PDB-5d2i: 4-oxalocrotonate decarboxylase from Pseudomonas putida G7 - compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5d2i

タイトル

4-oxalocrotonate decarboxylase from Pseudomonas putida G7 - complexed with calcium and acetate

要素

4-oxalocrotonate decarboxylase NahK

キーワード

LYASE / naphthalene degradation

機能・相同性

機能・相同性情報

2-oxopent-4-enoate hydratase activity / catabolic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Guimaraes, S.L. / Nagem, R.A.P.

資金援助

ブラジル, 4件

組織	認可番号	国
CAPES		ブラジル
FAPEMIG	RDP-00174-10; EDT-0185-0.00-0; Rede-170/08	ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)	482173/2010-6	ブラジル
VALE S.A.	RDP-00174-10	ブラジル

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Crystal Structures of Apo and Liganded 4-Oxalocrotonate Decarboxylase Uncover a Structural Basis for the Metal-Assisted Decarboxylation of a Vinylogous beta-Keto Acid.
著者: Guimaraes, S.L. / Coitinho, J.B. / Costa, D.M. / Araujo, S.S. / Whitman, C.P. / Nagem, R.A.

履歴

登録	2015年8月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月25日	Group: Database references
改定 1.2	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5d2i.cif.gz	226.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5d2i.ent.gz	178.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5d2i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5d2i_validation.pdf.gz	463.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5d2i_full_validation.pdf.gz	467 KB	表示
XML形式データ	5d2i_validation.xml.gz	27.2 KB	表示
CIF形式データ	5d2i_validation.cif.gz	41.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/5d2i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/5d2i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5d2fC 5d2gC 5d2hC 5d2jC 5d2kC 2eb4S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1sv6-3 6uax-2 2gg5-d 3ebv-d 5vsl-2 5d2j-2 5d2h-d 1sv6-4 5vsm-1 5umq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 4-oxalocrotonate decarboxylase NahK

B: 4-oxalocrotonate decarboxylase NahK

ヘテロ分子

58.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: 4-oxalocrotonate decarboxylase NahK

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: 4-oxalocrotonate decarboxylase NahK

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	77.494, 43.750, 79.495
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 118.21, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	4-oxalocrotonate decarboxylase NahK 分子量: 28934.121 Da / 分子数: 2 / 変異: L155P / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: from plasmid NAH7 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: nahK / プラスミド: pET28a-TEV 詳細 (発現宿主): The thrombin site in the original pET28a vector was replaced by the TEV site for tag cleavage 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q1XGK3, 2-oxo-3-hexenedioate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 604 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.06 % / 解説: needle-shaped
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: sodium acetate trihydrate, PEG 4000 / PH範囲: 8.5 - 10.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.43 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.43 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→26.68 Å / Num. obs: 45445 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 16.63 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 29.293
反射シェル	解像度: 1.78→1.82 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 2.981 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AMoRE		位相決定
PHENIX	1.8.2_1309	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2EB4

2eb4

解像度: 1.78→26.68 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.71 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1861	2227	4.9 %	Random selection
R_work	0.1457	-	-	-
obs	0.1476	45430	99.98 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→26.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3937	0	59	604	4600

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4091
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.175	5540
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.6	1495
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	643
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	723

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.78-1.8187	0.2996	147	0.269	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8187-1.861	0.276	145	0.189	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.861-1.9075	0.2091	137	0.1711	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9075-1.9591	0.2302	143	0.1762	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9591-2.0167	0.221	153	0.1463	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0167-2.0818	0.183	140	0.1429	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0818-2.1562	0.1783	131	0.135	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1562-2.2425	0.1889	137	0.138	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2425-2.3445	0.1783	153	0.1364	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3445-2.468	0.1915	146	0.1421	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.468-2.6225	0.1902	113	0.1507	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6225-2.8248	0.1781	132	0.1497	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8248-3.1086	0.2052	143	0.1507	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1086-3.5576	0.1632	124	0.134	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5576-4.4787	0.133	129	0.1218	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4787-26.6834	0.185	154	0.1465	2803	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.672	-0.6492	0.1869	2.1544	-0.5826	6.5561	0.1292	-0.3484	-0.1139	0.1305	0.0365	0.2225	0.2883	-0.2713	-0.0609	0.127	-0.0608	0.0078	0.1785	0.0329	0.1517	0.004	-12.5495	31.7436
2	1.4284	-0.1659	0.8086	1.7935	0.137	6.8133	-0.0807	-0.3826	0.1469	0.1457	-0.1167	0.468	-0.1905	-0.9733	-0.0455	0.1206	-0.0215	0.0318	0.2869	-0.0311	0.2069	-5.0985	-5.0804	30.4394
3	1.9004	1.3614	0.305	2.1539	0.4407	2.2155	0.0826	-0.1294	-0.0289	0.0716	-0.0321	0.1383	0.1268	-0.0946	-0.0414	0.0797	0.0111	-0.0116	0.0897	0.0197	0.0958	9.4636	-5.1542	28.3833
4	1.6227	-0.0129	0.6689	0.8746	-0.1432	1.0784	0.0525	0.0116	0.0415	0.0463	-0.0258	-0.0258	0.0364	0.0269	-0.0233	0.1066	0.0107	0.0122	0.0622	-0.0028	0.0763	15.8166	0.0862	21.1604
5	0.6169	0.5373	0.8747	2.3907	-0.5866	2.3791	-0.0686	-0.1528	0.0756	0.1624	0.0133	0.2641	-0.2008	-0.3248	0.0196	0.1035	0.036	-0.0066	0.111	-0.0122	0.1145	2.7341	-0.408	23.6081
6	0.9416	-0.2076	0.6551	1.1261	-0.1852	2.0057	-0.0894	0.0758	0.1667	0.0085	0.0342	-0.2139	-0.1383	0.1221	0.1221	0.1434	-0.0125	0.0007	0.1044	0.0009	0.1438	18.9242	12.1361	15.5476
7	0.7433	-0.3404	0.7044	0.5177	-0.3909	1.3188	0.0021	0.0021	-0.0126	0.0515	0.0105	0.0058	-0.0332	0.0054	-0.0135	0.121	0.002	0.0012	0.0908	-0.0112	0.1101	15.9387	1.0679	25.3016
8	6.2615	4.4013	5.3861	4.1461	2.836	5.5886	-0.2003	0.5091	0.1233	-0.1378	0.1649	-0.0315	-0.2577	0.3205	0.1195	0.1194	0.0162	0.0131	0.1234	0.0032	0.0955	13.8913	6.8674	6.9526
9	2.0947	-0.2903	-1.1682	3.0213	1.6499	4.2705	-0.0313	-0.3517	-0.0935	0.4938	-0.0255	0.0243	0.0769	0.0112	0.0635	0.189	0.0352	-0.018	0.1841	0.0305	0.1018	-10.8426	12.0348	22.4156
10	3.0368	-0.764	0.3411	1.6128	0.1605	3.1942	-0.1066	-0.3001	-0.0369	0.2039	0.027	0.1519	0.1632	-0.2104	0.0678	0.1508	0.0186	0.0069	0.1054	-0.0071	0.0881	-19.9296	17.2775	14.665
11	1.4625	-0.4938	0.2113	1.3188	0.0354	1.242	-0.0004	-0.0487	-0.0538	0.053	0.0044	0.0552	0.0382	0.0259	-0.0144	0.0679	-0.0178	0.0135	0.0813	0.0037	0.0907	-21.5185	15.4881	5.5442
12	1.2764	-0.5237	-0.0062	1.6718	0.5555	1.0362	-0.0187	0.0464	-0.0865	-0.0132	0.0032	0.1625	0.021	-0.0031	0.0308	0.0759	-0.0031	0.0153	0.0874	0.0093	0.124	-28.5623	13.8618	0.5524

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 22 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 23 through 38 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 39 through 76 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 77 through 144 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 145 through 171 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 172 through 207 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 208 through 247 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 248 through 264 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 2 through 38 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 39 through 81 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 82 through 170 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 171 through 264 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)