PDB-5czj: Crystal structure of HypD, a 1-pyrroline-4-hydroxy-2-carboxylate ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5czj

タイトル

Crystal structure of HypD, a 1-pyrroline-4-hydroxy-2-carboxylate deaminase from Sinorhizobium meliloti

要素

Dihydrodipicolinate synthase

キーワード

HYDROLASE / N-acetylneuraminate lyase sub-family / (alpha/beta)8 barrel / TIM barrel / 4-hydroxy-proline metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydrodipicolinate synthase / lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhizobium meliloti (根粒菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Xu, X. / Savchenko, A.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2016
タイトル: l-Hydroxyproline and d-Proline Catabolism in Sinorhizobium meliloti.
著者: Chen, S. / White, C.E. / diCenzo, G.C. / Zhang, Y. / Stogios, P.J. / Savchenko, A. / Finan, T.M.

履歴

登録	2015年7月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月10日	Group: Database references
改定 1.2	2016年3月30日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5czj.cif.gz	260.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5czj.ent.gz	212.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5czj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5czj_validation.pdf.gz	406.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5czj_full_validation.pdf.gz	410.5 KB	表示
XML形式データ	5czj_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	5czj_validation.cif.gz	23.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/5czj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/5czj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2hmcS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4o0k-d 6bdn-d 4mpq-d 2bgq-d 2gey-2 5d5q-2 2hmc-d 1jtf-d 5d5q-1 5z0h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dihydrodipicolinate synthase

B: Dihydrodipicolinate synthase

69 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dihydrodipicolinate synthase

登録者が定義した集合体
34.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dihydrodipicolinate synthase

登録者が定義した集合体
34.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

4

A: Dihydrodipicolinate synthase

B: Dihydrodipicolinate synthase

A: Dihydrodipicolinate synthase

B: Dihydrodipicolinate synthase

A: Dihydrodipicolinate synthase

B: Dihydrodipicolinate synthase

ソフトウェアが定義した集合体
207 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.865, 124.865, 124.865
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

#1: タンパク質	Dihydrodipicolinate synthase 分子量: 34485.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhizobium meliloti (strain 1021) (根粒菌) 株: 1021 / 遺伝子: hypD, SM_b20259 / プラスミド: p15TV-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q92WT0, EC: 3.5.4.22
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 539 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.7 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.5 microL of 19.5 mg/mL protein solution (including 20% (w/v) glycerol) mixed with 0.5 microL of reservoir solution (0.2 M potassium/sodium tartrate, 20% (w/v) PEG3350).

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年10月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→29.431 Å / Num. obs: 49734 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.3 % / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 36.88
反射シェル	解像度: 1.92→1.95 Å / 冗長度: 19.8 % / R_merge(I) obs: 0.583 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2hmc

2hmc

解像度: 1.92→29.431 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 33.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3382	2015	4.05 %	Random selection
R_work	0.2833	-	-	-
obs	0.2855	49700	99.99 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→29.431 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4825	0	0	539	5364

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	4955
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.737	6724
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.615	1784
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	749
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	878

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.92-1.988	0.3896	203	0.333	4709	X-RAY DIFFRACTION	100
1.988-2.0676	0.3942	196	0.3237	4746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0676-2.1616	0.3666	199	0.3179	4728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1616-2.2756	0.3616	200	0.3073	4719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2756-2.4181	0.3864	199	0.3101	4726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4181-2.6047	0.351	201	0.2973	4752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6047-2.8666	0.3427	198	0.3001	4769	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8666-3.2809	0.3572	202	0.2838	4795	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2809-4.1318	0.2886	203	0.2514	4802	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1318-29.4344	0.3125	214	0.255	4939	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6716	0.8573	0.4594	4.444	-2.6774	3.1329	0.467	-0.8774	0.168	0.3999	0.2785	-0.1513	-0.5514	0.1264	-0.4889	0.1232	-0.014	-0.0201	0.4928	-0.0476	0.3132	48.7486	24.6321	71.5047
2	3.6429	1.6854	0.7228	2.4565	0.8584	1.3096	-0.048	-0.2066	-0.0538	-0.027	-0.0472	0.2494	0.0698	0.0999	0.1001	0.1772	0.0197	-0.0064	0.1485	0.0333	0.1795	55.9611	23.906	72.7532
3	5.8568	0.0803	2.4499	0.6547	-1.623	5.9125	-0.225	0.0469	0.0064	-0.0434	0.113	0.1433	-0.2044	0.0797	0.1088	0.1782	-0.027	-0.0067	0.1224	-0.0015	0.2043	66.5615	33.6345	60.4435
4	4.2744	0.6725	-2.7172	1.2506	-0.0858	4.2183	-0.0558	-0.1585	0.0776	-0.0676	-0.0391	0.156	0.1273	-0.098	0.0833	0.1451	-0.0406	-0.0506	0.1447	0.0094	0.2188	46.3884	31.9743	52.1382
5	2.1298	0.2045	1.6447	1.1531	1.1209	2.8612	-0.0772	0.0298	-0.1687	-0.0831	0.1626	0.0005	0.1865	0.0058	-0.0682	0.2175	-0.0617	0.0396	0.1612	0.0189	0.1835	36.3862	32.58	63.2899
6	2.3082	-1.041	1.5657	5.4649	-0.8123	3.2765	0.0961	-0.6046	-0.2373	0.2576	0.3306	-0.0469	0.6416	-0.3237	-0.2338	0.3937	-0.108	-0.1184	0.2298	0.106	0.1524	69.0452	49.9051	94.1473
7	8.6285	2.9906	-2.9447	7.4631	-4.7735	7.5785	-0.2336	-0.8078	0.0865	-1.2585	-0.1379	0.0337	1.3663	0.857	0.2377	0.4526	0.1088	-0.0446	0.477	0.0334	0.2729	74.794	35.9005	92.6876
8	2.623	0.4134	0.5884	1.5583	0.9717	0.6281	0.0152	-0.0407	-0.0953	0.1483	0.0339	0.2111	-0.0368	0.1757	-0.0296	0.249	-0.0211	0.0299	0.1976	0.0502	0.1304	63.5837	44.9345	93.2482
9	3.9193	3.4356	-0.202	7.0156	-0.992	2.2513	-0.1957	-0.1159	-0.0588	-0.2919	-0.034	0.1008	-0.1201	0.2788	0.2182	0.1736	0.038	-0.0361	0.2159	0.0105	0.1971	52.6365	57.3059	85.4295
10	1.4613	-0.7444	0.3365	1.3227	-0.6737	1.0981	-0.0401	-0.1426	0.0732	0.0969	-0.1197	-0.1041	-0.0597	0.1129	0.1217	0.136	-0.0466	-0.0191	0.1727	-0.0101	0.1422	77.9857	60.4877	85.6544

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 23:44)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 45:129)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 130:216)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 217:280)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 281:340)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 22:40)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 41:45)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 46:132)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 133:213)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 214:340)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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