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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cxg
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis KstR in complex with PEG
要素HTH-type transcriptional repressor KstR
キーワードTranscription regulator / Transcriptional repressor / TetR family Transcriptional repressor / cholesterol catabolism / CoA thioester ligand / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
HTH-type transcriptional repressor KstR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / HTH-type transcriptional repressor KstR
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1001 Å
データ登録者Ho, N.A.T. / Dawes, S. / Kendall, S. / Baker, E.N. / Lott, J.S. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Health Research Council (HRC)12/1111 ニュージーランド
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: The Structure of the Transcriptional Repressor KstR in Complex with CoA Thioester Cholesterol Metabolites Sheds Light on the Regulation of Cholesterol Catabolism in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Ho, N.A. / Dawes, S.S. / Crowe, A.M. / Casabon, I. / Gao, C. / Kendall, S.L. / Baker, E.N. / Eltis, L.D. / Lott, J.S.
履歴
登録2015年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月24日Group: Database references
改定 1.22016年4月20日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional repressor KstR
B: HTH-type transcriptional repressor KstR
C: HTH-type transcriptional repressor KstR
D: HTH-type transcriptional repressor KstR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,9678
ポリマ－89,4104
非ポリマー5574
水3,747208
1
A: HTH-type transcriptional repressor KstR
B: HTH-type transcriptional repressor KstR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0054
ポリマ－44,7052
非ポリマー3002
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area15760 Å2
手法PISA
2
C: HTH-type transcriptional repressor KstR
D: HTH-type transcriptional repressor KstR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9614
ポリマ－44,7052
非ポリマー2562
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3280 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area15220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.030, 38.380, 154.718
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.69, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121
詳細Dimer confirmed by SEC-MALLS

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要素

#1: タンパク質
HTH-type transcriptional repressor KstR


分子量: 22352.510 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: kstR, Rv3574 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P96856
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.86 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 8% PEG 3350, 25% PEG 400, 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1001→37.41 Å / Num. obs: 40309 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 2.1001→2.16 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.707 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2006: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MNL

3mnl


解像度: 2.1001→37.409 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2581 1991 4.94 %
Rwork0.2098 --
obs0.2122 40302 98.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1001→37.409 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5129 0 31 208 5368
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0125631
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6557106
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2341751
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03867
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003911
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1001-2.15260.31651350.28122607X-RAY DIFFRACTION94
2.1526-2.21080.38831480.26592618X-RAY DIFFRACTION96
2.2108-2.27580.29091310.25932707X-RAY DIFFRACTION97
2.2758-2.34930.28171360.23842644X-RAY DIFFRACTION97
2.3493-2.43320.28241460.23342689X-RAY DIFFRACTION99
2.4332-2.53060.29711480.22132752X-RAY DIFFRACTION100
2.5306-2.64570.27851460.23212707X-RAY DIFFRACTION99
2.6457-2.78520.27831190.2142774X-RAY DIFFRACTION100
2.7852-2.95960.26531380.22512804X-RAY DIFFRACTION100
2.9596-3.1880.25821500.22862766X-RAY DIFFRACTION100
3.188-3.50860.29191300.20312756X-RAY DIFFRACTION99
3.5086-4.01580.21191580.18312739X-RAY DIFFRACTION99
4.0158-5.05760.22221600.17222820X-RAY DIFFRACTION100
5.0576-37.41480.23981460.20032928X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7853-0.19250.54930.1588-0.1310.2042-0.0083-0.0631-0.0243-0.03170.07130.01930.0848-0.1601-0.05810.1293-0.0629-0.17971.51380.49170.6236-57.54049.3273-17.532
20.03730.1018-0.06450.2787-0.17790.11350.15730.261-0.2188-0.00040.0765-0.05610.14720.0892-0.00550.2681-0.2498-0.20810.87180.15570.2694-54.65818.8402-27.1611
31.97580.36590.60490.91290.69270.5858-0.0409-0.44020.17860.3420.23420.4164-0.0192-1.0659-0.64390.23330.06920.03771.32960.24010.4908-50.617611.6233-13.7347
45.2944-1.9066-1.97545.1671-0.04051.42770.3670.7432-0.27590.1505-0.29390.3780.9857-1.1406-0.15480.4925-0.107-0.0130.65740.10820.2728-38.0212-3.221-8.2825
52.49912.213-1.08697.15810.51693.5454-0.15260.82730.3891-0.6549-0.03570.7070.1141-0.78940.22870.3044-0.0658-0.09630.84640.13090.3781-46.03156.8661-23.577
60.14321.1395-0.58479.2609-5.16453.3230.0999-0.37540.0795-0.00580.17640.6335-0.1649-0.6171-0.3120.26740.04880.0470.56190.03460.2187-38.010812.3706-12.4791
72.6298-0.573-0.86042.4363-0.65410.58770.1413-0.388-0.17730.49620.0755-0.16280.4203-0.5554-0.16310.21-0.0283-0.00950.23370.07610.1822-32.25994.3827-12.2532
80.87180.0702-0.87931.3292-0.45550.99080.1236-0.1705-0.48860.11870.08920.04320.7663-0.3915-0.11830.4038-0.1045-0.07160.24820.11880.2742-31.346-6.4739-16.6357
98.8626-2.21321.82915.6052-4.53574.8424-0.55020.860.0107-0.22460.1243-0.27110.02020.38980.23890.3232-0.146-0.07540.37930.04740.2267-31.56659.4011-49.4686
100.12090.00410.78170.6114-0.27697.0179-0.08610.31090.4434-0.21490.22670.2328-0.5289-0.2157-0.02990.4093-0.0704-0.13480.33350.09330.287-40.891312.5847-48.0815
113.62561.4438-2.49119.1576-4.88843.48290.12720.7435-0.278-0.41030.3061-0.09840.9389-1.3789-0.32240.431-0.1901-0.00870.5012-0.0810.3704-39.34783.3019-52.5308
126.78990.0930.05490.970.12272.9385-0.0786-0.0162-0.0697-0.2725-0.0576-0.08630.25050.22390.13160.2062-0.01930.00940.09010.05070.1635-28.64865.408-40.5717
130.0041-0.0792-0.08162.53151.62793.38280.3351-0.08610.3134-0.01990.3743-0.61790.0230.8097-0.02960.3918-0.15610.21380.3306-0.37760.602-14.10578.4044-28.8972
146.0313.0188-0.41445.8148-1.28528.769-0.2222-0.2090.4657-0.33160.0340.4592-0.582-0.83650.06220.29940.0766-0.07990.3255-0.01380.2371-35.069110.5749-34.1221
155.14312.71321.86791.5181.35722.73920.2583-0.0128-0.4191-0.0753-0.05550.15310.39840.1908-0.14610.1793-0.0277-0.04150.04710.01070.2301-25.4481-1.5054-32.1423
166.7885-5.1922-0.6564.23590.70940.89110.0013-0.1214-0.0848-0.11940.0488-0.12170.0145-0.0222-0.05460.1787-0.0283-0.01240.16050.0180.1479-23.95842.0866-24.5971
178.70184.44870.50963.51080.96827.0503-0.07790.24350.8461-0.08320.54020.5142-1.0661-0.6839-0.3410.32140.10880.00640.29770.01330.2626-33.313319.6849-23.0045
180.71651.6164-1.24545.2606-1.72122.925-0.2064-0.20410.36540.999-0.0134-0.7182-0.50110.37670.07980.2508-0.0341-0.07320.162-0.01220.2709-20.784410.738-17.4321
193.8545-2.0671.28355.266-0.92543.3958-0.30520.4458-0.0589-0.36050.3340.1192-0.04480.38790.01080.4067-0.1231-0.07540.60450.11190.3216-45.9692-17.3532-66.2543
207.2448-1.22221.92797.3687-0.91118.0475-0.13241.21470.1099-1.13930.0792-0.0254-0.39081.4310.07270.502-0.0826-0.0370.52710.0580.2329-48.09-15.7447-73.7787
212.8283-1.6147-0.25933.36130.49793.629-0.0475-0.0422-0.1832-0.006-0.20880.15790.0311-0.64850.27340.3477-0.1105-0.09450.41590.07280.2489-50.5897-19.645-62.024
225.5317-0.1483-5.61833.2574-2.59248.124-0.039-0.7194-0.0405-0.01670.4155-0.01680.40550.38890.00730.66630.0446-0.24880.36440.05780.3865-40.9631-13.8124-36.1612
234.5544.1891-4.55734.3692-4.58644.8884-0.36690.53990.1814-0.05920.1759-0.1219-0.6956-0.66950.18880.51890.007-0.13660.34740.06270.3557-48.8173-9.4278-41.4245
247.09863.752-1.79657.578-0.19858.5745-0.21640.76880.4627-0.95870.06570.0685-0.20860.06880.19950.3589-0.0218-0.04430.47060.16390.3505-56.676-10.4353-59.2257
259.29290.08247.97443.22380.76118.20660.11140.34660.2556-0.0485-0.1876-0.12231.0085-0.06180.01720.4083-0.113-0.06410.33410.10290.2678-56.6802-21.8174-51.3487
267.0901-4.58852.61226.9194-1.1064.1620.0665-0.10360.2170.3163-0.0143-0.27290.4019-0.3774-0.10620.372-0.1094-0.05160.48370.04850.2433-56.6284-15.9774-41.9845
278.4155.97986.20474.84612.91788.99380.6468-0.4624-0.53190.6316-0.35250.07311.668-0.6159-0.3970.98790.16390.04810.51460.01290.4545-60.73441.8468-51.6052
287.1173-2.51531.87087.7155-3.17851.445-0.0317-1.07580.3441.3187-0.3179-0.6034-1.1546-0.12940.37050.5480.0027-0.09110.4653-0.03740.3229-58.032-5.4766-37.6705
297.4959-2.2221-2.88363.24771.96564.48740.4739-0.60440.56910.17130.1331-0.0323-0.0282-0.2605-0.5390.54540.00430.00790.91760.19540.4987-82.7515-5.5562-67.5723
303.5113-3.36051.72935.3171-0.02262.22830.1971-0.33220.36230.0638-0.484-0.29520.0740.53710.25330.3963-0.0320.00250.99190.24560.6208-79.6604-1.6187-59.1935
310.26180.1386-0.25180.31190.03220.35820.4051-0.20710.1778-0.1636-0.2969-0.1588-0.20.0469-0.05090.9838-0.02170.29791.93230.1920.6897-86.0772-12.2947-34.8637
320.817-0.3623-2.01510.67160.40545.52880.20780.1266-0.16220.1057-0.5298-0.13350.3404-0.77850.30120.5528-0.1186-0.04871.19550.18720.4111-75.9347-13.5652-49.775
333.6276-1.4351-1.24377.20381.52013.50220.21530.06870.6130.31940.01660.0567-0.1088-0.8767-0.17840.4292-0.05050.05060.94310.08290.3949-71.0441-9.3275-45.2676
345.28232.23363.17677.8638-1.1298.5992-0.41280.3498-0.52390.04350.66690.00990.1556-0.595-0.01420.5295-0.2610.02170.86320.090.3079-69.6744-20.742-40.0215
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 19 through 32 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 33 through 38 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 39 through 88 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 89 through 106 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 107 through 122 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 123 through 143 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 144 through 172 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 173 through 196 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 12 through 32 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 33 through 46 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 47 through 59 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 60 through 77 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 78 through 104 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 105 through 122 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 123 through 145 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 146 through 172 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 173 through 177 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 178 through 194 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 12 through 36 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 37 through 49 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 50 through 78 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 79 through 88 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 89 through 106 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 107 through 122 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 123 through 141 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 142 through 172 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 173 through 177 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 178 through 193 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 14 through 49 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 50 through 77 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 78 through 88 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 89 through 122 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 123 through 177 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 178 through 193 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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