PDB-5d06: Crystal Structure of the Candida Glabrata Glycogen Debranching Enzyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5d06

タイトル

Crystal Structure of the Candida Glabrata Glycogen Debranching Enzyme

要素

Uncharacterized protein

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / TIM barrel / (alpha/alpha)6 barrel / hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

amylo-alpha-1,6-glucosidase / amylo-alpha-1,6-glucosidase activity / 4-alpha-glucanotransferase / 4-alpha-glucanotransferase activity / beta-maltose 4-alpha-glucanotransferase activity / glycogen catabolic process / glycogen biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida glabrata (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Zhai, L. / Xiang, S.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of glycogen debranching enzyme and insights into its catalysis and disease-causing mutations.
著者: Zhai, L. / Feng, L. / Xia, L. / Yin, H. / Xiang, S.

履歴

登録	2015年8月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月14日	Group: Structure summary

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	5d0fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5d0f-1 5d0f-2 7k72-d 4zht-d 9108 2oje-d 1r5i-d 7kax-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

349 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Uncharacterized protein

登録者が定義した集合体
174 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Uncharacterized protein

登録者が定義した集合体
174 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	159.271, 198.950, 261.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A	A	3 - 1528
2	1	1	chain B	B	4 - 1528

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 174473.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candida glabrata (strain ATCC 2001 / CBS 138 / JCM 3761 / NBRC 0622 / NRRL Y-65) (菌類) 株: ATCC 2001 / CBS 138 / JCM 3761 / NBRC 0622 / NRRL Y-65 / 遺伝子: CAGL0G09977g / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: Q6FSK0

#1: タンパク質

Uncharacterized protein

分子量: 174473.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Candida glabrata (strain ATCC 2001 / CBS 138 / JCM 3761 / NBRC 0622 / NRRL Y-65) (菌類)
株: ATCC 2001 / CBS 138 / JCM 3761 / NBRC 0622 / NRRL Y-65 / 遺伝子: CAGL0G09977g / プラスミド: pET26b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: Q6FSK0

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.57 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10% PEG 5000 MME, 0.1 M Hepes pH 7.0, 5% tacsimate pH 7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 1.0391 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月29日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0391 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 6.9 % / 数: 379811 / R_sym value: 0.13 / D res high: 2.791 Å / D res low: 130.485 Å / Num. obs: 55270 / % possible obs: 99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
10.91	49.99	1	0.055	0.055	6.9
7.71	10.91	1	0.051	0.051	7.4
6.3	7.71	1	0.079	0.079	7
5.45	6.3	1	0.13	0.13	6.9
4.88	5.45	1	0.132	0.132	7
4.45	4.88	1	0.136	0.136	7
4.12	4.45	1	0.159	0.159	6.9
3.86	4.12	1	0.217	0.217	6.8
3.64	3.86	1	0.335	0.335	6.7
3.45	3.64	1	0.522	0.522	6.6

反射

解像度: 3.1→130.775 Å / Num. all: 73294 / Num. obs: 73294 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 79.5 Å² / R_pim(I) all: 0.067 / R_rim(I) all: 0.128 / R_sym value: 0.109 / Net I/av σ(I): 4.965 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 242017

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
3.1-3.27	3.3	0.482	1.5	35915	10812	0.305	0.574	0.482	2	99.3
3.27-3.47	3.3	0.299	2.5	33757	10186	0.188	0.355	0.299	3.3	99.2
3.47-3.71	3.3	0.183	3.9	31833	9579	0.113	0.216	0.183	5.1	98.9
3.71-4	3.3	0.128	5.2	29545	8931	0.078	0.151	0.128	6.9	98.6
4-4.38	3.3	0.096	6.4	27075	8181	0.058	0.113	0.096	9.1	98.3
4.38-4.9	3.3	0.091	6.3	24286	7360	0.054	0.106	0.091	10.7	97.8
4.9-5.66	3.3	0.093	6.1	21178	6455	0.055	0.108	0.093	11.2	97.1
5.66-6.93	3.2	0.092	6.3	16879	5332	0.056	0.108	0.092	11.5	94.2
6.93-9.8	3.4	0.068	7.7	14325	4215	0.041	0.08	0.068	13.7	95.3
9.8-48.217	3.2	0.064	9.2	7224	2243	0.041	0.076	0.064	14.2	90.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ収集
SCALA	3.3.21	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
MOSFLM	7.2.0	データ削減
PHENIX	1.9-1692	位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 3.1→47.753 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2682	2606	3.56 %	RANDOM
R_work	0.2336	70658	-	-
obs	0.2349	73264	97.24 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 221.01 Å² / B_iso mean: 96.0727 Å² / B_iso min: 45.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.1→47.753 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24403	0	0	0	24403
残基数	-	-	-	-	3032

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	25017
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.737	33916
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	3626
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	4403
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.79	9272

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	13448	X-RAY DIFFRACTION	8.958	TORSIONAL
1	2	B	13448	X-RAY DIFFRACTION	8.958	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.1-3.1564	0.3567	134	0.3489	3745	3879	99
3.1564-3.2171	0.4156	123	0.3366	3748	3871	99
3.2171-3.2827	0.3853	138	0.325	3762	3900	99
3.2827-3.3541	0.3434	156	0.3096	3767	3923	99
3.3541-3.4321	0.3471	140	0.2986	3721	3861	99
3.4321-3.5179	0.3005	137	0.2717	3730	3867	99
3.5179-3.613	0.3108	140	0.2653	3763	3903	99
3.613-3.7193	0.2626	136	0.2555	3738	3874	99
3.7193-3.8393	0.2835	147	0.2518	3726	3873	98
3.8393-3.9764	0.3007	134	0.2452	3762	3896	98
3.9764-4.1355	0.2701	140	0.2327	3701	3841	98
4.1355-4.3236	0.2657	136	0.2161	3748	3884	98
4.3236-4.5514	0.2143	143	0.2072	3729	3872	98
4.5514-4.8363	0.2338	131	0.2025	3691	3822	97
4.8363-5.2093	0.2232	142	0.2051	3717	3859	97
5.2093-5.7328	0.267	135	0.2229	3693	3828	96
5.7328-6.5605	0.279	133	0.2334	3663	3796	95
6.5605-8.2586	0.2725	127	0.2176	3593	3720	92
8.2586-47.7589	0.2133	134	0.1876	3661	3795	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.746	-0.65	-0.28	2.7605	0.0045	1.51	0.1007	-0.0531	0.754	0.0083	0.0539	-0.6839	-0.4702	0.4704	-0.1421	0.5541	-0.1469	0.1426	0.5972	0.0562	1.4827	38.7248	104.2368	174.3755
2	2.54	0.0537	-0.4091	2.2775	-0.6927	3.0626	0.3164	-0.0862	-0.3667	-0.141	-0.0664	-0.134	0.5363	0.3066	-0.2094	0.5329	0.0156	-0.1362	0.4399	-0.0935	1.1564	77.6946	98.1569	218.6166
3	2.2945	-0.4709	-0.524	1.0308	0.4149	1.2035	0.285	0.1526	0.698	-0.13	-0.1434	-0.2947	-0.7668	-0.0554	-0.1384	0.8547	0.0246	0.2173	0.4185	0.1371	1.4506	15.264	118.9624	169.4768
4	1.7354	0.0204	0.1324	0.4408	0.2556	1.1333	0.2692	0.0051	-0.6779	0.0435	0.1321	0.0821	0.639	-0.1367	-0.3297	0.7365	-0.2152	-0.3391	0.4334	0.0972	1.5051	54.3844	82.2984	221.2884
5	0.5165	-0.3934	-1.0778	1.051	1.2625	3.7109	0.2381	0.3743	0.3631	-0.06	-0.0418	0.2283	-0.5863	-0.514	-0.1779	0.9467	0.1213	0.189	0.8608	0.4462	1.5261	27.2132	122.8642	128.0556
6	1.1839	-0.136	0.5547	0.079	0.3354	2.4863	-0.1324	-0.1777	-0.2871	0.25	0.1154	0.2697	0.2319	-0.1283	0.0523	1.4288	-0.0894	-0.2702	0.6435	0.2258	1.6543	68.9744	74.4866	261.8301
7	2.7296	-0.5682	-0.3904	1.3745	0.3186	1.821	0.1242	0.254	-0.0572	-0.085	-0.2648	0.2576	-0.351	-0.4935	0.1327	0.4874	0.1353	0.1201	0.5318	-0.0435	1.1759	-7.2952	104.948	174.5093
8	1.6322	-0.1369	0.0845	1.3203	0.0487	1.6719	0.1829	-0.104	-0.3283	0.0986	-0.042	0.1847	0.2172	-0.5384	-0.1392	0.4131	-0.291	-0.1231	0.7013	0.2218	1.2408	31.9946	95.8912	217.7774
9	1.8527	-0.6446	-0.1751	2.2382	0.0462	1.6131	-0.2694	-0.2224	-0.244	0.5119	0.1553	0.5007	0.2205	0.0011	0.0893	0.4726	0.0367	0.2041	0.3692	0.1295	1.0463	19.6257	77.3879	187.4495
10	1.6603	0.4519	-0.4542	1.3169	-0.5919	2.5725	0.5376	0.0711	0.4409	0.1066	0.0746	0.2596	-0.5577	-0.6221	-0.5622	0.479	0.0336	0.2963	0.3688	0.0655	1.1343	57.0912	125.5012	209.3197
11	2.2494	-0.2755	-0.1748	2.6055	-0.132	2.4938	-0.1784	0.0188	-0.5279	0.0286	0.0632	-0.8235	0.6192	0.6695	0.0975	0.5238	0.2034	0.1553	0.6392	0.0722	1.4069	51.3412	59.544	177.3467
12	2.0911	0.2365	-0.0472	1.6265	-0.6422	2.1622	0.5346	-0.6982	0.6201	0.6979	-0.2243	-0.101	-0.8761	0.3073	-0.1522	1.0068	-0.6018	0.4832	0.1528	-0.4273	1.4862	87.65	143.5634	222.3464

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and ((resseq 3:131))	A	3 - 131
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and ((resseq 4:131))	B	4 - 131
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and ((resseq 132:237) or (resseq 499:749))	A	0
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and ((resseq 132:237) or (resseq 499:749))	B	0
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and ((resseq 238:498))	A	238 - 498
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and ((resseq 238:498))	B	238 - 498
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and ((resseq 750:869))	A	750 - 869
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and ((resseq 750:869))	B	750 - 869
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and ((resseq 870:1022))	A	0
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and ((resseq 870:1022))	B	0
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and ((resseq 1023:1528))	A	0
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and ((resseq 1023:1528))	B	0

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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