel, G. / Ostrovskyi, D. / Breit, B. / Gerhardt, S. / Einsle, O. / Gunther, S. / Wohlwend, D.

履歴

登録	2015年8月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月9日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5d3h.cif.gz	76.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5d3h.ent.gz	57 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5d3h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/5d3h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/5d3h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5d24C 5d25C 5d26C 5d3jC 5d3lC 5d3nC 5d3pC 5d3rC 5d3sC 5d3tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3uvx-d 5d3j-d 6e4a-1 5d25-d 6vuc-d 4uix-2 6x7d-2 5a85-d 6lg4-d 4bw2-d 4cfl-d 6fsy-d 6z7m-d 7c2z-d 4nqm-d 5vom-1 4f3i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.350, 49.090, 57.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15012.301 Da / 分子数: 1 / 断片: First bromodomain, UNP residues 44-168 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-57G / N-[5-(diethylsulfamoyl)-2-hydroxyphenyl]-3-ethyl-4-(hydroxyacetyl)-5-methyl-1H-pyrrole-2-carboxamide / N,N-ジエチル-3-[3-エチル-4-(ヒドロキシアセチル)-5-メチル-1H-ピロ-ル-2-イルカルボニルアミノ](以下略) 分子量: 437.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₇N₃O₆S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350, Bis-tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→27.1 Å / Num. obs: 11275 / % possible obs: 88.4 % / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / R_merge(I) obs: 0.266 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 475 / % possible all: 74.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0069	精密化
Aimless	0.2.17	データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
iMOSFLM	7.0.9	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: in-house model of apo-BRD4(1)

解像度: 1.7→27.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 5.612 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19644	1115	9.9 %	RANDOM
R_work	0.16188	-	-	-
obs	0.16531	10137	87.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.789 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.22 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.7→27.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1046	0	30	146	1222

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.02	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.314	1.998	1577
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.767	3	2520
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.456	5	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.911	26.071	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.376	15	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.117	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	162
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	1320
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	261
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.421	0.58	524
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.417	0.579	523
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.523	0.87	662
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.523	0.87	663
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.558	0.67	627
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.556	0.666	625
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.686	0.993	916
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	1.297	6.282	5019
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	0.979	5.911	4890
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.377	3	2240
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	13.536	5	18
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	3.128	5	2332

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.257	71	-
R_work	0.215	610	-
obs	-	-	73.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.424	-2.0584	-0.9461	7.7861	5.0531	6.6985	0.028	0.7422	0.091	-0.0459	0.0559	0.2509	0.0592	-0.8261	-0.0839	0.0433	-0.0154	-0.0248	0.3692	0.0941	0.0454	0.6209	59.0922	6.7226
2	4.7699	1.7952	3.1574	0.8427	1.9151	5.2562	-0.1474	0.1062	0.2522	-0.0376	-0.0214	0.0994	-0.0152	-0.2143	0.1687	0.1118	-0.0506	0.0087	0.065	0.0375	0.0992	16.3386	54.1199	-5.8058
3	4.3013	1.1928	-1.8308	0.3369	-0.5852	6.1843	-0.0849	-0.0679	-0.0943	-0.0391	-0.0272	-0.0425	0.2198	0.1794	0.1121	0.0686	0.015	0.0142	0.0144	0.0296	0.0814	20.6718	49.7011	9.2058
4	6.7689	-3.3234	0.7704	2.6427	-0.4352	2.0495	-0.1327	-0.2088	-0.0602	0.2277	0.0065	0.0106	0.13	-0.0558	0.1262	0.0756	-0.0126	0.0121	0.0332	0.0195	0.0296	9.3041	52.8958	19.8013
5	6.6294	3.317	-1.3876	6.57	-1.1885	1.7525	0.1172	0.0207	-0.003	0.3134	-0.0885	-0.0641	0.1404	-0.2025	-0.0287	0.1359	0.0337	0.0501	0.1944	-0.0069	0.0628	-3.7383	61.0989	20.974
6	2.3693	-0.0918	-1.5787	0.9529	1.5189	3.2959	0.0847	-0.0269	0.0759	0.0071	-0.1044	0.0465	-0.031	-0.1568	0.0197	0.0333	-0.0129	-0.0149	0.0264	0.0057	0.0191	7.3424	60.5287	10.9444
7	2.0502	-1.3023	-2.503	2.2742	2.7374	5.5996	0.0386	-0.0454	0.0605	-0.021	0.0563	-0.0677	-0.1579	-0.0077	-0.0949	0.0313	-0.007	-0.0168	0.0124	0.0075	0.0162	14.9914	60.7002	8.9956
8	3.2666	-2.1401	-4.0492	4.6123	6.0896	8.7018	0.2082	-0.0483	0.0843	0.0257	-0.0594	-0.0941	-0.064	-0.0466	-0.1487	0.1387	0.0063	-0.0325	0.0756	0.0136	0.0468	13.0978	61.7096	26.3315
9	6.4268	-0.6351	-1.725	2.5046	1.3692	3.2636	0.0383	-0.1253	0.084	0.0564	-0.018	-0.2267	0.0405	0.0714	-0.0203	0.0787	0	-0.0219	0.0805	0.0018	0.0816	24.2812	56.5148	17.4436
10	3.5746	-0.1806	0.2588	1.8261	1.6823	12.4034	-0.2292	-0.0495	-0.0974	-0.1399	-0.1831	-0.172	0.4641	0.4023	0.4123	0.1047	0.0059	0.0154	0.149	0.0318	0.1711	30.4146	54.8826	6.7891

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	43 - 51
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	52 - 61
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	62 - 75
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	76 - 89
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	90 - 96
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	97 - 114
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	115 - 140
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	141 - 153
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	154 - 161
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	162 - 167

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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