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- PDB-5cyw: Crystal Structure of Vaccinia Virus C7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cyw
タイトルCrystal Structure of Vaccinia Virus C7
要素Interferon antagonist C7
キーワードVIRAL PROTEIN / host-range / beta-sandwich / poxvirus / vaccinia
機能・相同性Poxvirus C7/F8A / Poxvirus C7/F8A protein / : / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / Interferon antagonist OPG027
機能・相同性情報
生物種Vaccinia virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Krumm, B.E. / Meng, X. / Li, Y. / Xiang, Y. / Deng, J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI079217 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI113539 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20GM103640 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structural basis for antagonizing a host restriction factor by C7 family of poxvirus host-range proteins.
著者: Meng, X. / Krumm, B. / Li, Y. / Deng, J. / Xiang, Y.
履歴
登録2015年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月2日Group: Database references
改定 1.22015年12月16日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Interferon antagonist C7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4033
ポリマ－18,2191
非ポリマー1842
水2,864159
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Interferon antagonist C7
ヘテロ分子

B: Interferon antagonist C7
ヘテロ分子

B: Interferon antagonist C7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2099
ポリマ－54,6563
非ポリマー5536
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_544-z,x-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation11_545y+1/2,-z-1/2,-x1
Buried area3920 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area21740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.653, 100.653, 100.653
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質 Interferon antagonist C7 / C7L / Host range protein 2


分子量: 18218.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus (strain Ankara) (ウイルス)
株: Ankara / 遺伝子: MVA018L, ACAM3000_MVA_018, C7L / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P68598
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5, 3.5 M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97948 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月7日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97948 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 23258 / Num. obs: 22967 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 19.9 % / Biso Wilson estimate: 34.09 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 50.8
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.545 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 86.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→45.013 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1822 1168 5.09 %
Rwork0.1531 --
obs0.1546 22941 98.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→45.013 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1265 0 12 159 1436
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.021310
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6561766
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.014494
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.11184
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009221
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9999-2.09090.26141230.22972437X-RAY DIFFRACTION89
2.0909-2.20120.22891520.18142716X-RAY DIFFRACTION100
2.2012-2.33910.19531460.15652736X-RAY DIFFRACTION100
2.3391-2.51960.2151340.16362739X-RAY DIFFRACTION100
2.5196-2.77320.18411380.15792749X-RAY DIFFRACTION100
2.7732-3.17440.20791550.16462758X-RAY DIFFRACTION100
3.1744-3.9990.14371470.13322778X-RAY DIFFRACTION100
3.999-45.02480.17351730.14512860X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.36491.28370.91224.47840.7893.6316-0.20770.0963-0.31190.2710.1912-0.38770.21560.2076-0.03990.2480.04280.00670.2511-0.02130.24910.6079-23.7597-5.6159
24.25653.24122.12368.81723.90764.4605-0.1586-0.2422-0.02190.4013-0.0304-0.23290.0250.0780.14870.31940.0197-00.31360.00250.29535.6616-18.87210.7796
32.79140.7757-0.26389.12171.4383.3933-0.04970.0724-0.097-0.1385-0.0394-0.24420.1853-0.01480.01120.18890.03330.01010.27290.00870.21916.0754-20.6934-10.4305
41.721-2.6105-1.95516.52582.35522.34180.02270.1577-0.05290.0103-0.14990.5267-0.0041-0.18220.16640.19410.01040.01180.26420.00130.2123-1.938-13.7357-6.2555
51.8156-0.5782-0.47924.68491.14591.87070.04160.1092-0.04280.02810.0153-0.16180.00940.11730.02070.18760.0221-0.00340.26140.00340.2375.1156-14.5052-8.2786
62.50271.0734-1.70991.2061-0.3398.35540.0608-0.4746-0.09090.41230.1681.26950.4192-1.4436-0.06860.476-0.00530.12750.49830.06060.5447-5.2056-24.36082.5292
78.0543.40782.70324.32562.07772.6863-0.186-0.6043-0.0810.64730.1029-0.2670.24310.21030.00340.4090.0826-0.04640.367-0.02410.290511.1822-18.22026.01
86.1324-0.09970.29381.72380.83093.8086-0.11840.35790.10090.020.0894-0.3197-0.11310.5049-0.09020.28130.06160.00280.2859-0.00260.348216.3821-23.2234-6.1593
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain B and resseq 3:22)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 23:38)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain B and resseq 39:56)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resseq 57:72)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resseq 73:100)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resseq 101:110)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resseq 111:129)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resseq 130:149)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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