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- PDB-5cw6: Structure of metal dependent enzyme DrBRCC36 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cw6
タイトルStructure of metal dependent enzyme DrBRCC36
要素DrBRCC36
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / metalloprotease
機能・相同性
機能・相同性情報


BRISC complex / BRCA1-A complex / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ / protein K63-linked deubiquitination / polyubiquitin modification-dependent protein binding / spindle pole / metallopeptidase activity / double-strand break repair / angiogenesis / cysteine-type deubiquitinase activity ...BRISC complex / BRCA1-A complex / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ / protein K63-linked deubiquitination / polyubiquitin modification-dependent protein binding / spindle pole / metallopeptidase activity / double-strand break repair / angiogenesis / cysteine-type deubiquitinase activity / cell division / proteolysis / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Brcc36 isopeptidase / BRCC36, C-terminal helical domain / BRCC36 C-terminal helical domain / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / : / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain ...Brcc36 isopeptidase / BRCC36, C-terminal helical domain / BRCC36 C-terminal helical domain / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / : / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lys-63-specific deubiquitinase
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.193 Å
データ登録者Zeqiraj, E.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015
タイトル: Higher-Order Assembly of BRCC36-KIAA0157 Is Required for DUB Activity and Biological Function.
著者: Zeqiraj, E. / Tian, L. / Piggott, C.A. / Pillon, M.C. / Duffy, N.M. / Ceccarelli, D.F. / Keszei, A.F. / Lorenzen, K. / Kurinov, I. / Orlicky, S. / Gish, G.D. / Heck, A.J. / Guarne, A. / ...著者: Zeqiraj, E. / Tian, L. / Piggott, C.A. / Pillon, M.C. / Duffy, N.M. / Ceccarelli, D.F. / Keszei, A.F. / Lorenzen, K. / Kurinov, I. / Orlicky, S. / Gish, G.D. / Heck, A.J. / Guarne, A. / Greenberg, R.A. / Sicheri, F.
履歴
登録2015年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月30日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DrBRCC36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8462
ポリマ－29,7801
非ポリマー651
水181
1
A: DrBRCC36
ヘテロ分子

A: DrBRCC36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6914
ポリマ－59,5602
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/31
Buried area2450 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area15500 Å2
手法PISA
2
A: DrBRCC36
ヘテロ分子

A: DrBRCC36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6914
ポリマ－59,5602
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area15990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.833, 108.833, 137.439
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 DrBRCC36


分子量: 29780.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A0M3KL72*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.8 M succinic acid (pH 7.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.193→50 Å / Num. obs: 8474 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 84.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.208 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.201 / Χ2: 0.98 / Net I/av σ(I): 12.667 / Net I/σ(I): 3.2 / Num. measured all: 85423
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
3.2-3.319.38160.8740.4640.87299.9
3.31-3.459.68180.8190.3290.8941000.976
3.45-3.610.38160.8620.2380.9111000.7320.771
3.6-3.7910.98290.9130.180.9371000.5690.598
3.79-4.0310.78390.9560.1210.9691000.380.399
4.03-4.3410.48250.9830.0851.0351000.2640.277
4.34-4.789.98480.9870.0551.14199.80.1660.175
4.78-5.4710.78550.9920.0531.0281000.1660.174
5.47-6.899.78710.9910.0480.99699.70.1450.154
6.89-509.49570.9990.0231.00399.80.0690.073

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.193→47.126 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2408 448 5.31 %Random selection
Rwork0.2139 7990 --
obs0.2154 8438 99.73 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 172.8 Å2 / Biso mean: 82.3258 Å2 / Biso min: 34.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.193→47.126 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1163 0 1 1 1165
Biso mean--78.89 34.67 -
残基数----151
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021186
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5271610
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.02191
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002202
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.493413
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.1934-3.65540.3081420.258225782720
3.6554-4.60480.22311410.201726312772
4.6048-47.13120.23051650.206527812946
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.26551.45360.51077.8529-2.56277.3838-0.28460.6560.3933-0.93840.39030.1657-0.42270.0011-0.03090.6851-0.23370.04590.5928-0.16750.462848.4698-6.9587-18.3831
23.58562.31161.47216.85480.17695.5864-0.08220.2785-0.0275-0.59240.298-0.6170.26840.0512-0.30820.8765-0.13630.01320.6179-0.06520.363944.0195-15.4015-22.0385
33.0433-5.3477-0.86499.54520.21219.8069-0.19451.96020.8017-1.75540.0148-0.9834-1.27090.22530.18531.4621-0.47040.02141.03780.06850.727342.7988-13.1698-33.2752
44.4668-4.6879-4.9255.07295.18615.5048-0.28871.14820.2062-0.1040.0287-0.88070.6002-0.60420.12450.9249-0.2993-0.00410.7147-0.00390.534944.0319-14.5722-22.6343
59.81616.9818-2.29347.872-1.84428.99780.5544-0.57110.58870.2624-0.41471.4578-0.190.6488-0.5450.68160.0415-0.15620.4526-0.09850.74441.8604-1.9362-7.3197
61.9705-2.5708-2.37154.28894.03113.79960.1795-0.584-0.94810.4051-0.37480.51551.4507-1.43550.29610.9323-0.2479-0.02540.7883-0.00270.556434.6377-15.8283-11.5671
72.74971.54190.8966.31252.40474.33810.37320.0524-0.17740.738-0.3845-0.2449-0.2298-0.38550.03850.7253-0.0867-0.04550.5864-0.01790.369746.6054-7.2126-8.3504
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 28 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 29 through 63 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 64 through 81 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 82 through 93 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 94 through 102 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 103 through 116 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 117 through 164 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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