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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5d2v | ||||||
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タイトル | Directed evolutionary changes in Kemp Eliminase KE07 - Crystal 4 Wild Type | ||||||
要素 | De novo designed kemp eliminase KE07 | ||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN / LYASE / Kemp Eliminase / Directed Evolution / KE07 | ||||||
機能・相同性 | Aldolase class I / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å | ||||||
データ登録者 | Jackson, C.J. / Hong, N.-S. / Carr, P.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Directed evolutionary changes in Kemp Eliminase KE07 - Crystal 1 Wild Type 著者: Hong, N.-S. / Jackson, C.J. / Carr, P.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5d2v.cif.gz | 66.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5d2v.ent.gz | 47.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5d2v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/5d2v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/5d2v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5d2tC 5d2xC 2rkxS 5d2p 5d2z 5d31 5d34 5d35 5d36 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29159.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal-His6-tag is attached for purification / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET29b (+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: 付加脱離酵素(リアーゼ); C-Cリアーゼ; オキソ酸の付加脱離 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.27 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25mM HEPES, pH 7.25, 0.1M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年11月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.02→46.05 Å / Num. obs: 28621 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1125 / Net I/σ(I): 13.31 |
反射 シェル | 解像度: 2.02→2.09 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 1.4 / Mean I/σ(I) obs: 1.57 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2RKX 解像度: 2.02→46.046 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.28 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.02→46.046 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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