PDB-5d17: Structure of the C-terminal domain of TnsE at 2.85 resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5d17

タイトル

Structure of the C-terminal domain of TnsE at 2.85 resolution

要素

Transposon Tn7 transposition protein TnsE

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Transposition / Tn7 / DNA binding proteins / conformational toggle

機能・相同性

Transposition, TnsE / TnsE, C-terminal / TnsE C-terminal domain / transposition / DNA recombination / DNA binding / Transposon Tn7 transposition protein TnsE

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Guarne, A. / Caron, J.J.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Conformational toggling controls target site choice for the heteromeric transposase element Tn7.
著者: Shi, Q. / Straus, M.R. / Caron, J.J. / Wang, H. / Chung, Y.S. / Guarne, A. / Peters, J.E.

履歴

登録	2015年8月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月23日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5d17.cif.gz	774.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5d17.ent.gz	654.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5d17.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/5d17 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/5d17	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	6dow-d 6dpg-d 6dpf-d 6dog-d 6dom-d 4inh-6 6doe-d 6dox-d 6dpl-d 6do9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: Transposon Tn7 transposition protein TnsE

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単位格子

Length a, b, c (Å)	110.330, 87.125, 141.621
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.01, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Transposon Tn7 transposition protein TnsE / Protein D 分子量: 23232.611 Da / 分子数: 12 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 342-538) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tnsE / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: P05845
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.43 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 3350, NaCl, TRIS

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.85→43.2 Å / Num. obs: 122729 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.6 % / R_merge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 21
反射シェル	解像度: 2.85→2.9 Å / 冗長度: 10.1 % / R_merge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.85→39.749 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2505	3707	3.02 %	random selection
R_work	0.2205	-	-	-
obs	0.2214	122611	99.91 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.85→39.749 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14406	0	0	23	14429

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	15189
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.756	20593
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.527	5397
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.03	2360
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2672

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.85-2.8875	0.3555	143	0.37	4592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8875-2.927	0.4073	145	0.3512	4638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.927-2.9688	0.3474	143	0.3462	4568	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9688-3.0131	0.4024	142	0.3376	4563	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0131-3.0602	0.3375	145	0.3199	4571	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0602-3.1104	0.4069	142	0.3197	4578	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1104-3.164	0.3104	146	0.2965	4550	X-RAY DIFFRACTION	100
3.164-3.2215	0.2596	143	0.2931	4635	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2215-3.2834	0.3497	139	0.3006	4506	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2834-3.3504	0.3156	147	0.3013	4641	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3504-3.4232	0.2774	139	0.2748	4483	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4232-3.5028	0.3554	139	0.2755	4636	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5028-3.5903	0.3291	143	0.262	4556	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5903-3.6873	0.2748	144	0.2383	4588	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6873-3.7958	0.2914	145	0.2364	4555	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7958-3.9182	0.2766	141	0.219	4543	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9182-4.0581	0.2252	146	0.2095	4602	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0581-4.2204	0.2183	142	0.1944	4553	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2204-4.4122	0.2281	144	0.1944	4585	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4122-4.6445	0.1934	139	0.1847	4565	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6445-4.935	0.1695	145	0.1733	4581	X-RAY DIFFRACTION	100
4.935-5.3153	0.2026	137	0.1703	4548	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3153-5.8486	0.2337	146	0.1854	4616	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8486-6.6915	0.2799	137	0.2119	4576	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6915-8.4174	0.2101	143	0.1996	4545	X-RAY DIFFRACTION	100
8.4174-39.7528	0.1891	142	0.1633	4530	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1703	-1.7764	1.0963	8.5335	4.3884	4.4584	0.399	-0.3097	0.0998	-0.5917	0.5328	0.0964	-0.0015	-0.5014	-0.7584	0.7666	-0.2367	-0.0637	0.7269	-0.0296	0.8841	0.6179	35.978	73.3906
2	5.8975	-1.0784	-0.3953	6.3293	0.7178	3.9006	0.0143	0.3992	0.0051	-0.9576	0.2412	0.2499	-1.038	-0.2074	-0.2538	0.6137	-0.2193	0.0269	0.4012	-0.0966	0.578	1.6102	30.9962	68.7272
3	8.1547	-1.0492	-5.5706	7.5317	4.8027	6.0543	0.8543	-0.816	0.7791	1.2079	-0.2615	0.7626	-0.3439	-0.0263	0.2727	0.6981	-0.0969	-0.0627	0.5675	-0.0144	0.5628	13.456	27.223	70.9944
4	1.0826	-1.3971	0.1741	1.9927	-0.0851	2.0201	0.4951	0.0247	-0.6149	-0.1659	-0.2762	1.1759	1.0754	-0.174	0.1944	0.7166	-0.3872	-0.0727	0.6167	-0.0397	0.7444	-2.9898	22.6677	66.5083
5	5.2223	0.08	0.1739	2.7308	-5.0067	9.5055	0.4178	-0.677	-0.425	-1.0511	-0.4164	-0.663	0.8849	0.7713	-0.5267	0.6668	-0.2582	0.1932	0.5459	-0.1597	0.7743	7.4578	19.1619	72.8552
6	2.5352	-1.1997	-0.691	3.718	-1.5526	2.6923	-0.4742	0.1697	-0.355	-1.2515	1.2519	-0.3533	0.5876	0.8145	-0.5198	0.866	-0.3515	0.1175	0.932	-0.2461	1.0071	5.104	20.6715	61.4946
7	4.4036	1.0207	-2.425	5.8631	1.9485	4.4282	-1.2112	0.3606	-0.0454	-1.0528	0.4916	-0.4011	-0.6922	1.0314	2.4113	1.2475	-0.3339	-0.1537	1.1665	-0.2687	1.0148	18.7321	39.8444	66.0263
8	5.399	1.9354	2.1211	1.6289	0.7167	2.2137	0.3556	1.4319	-0.0932	-0.5064	-0.9568	-0.359	0.3969	0.8222	0.4887	0.6153	0.2662	0.1136	1.0988	0.0218	0.8353	37.2035	23.8508	74.7075
9	3.5038	-1.3923	2.9718	7.0509	-1.4241	2.4987	-0.4607	2.0375	-0.7141	-2.2045	0.2163	0.0306	0.45	0.1083	0.7376	0.8004	0.1818	0.1903	2.3528	-0.0294	0.662	38.33	26.7486	57.1154
10	2.8215	-0.682	0.7392	5.715	0.5033	3.609	0.2019	0.8307	-0.2508	-0.576	-0.4391	-0.547	0.3038	-0.1101	0.1186	0.4402	0.2296	0.1138	0.8467	0.1091	0.6638	42.4453	28.3451	75.9127
11	4.3732	4.3351	-0.2274	4.5849	0.6026	2.7363	-0.4437	0.1258	-1.0614	-1.6275	0.1563	-0.4783	1.246	0.1717	0.0183	0.9671	0.2203	0.0236	0.7669	0.0282	0.6765	40.096	39.3185	75.102
12	1.9653	-1.3446	0.8177	6.4531	-0.1629	0.474	-0.0359	-0.0973	0.1719	0.362	0.0733	-2.4036	-0.1968	-0.398	-0.2086	0.7189	0.322	0.2931	0.9902	0.1771	0.9206	53.2723	25.3998	73.3154
13	1.8128	-0.3255	-0.6728	0.8502	0.1853	0.2597	-0.4827	-1.0916	-0.0235	1.0794	0.8416	-0.859	1.0543	0.0243	-0.1086	0.624	0.211	0.0362	0.8983	0.1161	1.0353	51.6876	27.649	83.4184
14	3.8856	0.7222	-1.0764	2.7331	0.3953	3.3841	0.3412	1.1267	0.839	-0.5067	-0.451	-1.0873	-1.1359	-0.0502	0.4168	0.7049	0.3484	0.2358	0.93	0.2623	1.0903	49.89	36.7158	74.8956
15	0.4512	1.4771	0.5353	6.3683	0.8605	1.5155	0.5052	0.1984	0.3919	-1.3374	-1.1866	0.718	-0.6718	-2.147	-0.3981	1.2067	0.7973	0.2128	2.4793	0.2504	0.8579	36.1165	37.9313	61.3947
16	6.6034	-4.8494	-0.0271	3.9706	-0.6813	2.9385	-0.4249	-0.1983	1.8641	0.1978	0.5409	0.3269	-1.3923	1.4627	-0.7497	0.7176	-0.143	0.045	0.4446	-0.0887	1.2535	27.5416	60.7082	83.7147
17	4.9049	2.2405	-0.908	4.1746	0.3114	6.4333	-0.2152	0.5503	1.0571	0.0088	0.332	-0.0699	-1.3495	0.607	-0.1682	0.6927	-0.0848	-0.0981	0.5285	0.0828	0.9719	24.5297	62.6758	76.4885
18	7.1966	3.695	0.205	5.8047	1.5607	4.7231	0.3024	-0.1375	-0.5916	0.0932	0.0135	-0.8635	1.3437	0.9985	-0.1783	0.8942	0.1421	0.0063	0.7168	0.0427	1.0883	17.4741	53.6268	90.437
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精密化 TLSグループ

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20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN C AND RESID 458:461 )	C	458 - 461
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23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN C AND RESID 516:533 )	C	516 - 533
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33	X-RAY DIFFRACTION	33	( CHAIN E AND RESID 393:407 )	E	393 - 407
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35	X-RAY DIFFRACTION	35	( CHAIN E AND RESID 457:460 )	E	457 - 460
36	X-RAY DIFFRACTION	36	( CHAIN E AND RESID 461:509 )	E	461 - 509
37	X-RAY DIFFRACTION	37	( CHAIN E AND RESID 510:515 )	E	510 - 515
38	X-RAY DIFFRACTION	38	( CHAIN E AND RESID 516:521 )	E	516 - 521
39	X-RAY DIFFRACTION	39	( CHAIN E AND RESID 522:533 )	E	522 - 533
40	X-RAY DIFFRACTION	40	( CHAIN F AND RESID 376:394 )	F	376 - 394
41	X-RAY DIFFRACTION	41	( CHAIN F AND RESID 395:427 )	F	395 - 427
42	X-RAY DIFFRACTION	42	( CHAIN F AND RESID 428:457 )	F	428 - 457
43	X-RAY DIFFRACTION	43	( CHAIN F AND RESID 458:461 )	F	458 - 461
44	X-RAY DIFFRACTION	44	( CHAIN F AND RESID 462:504 )	F	462 - 504
45	X-RAY DIFFRACTION	45	( CHAIN F AND RESID 505:509 )	F	505 - 509
46	X-RAY DIFFRACTION	46	( CHAIN F AND RESID 510:516 )	F	510 - 516
47	X-RAY DIFFRACTION	47	( CHAIN F AND RESID 517:533 )	F	517 - 533
48	X-RAY DIFFRACTION	48	( CHAIN G AND RESID 376:399 )	G	376 - 399
49	X-RAY DIFFRACTION	49	( CHAIN G AND RESID 400:406 )	G	400 - 406
50	X-RAY DIFFRACTION	50	( CHAIN G AND RESID 407:441 )	G	407 - 441
51	X-RAY DIFFRACTION	51	( CHAIN G AND RESID 442:473 )	G	442 - 473
52	X-RAY DIFFRACTION	52	( CHAIN G AND RESID 474:479 )	G	474 - 479
53	X-RAY DIFFRACTION	53	( CHAIN G AND RESID 480:502 )	G	480 - 502
54	X-RAY DIFFRACTION	54	( CHAIN G AND RESID 503:509 )	G	503 - 509
55	X-RAY DIFFRACTION	55	( CHAIN G AND RESID 510:518 )	G	510 - 518
56	X-RAY DIFFRACTION	56	( CHAIN G AND RESID 519:533 )	G	519 - 533
57	X-RAY DIFFRACTION	57	( CHAIN H AND RESID 378:395 )	H	378 - 395
58	X-RAY DIFFRACTION	58	( CHAIN H AND RESID 396:457 )	H	396 - 457
59	X-RAY DIFFRACTION	59	( CHAIN H AND RESID 458:461 )	H	458 - 461
60	X-RAY DIFFRACTION	60	( CHAIN H AND RESID 462:484 )	H	462 - 484
61	X-RAY DIFFRACTION	61	( CHAIN H AND RESID 485:491 )	H	485 - 491
62	X-RAY DIFFRACTION	62	( CHAIN H AND RESID 492:514 )	H	492 - 514
63	X-RAY DIFFRACTION	63	( CHAIN H AND RESID 515:521 )	H	515 - 521
64	X-RAY DIFFRACTION	64	( CHAIN H AND RESID 522:533 )	H	522 - 533
65	X-RAY DIFFRACTION	65	( CHAIN I AND RESID 376:393 )	I	376 - 393
66	X-RAY DIFFRACTION	66	( CHAIN I AND RESID 394:420 )	I	394 - 420
67	X-RAY DIFFRACTION	67	( CHAIN I AND RESID 421:427 )	I	421 - 427
68	X-RAY DIFFRACTION	68	( CHAIN I AND RESID 428:457 )	I	428 - 457
69	X-RAY DIFFRACTION	69	( CHAIN I AND RESID 458:461 )	I	458 - 461
70	X-RAY DIFFRACTION	70	( CHAIN I AND RESID 462:509 )	I	462 - 509
71	X-RAY DIFFRACTION	71	( CHAIN I AND RESID 510:515 )	I	510 - 515
72	X-RAY DIFFRACTION	72	( CHAIN I AND RESID 516:533 )	I	516 - 533
73	X-RAY DIFFRACTION	73	( CHAIN K AND RESID 377:394 )	K	377 - 394
74	X-RAY DIFFRACTION	74	( CHAIN K AND RESID 395:427 )	K	395 - 427
75	X-RAY DIFFRACTION	75	( CHAIN K AND RESID 428:457 )	K	428 - 457
76	X-RAY DIFFRACTION	76	( CHAIN K AND RESID 458:461 )	K	458 - 461
77	X-RAY DIFFRACTION	77	( CHAIN K AND RESID 462:478 )	K	462 - 478
78	X-RAY DIFFRACTION	78	( CHAIN K AND RESID 479:486 )	K	479 - 486
79	X-RAY DIFFRACTION	79	( CHAIN K AND RESID 487:514 )	K	487 - 514
80	X-RAY DIFFRACTION	80	( CHAIN K AND RESID 515:533 )	K	515 - 533
81	X-RAY DIFFRACTION	81	( CHAIN L AND RESID 376:392 )	L	376 - 392
82	X-RAY DIFFRACTION	82	( CHAIN L AND RESID 393:404 )	L	393 - 404
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88	X-RAY DIFFRACTION	88	( CHAIN L AND RESID 522:533 )	L	522 - 533
89	X-RAY DIFFRACTION	89	( CHAIN M AND RESID 376:401 )	M	376 - 401
90	X-RAY DIFFRACTION	90	( CHAIN M AND RESID 402:407 )	M	402 - 407
91	X-RAY DIFFRACTION	91	( CHAIN M AND RESID 408:457 )	M	408 - 457
92	X-RAY DIFFRACTION	92	( CHAIN M AND RESID 458:461 )	M	458 - 461
93	X-RAY DIFFRACTION	93	( CHAIN M AND RESID 462:508 )	M	462 - 508
94	X-RAY DIFFRACTION	94	( CHAIN M AND RESID 509:515 )	M	509 - 515
95	X-RAY DIFFRACTION	95	( CHAIN M AND RESID 516:529 )	M	516 - 529
96	X-RAY DIFFRACTION	96	( CHAIN M AND RESID 530:534 )	M	530 - 534

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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