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Yorodumi- PDB-5czj: Crystal structure of HypD, a 1-pyrroline-4-hydroxy-2-carboxylate ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5czj | ||||||
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Title | Crystal structure of HypD, a 1-pyrroline-4-hydroxy-2-carboxylate deaminase from Sinorhizobium meliloti | ||||||
Components | Dihydrodipicolinate synthase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / N-acetylneuraminate lyase sub-family / (alpha/beta)8 barrel / TIM barrel / 4-hydroxy-proline metabolism | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Rhizobium meliloti (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.92 Å | ||||||
Authors | Stogios, P.J. / Xu, X. / Savchenko, A. | ||||||
Citation | Journal: J.Bacteriol. / Year: 2016 Title: l-Hydroxyproline and d-Proline Catabolism in Sinorhizobium meliloti. Authors: Chen, S. / White, C.E. / diCenzo, G.C. / Zhang, Y. / Stogios, P.J. / Savchenko, A. / Finan, T.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5czj.cif.gz | 260.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5czj.ent.gz | 212.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5czj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5czj_validation.pdf.gz | 406.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5czj_full_validation.pdf.gz | 410.5 KB | Display | |
Data in XML | 5czj_validation.xml.gz | 13.9 KB | Display | |
Data in CIF | 5czj_validation.cif.gz | 23.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/5czj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/5czj | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2hmcS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34485.527 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhizobium meliloti (strain 1021) (bacteria) Strain: 1021 / Gene: hypD, SM_b20259 / Plasmid: p15TV-LIC / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q92WT0, EC: 3.5.4.22 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 0.5 microL of 19.5 mg/mL protein solution (including 20% (w/v) glycerol) mixed with 0.5 microL of reservoir solution (0.2 M potassium/sodium tartrate, 20% (w/v) PEG3350). |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS HTC / Detector: IMAGE PLATE / Date: Oct 16, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.92→29.431 Å / Num. obs: 49734 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 21.3 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 36.88 |
Reflection shell | Resolution: 1.92→1.95 Å / Redundancy: 19.8 % / Rmerge(I) obs: 0.583 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2hmc Resolution: 1.92→29.431 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 33.75 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.92→29.431 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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