PDB-5d2y: Directed evolutionary changes in Kemp Eliminase KE07 - Crystal 7 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5d2y

タイトル

Directed evolutionary changes in Kemp Eliminase KE07 - Crystal 7 Round 5

要素

De novo designed kemp eliminase KE07

キーワード

DE NOVO PROTEIN / LYASE / Kemp Eliminase / Directed Evolution / KE07

機能・相同性

Aldolase class I / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.984 Å

データ登録者

Jackson, C.J. / Hong, N.-S. / Carr, P.D.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Directed evolutionary changes in Kemp Eliminase KE07 - Crystal 7 Round 5
著者: Hong, N.-S. / Jackson, C.J. / Carr, P.D.

履歴

登録	2015年8月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5d2y.cif.gz	67.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5d2y.ent.gz	48.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5d2y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5d2y_validation.pdf.gz	428.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5d2y_full_validation.pdf.gz	430.9 KB	表示
XML形式データ	5d2y_validation.xml.gz	13.2 KB	表示
CIF形式データ	5d2y_validation.cif.gz	19 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/5d2y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/5d2y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2rkxS 4z08 5d2p PDB 未公開エントリ 5d2t 5d2v 5d2w 5d2x 5d2z PDB 未公開エントリ 5d30 5d31 PDB 未公開エントリ 5d32 5d33 5d34 PDB 未公開エントリ 5d35 PDB 未公開エントリ 5d36 PDB 未公開エントリ 5d37 5d38 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4z08-d 5d2v-d 1vh7-d 5d30-d 6c7t-d 5d2t-d 5k9x-d 6dkv-d 3hf8-d 3iio-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: De novo designed kemp eliminase KE07

29.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.877, 97.877, 156.823
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-431- HOH
2	1	A-507- HOH

#1: タンパク質	De novo designed kemp eliminase KE07 分子量: 29328.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET29b (+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.52 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25mM HEPES, pH 7.25, 0.1M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年5月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.984→19.64 Å / Num. obs: 31217 / % possible obs: 99.51 % / 冗長度: 20.3 % / R_merge(I) obs: 0.1149 / Net I/σ(I): 24.47

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2RKX

2rkx

解像度: 1.984→19.639 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2322	1574	5.04 %
R_work	0.2032	-	-
obs	0.2046	31214	99.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.984→19.639 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1953	0	0	217	2170

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2013
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.042	2714
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.813	749
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	308
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	350

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9842-2.0482	0.3111	119	0.2705	2611	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0482-2.1213	0.2921	135	0.2417	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1213-2.2062	0.3229	148	0.2719	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2062-2.3064	0.4133	122	0.3913	2587	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3064-2.4278	0.2748	165	0.2312	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4278-2.5796	0.265	166	0.219	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5796-2.7783	0.2524	137	0.2055	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7783-3.0569	0.2207	153	0.1844	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0569-3.4971	0.1905	139	0.1782	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4971-4.3978	0.1862	146	0.1622	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3978-19.6396	0.1975	144	0.1764	2941	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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