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万見
- PDB-5d2e: crystal structure of an N-terminal ketoreductase from macrolactin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d2e
タイトルcrystal structure of an N-terminal ketoreductase from macrolactin assembly line
要素MlnE
キーワードOXIDOREDUCTASE / ketoreductase / B-type
機能・相同性
機能・相同性情報


DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Beta-ketoacyl synthase-like, N-terminal / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / : / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site ...: / Beta-ketoacyl synthase-like, N-terminal / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / : / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Keatinge-clay, A.T. / Zeng, J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of an N-terminal ketoreductase from macrolactin polyketide synthase
著者: Zeng, J. / Keatinge-clay, A.T.
履歴
登録2015年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MlnE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0824
ポリマ－59,0521
非ポリマー1,0303
水6,702372
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area21430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.627, 110.933, 139.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 MlnE


分子量: 59052.355 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-522 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum (strain DSM 23117 / BGSC 10A6 / FZB42) (バクテリア)
株: DSM 23117 / BGSC 10A6 / FZB42 / 遺伝子: mlnE, RBAM_014370
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A7Z474
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.41 %
結晶化温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG3350, sodium malonate / Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→50 Å / Num. obs: 68897 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/av σ(I): 2.14 / Net I/σ(I): 18.85
反射 シェル解像度: 1.721→1.766 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.574 / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / % possible all: 76.06

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4J1S

4j1s


解像度: 1.72→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 3.444 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2162 3649 5 %RANDOM
Rwork0.1832 ---
obs0.185 68897 95.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 125.19 Å2 / Biso mean: 39.666 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å20 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.72→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3855 0 67 373 4295
Biso mean--42.98 45.07 -
残基数----485
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0194005
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023803
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8551.9815393
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88438780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1435481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.17224.451182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.50215713
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5881519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2580
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.024448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02922
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0743.5931936
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0743.5911935
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1165.3592413
LS精密化 シェル解像度: 1.721→1.766 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 215 -
Rwork0.331 4032 -
all-4247 -
obs--76.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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