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- PDB-5d08: Crystal structure of selenomethionine-labeled epoxyqueuosine reductase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d08
タイトルCrystal structure of selenomethionine-labeled epoxyqueuosine reductase
要素Epoxyqueuosine reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / B12 / tRNA modification / HEAT-domain / queuosine
機能・相同性
機能・相同性情報


epoxyqueuosine reductase / epoxyqueuosine reductase activity / queuosine biosynthetic process / tRNA modification / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Epoxyqueuosine reductase QueG / Epoxyqueuosine reductase QueG, DUF1730 / Epoxyqueuosine reductase QueG, DUF1730 / 4Fe-4S double cluster binding domain / E-Z type HEAT repeats / PBS lyase HEAT-like repeat / HEAT repeats / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. ...Epoxyqueuosine reductase QueG / Epoxyqueuosine reductase QueG, DUF1730 / Epoxyqueuosine reductase QueG, DUF1730 / 4Fe-4S double cluster binding domain / E-Z type HEAT repeats / PBS lyase HEAT-like repeat / HEAT repeats / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALAMIN / PHOSPHATE ION / IRON/SULFUR CLUSTER / Epoxyqueuosine reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.747 Å
データ登録者Dowling, D.P. / Miles, Z.D. / Kohrer, C. / Bandarian, V. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM72623 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Molecular basis of cobalamin-dependent RNA modification.
著者: Dowling, D.P. / Miles, Z.D. / Kohrer, C. / Maiocco, S.J. / Elliott, S.J. / Bandarian, V. / Drennan, C.L.
履歴
登録2015年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月5日Group: Database references
改定 1.22016年12月14日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.42019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epoxyqueuosine reductase
B: Epoxyqueuosine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,92314
ポリマ－98,4112
非ポリマー4,51212
水11,494638
1
A: Epoxyqueuosine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5578
ポリマ－49,2061
非ポリマー2,3517
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Epoxyqueuosine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3676
ポリマ－49,2061
非ポリマー2,1615
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.301, 95.780, 111.175
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Epoxyqueuosine reductase / Queuosine biosynthesis protein QueG


分子量: 49205.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: queG, ygaP, yhbA, BSU08910 / プラスミド: pASK-IBA43plus / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P97030, epoxyqueuosine reductase

-
非ポリマー , 6種, 650分子

#2: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 638 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.06 % / 解説: square pyramidal
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M acetate (pH 4.5), 0.4 M (NH4)H2PO4, 12% (w/v) PEG 3350
Temp details: anaerobic

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795, 0.9793, 0.9421
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月19日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.97931
30.94211
反射解像度: 1.747→50 Å / Num. obs: 86822 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 18.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 1.018 / Net I/av σ(I): 14.032 / Net I/σ(I): 6.3 / Num. measured all: 404248
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.75-1.814.30.57884020.97493
1.81-1.894.60.44685400.98894.3
1.89-1.974.70.33787251.01696.3
1.97-2.074.60.24386771.03295.9
2.07-2.24.50.17384401.0392.8
2.2-2.384.80.13388701.03297.2
2.38-2.614.80.10587961.01796.5
2.61-2.994.70.08185471.06793
2.99-3.774.80.05789611.0396.9
3.77-504.70.04788640.98492.5

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
RESOLVE位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.747→46.407 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1958 4338 5.01 %Random selection
Rwork0.1673 82241 --
obs0.1688 86579 94.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 96.13 Å2 / Biso mean: 28.0559 Å2 / Biso min: 9.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.747→46.407 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5962 0 238 638 6838
Biso mean--18.79 36.33 -
残基数----759
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056443
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9548779
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039955
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051161
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0032593
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7474-1.76730.32591450.27522549269490
1.7673-1.78810.27961180.26942700281893
1.7881-1.80990.30481140.25832603271790
1.8099-1.83280.25641510.23472571272290
1.8328-1.85690.25341500.2162760291096
1.8569-1.88240.24831320.20752767289995
1.8824-1.90930.23681750.19842711288696
1.9093-1.93780.25861410.1962746288796
1.9378-1.9680.20851490.19462775292496
1.968-2.00030.22831510.18062721287295
2.0003-2.03480.2151330.17482763289696
2.0348-2.07180.21761450.16942747289296
2.0718-2.11170.21251520.16362748290095
2.1117-2.15480.23211480.16392711285994
2.1548-2.20160.21221290.16142551268089
2.2016-2.25280.20061480.15512794294297
2.2528-2.30920.19111600.15772777293797
2.3092-2.37160.20111500.1582823297397
2.3716-2.44140.19841450.16032797294297
2.4414-2.52020.2051370.1592811294896
2.5202-2.61020.20181440.16332777292196
2.6102-2.71470.15831500.16662733288394
2.7147-2.83830.19591290.16212542267187
2.8383-2.98790.18691430.17762852299597
2.9879-3.1750.19181390.17612860299998
3.175-3.42010.17281390.1682842298197
3.4201-3.76420.1661540.14872832298696
3.7642-4.30850.16581530.13792623277689
4.3085-5.42690.17171760.14122907308398
5.4269-46.42310.18221380.16422848298690
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7280.0526-0.2691.2926-0.18932.25980.0826-0.10340.09070.4159-0.05970.0634-0.4383-0.0201-0.03650.312-0.0267-0.01750.173-0.0040.191550.172171.719685.7336
20.45580.8460.49081.8333-0.46742.80050.040.0213-0.03910.2884-0.03880.02390.198-0.07340.1250.22640.0036-0.02060.13180.03310.177547.553352.697679.9042
30.39450.2488-0.14731.4472-0.36851.42050.0458-0.03440.01190.1751-0.0882-0.1301-0.08480.17140.00210.15820.0072-0.03290.16560.01030.152656.498563.04876.9517
40.5250.24580.20120.75590.43954.5591-0.05140.0531-0.0465-0.1461-0.0113-0.00420.2508-0.18850.06370.21270.0078-0.00180.1314-0.01610.164244.941251.214652.0409
55.6281-4.9157-4.96295.13754.73455.46550.2798-0.21650.5431-0.25670.0313-0.1089-0.3808-0.008-0.29050.20260.02010.0360.1097-0.00690.091160.030153.424636.9659
60.62840.0365-0.05611.7784-0.28072.34930.0314-0.07730.06730.3835-0.05390.0673-0.37510.01030.01720.3269-0.0437-0.01260.1844-0.00530.207992.17868.010286.1058
70.94030.1137-0.57272.48470.5223.70980.07120.0227-0.03360.1971-0.05480.05210.1753-0.04720.04850.3027-0.0185-0.02380.14180.02950.19589.036149.990680.6386
80.70620.0505-0.30261.4421-0.01462.126-0.0039-0.0535-0.01030.1117-0.0267-0.129-0.02230.27170.02020.2084-0.0185-0.02380.17340.01660.17998.71259.482776.8701
90.8728-0.09490.23430.90290.69864.1484-0.02390.0824-0.0148-0.1140.0006-0.00680.2405-0.09130.02540.2778-0.0262-0.00030.1406-0.00850.180687.584447.999151.4368
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:79)A2 - 79
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 80:125)A80 - 125
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 126:264)A126 - 264
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 265:369)A265 - 369
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 370:385)A370 - 385
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 2:79)B2 - 79
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 80:126)B80 - 126
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 127:264)B127 - 264
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 265:376)B265 - 376

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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