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- PDB-5d18: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis Rv0302, form I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d18
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis Rv0302, form I
要素TetR family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / Mycobacterium tuberculosis / Transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
BetI-type transcriptional repressor, C-terminal / BetI-type transcriptional repressor, C-terminal / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / HTH-type transcriptional regulator AcrR / Probable transcriptional regulatory protein (Probably TetR/AcrR-family)
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Chou, T.-H. / Delmar, J. / Su, C.-C. / Yu, E.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of the Mycobacterium tuberculosis transcriptional regulator Rv0302.
著者: Chou, T.H. / Delmar, J.A. / Wright, C.C. / Kumar, N. / Radhakrishnan, A. / Doh, J.K. / Licon, M.H. / Reddy Bolla, J. / Lei, H.T. / Rajashankar, K.R. / Su, C.C. / Purdy, G.E. / Yu, E.W.
履歴
登録2015年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22020年2月26日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TetR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5774
ポリマ－24,2561
非ポリマー3213
水1,928107
1
A: TetR family transcriptional regulator
ヘテロ分子

A: TetR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1548
ポリマ－48,5112
非ポリマー6436
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_556x,x-y,-z+7/61
単位格子
Length a, b, c (Å)116.628, 116.628, 94.178
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-492-

HOH

21A-503-

HOH

31A-505-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 TetR family transcriptional regulator


分子量: 24255.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: acrR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A045J2D2, UniProt: O07229*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.91 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 400, HEPES, sodium chloride, isopropyl alcohol,

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3 % / 数: 16213 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Χ2: 1.04 / D res high: 4.1 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 5344 / % possible obs: 91.4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
8.825010.1241.013.1
7.018.8210.0791.0382.9
6.127.0110.1010.9843.1
5.566.1210.1451.0533.2
5.165.5610.1611.0672.8
4.865.1610.1521.0282.9
4.624.8610.1851.0213
4.424.6210.2081.043
4.254.4210.2771.0473.1
4.14.2510.3941.0823.1
反射解像度: 2.04→40 Å / Num. obs: 24588 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 42.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.046 / Χ2: 1.327 / Net I/av σ(I): 52.619 / Net I/σ(I): 15 / Num. measured all: 186721
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.04-2.117.60.38324110.9640.1470.4111.14100
2.11-2.27.30.23524000.9850.0920.2531.181100
2.2-2.380.18724170.990.070.21.172100
2.3-2.427.90.11324180.9970.0420.1211.15999.9
2.42-2.577.60.08924200.9970.0330.0951.175100
2.57-2.777.50.06424450.9980.0240.0691.23899.9
2.77-3.057.90.0524440.9990.0180.0531.28599.8
3.05-3.497.30.03924730.9990.0150.0421.4599.7
3.49-4.397.80.03524990.9990.0130.0371.73999.9
4.39-4070.03526610.9980.0140.0381.70899.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SHELXDE位相決定
Cootモデル構築
精密化解像度: 2.04→38.175 Å / FOM work R set: 0.8377 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2153 1217 4.96 %
Rwork0.1923 23309 -
obs0.1934 24526 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 130 Å2 / Biso mean: 50.59 Å2 / Biso min: 24.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.04→38.175 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1590 0 46 107 1743
Biso mean--65.63 51.42 -
残基数----202
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131723
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3362346
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075257
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007308
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.847681
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0393-2.12090.25661340.2352505263999
2.1209-2.21740.24391370.203425302667100
2.2174-2.33430.20351420.186325482690100
2.3343-2.48050.23311550.181725342689100
2.4805-2.6720.24431350.189125572692100
2.672-2.94080.26041320.19325932725100
2.9408-3.36620.26331240.210826052729100
3.3662-4.24010.19881280.175726452773100
4.2401-38.18210.18271300.19562792292299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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