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- PDB-5cw5: Structure of CfBRCC36-CfKIAA0157 complex (QSQ mutant) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cw5
タイトルStructure of CfBRCC36-CfKIAA0157 complex (QSQ mutant)
要素
  • BRCA1/BRCA2-containing complex subunit 3
  • Protein FAM175B
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / metal dependent enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


BRISC complex / BRCA1-A complex / attachment of spindle microtubules to kinetochore / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ / metal-dependent deubiquitinase activity / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / polyubiquitin modification-dependent protein binding / mitotic spindle assembly / spindle pole / double-strand break repair ...BRISC complex / BRCA1-A complex / attachment of spindle microtubules to kinetochore / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ / metal-dependent deubiquitinase activity / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / polyubiquitin modification-dependent protein binding / mitotic spindle assembly / spindle pole / double-strand break repair / microtubule binding / cysteine-type deubiquitinase activity / cell division / proteolysis / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Brcc36 isopeptidase / BRCC36, C-terminal helical domain / BRCC36 C-terminal helical domain / BRCA1-A complex subunit Abraxas 1 MPN domain / FAM175 family / : / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
BRISC complex subunit FAM175B / Lys-63-specific deubiquitinase BRCC36
類似検索 - 構成要素
生物種Camponotus floridanus (アリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.736 Å
データ登録者Zeqiraj, E.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015
タイトル: Higher-Order Assembly of BRCC36-KIAA0157 Is Required for DUB Activity and Biological Function.
著者: Zeqiraj, E. / Tian, L. / Piggott, C.A. / Pillon, M.C. / Duffy, N.M. / Ceccarelli, D.F. / Keszei, A.F. / Lorenzen, K. / Kurinov, I. / Orlicky, S. / Gish, G.D. / Heck, A.J. / Guarne, A. / ...著者: Zeqiraj, E. / Tian, L. / Piggott, C.A. / Pillon, M.C. / Duffy, N.M. / Ceccarelli, D.F. / Keszei, A.F. / Lorenzen, K. / Kurinov, I. / Orlicky, S. / Gish, G.D. / Heck, A.J. / Guarne, A. / Greenberg, R.A. / Sicheri, F.
履歴
登録2015年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月30日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BRCA1/BRCA2-containing complex subunit 3
B: Protein FAM175B
C: BRCA1/BRCA2-containing complex subunit 3
D: Protein FAM175B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,9094
ポリマ－122,9094
非ポリマー00
水00
1
A: BRCA1/BRCA2-containing complex subunit 3
D: Protein FAM175B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4552
ポリマ－61,4552
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7810 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area21460 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19000 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area39550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.452, 124.173, 132.539
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 BRCA1/BRCA2-containing complex subunit 3


分子量: 28893.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Camponotus floridanus (アリ) / 遺伝子: EAG_15736
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: E2AXC7
#2: タンパク質 Protein FAM175B


分子量: 32561.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Camponotus floridanus (アリ) / 遺伝子: EAG_01033
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: E2AB17

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.91 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M KCl, 0.1 M HEPES-Na (pH 7.5) and 15% PEG6000 / PH範囲: 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.2827 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2827 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.736→50 Å / Num. obs: 37786 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 59.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rpim(I) all: 0.094 / Rrim(I) all: 0.158 / Χ2: 0.968 / Net I/av σ(I): 7.293 / Net I/σ(I): 4.2 / Num. measured all: 103925
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRrim(I) all
2.75-2.852.60.92736220.50.6640.51393.2
2.85-2.962.70.78836900.5820.5520.53495.30.969
2.96-3.12.80.56337380.7720.3890.56296.10.689
3.1-3.262.70.38337170.8660.270.68195.30.472
3.26-3.462.80.27236940.9290.1880.83795.20.333
3.46-3.732.80.18938820.9540.1320.9898.70.232
3.73-4.112.80.13838310.9720.0951.16697.70.169
4.11-4.72.80.09137730.9850.0621.41395.10.112
4.7-5.922.80.0839410.9880.0551.34598.40.098
5.92-502.70.06538980.9920.0451.53393.30.08

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.736→48.939 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2775 1610 4.28 %
Rwork0.2309 36033 -
obs0.2329 37643 94.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 176.91 Å2 / Biso mean: 72.8552 Å2 / Biso min: 35.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.736→48.939 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7019 0 0 0 7019
残基数----900
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027122
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4939613
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0181154
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021220
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1592599
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7363-2.81680.3641100.33952602271283
2.8168-2.90770.34831240.32962936306094
2.9077-3.01160.34731260.32523001312796
3.0116-3.13220.36611390.28662996313596
3.1322-3.27470.36421450.26822890303593
3.2747-3.44730.28931380.24853038317697
3.4473-3.66320.29771170.23123112322999
3.6632-3.9460.26011560.22373079323598
3.946-4.34280.25421380.2052946308493
4.3428-4.97070.22641340.17913182331699
4.9707-6.26050.26181350.2273095323097
6.2605-48.94670.25051480.20933156330494
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.8809-2.8041-2.90625.30231.93825.474-0.5863-0.2907-0.07540.51790.2980.07370.6336-0.2380.34880.3546-0.0486-0.03290.49440.04470.438127.5112-13.3516-10.168
23.5345-3.0075-2.04253.88853.4213.14850.1798-0.30750.2358-0.0823-0.07460.5839-0.16270.084-0.15120.5989-0.0515-0.07640.6220.14390.548924.94-13.1031-17.4538
38.5845-4.2909-1.02153.0260.97412.59540.07940.70210.2172-0.0991-0.18140.76260.9965-0.8766-0.05550.5242-0.16520.05980.61270.12610.671421.4001-16.9584-18.5682
42.32762.2456-2.10832.03480.98337.90850.47-0.478-2.6523-0.9286-1.00530.91151.37510.60750.94070.7648-0.35580.08881.04360.07111.669715.0957-24.2705-14.7128
51.4825-1.9475-0.16639.449-0.10334.86381.7388-1.3324-0.94990.4929-1.39640.8753-0.74960.3876-0.31570.4539-0.182-0.0990.49290.11960.571521.2871-14.0861-14.9588
64.2554-2.22253.06056.75651.98864.3690.0474-0.60590.4586-0.89020.075-0.1496-0.26780.49580.18540.6292-0.02630.06770.60190.10020.297128.1403-7.0911-18.4079
74.38974.34151.99824.59651.92511.69680.34251.5536-0.7383-0.4249-0.2225-1.4799-0.7767-0.1436-0.3390.66320.040.11170.87180.1430.900246.6261-5.1186-17.5352
86.1965-3.194-0.41969.1185-0.27944.22840.160.1057-0.00030.1766-0.46360.2286-0.3641-0.03720.15890.3120.010.0650.4765-0.03880.372924.8112-7.3804-10.1574
91.3129-0.3419-1.73261.21721.03712.7416-0.45240.2989-0.3934-0.0523-0.24620.24830.9876-1.3820.86890.5735-0.14390.03370.61470.00680.670330.287-28.3892-28.8374
101.27640.1712-0.90953.04833.23473.4427-0.18850.02650.0452-0.1815-0.52470.42530.8776-0.05250.60040.7610.01330.0440.53910.03690.537740.6865-29.2655-36.043
112.12720.2560.67051.6507-2.2442.71660.2281-0.5763-0.53940.4176-0.2318-0.2392-0.68010.6080.24560.64820.0143-0.04650.62860.17140.613243.0071-29.42081.7119
122.64710.2616-1.89661.2660.98035.8234-0.0483-0.384-0.18390.19160.0847-0.22460.14210.734-0.0990.44240.0328-0.04440.67740.05630.536650.2291-18.5068-7.1289
133.03642.8671-0.75786.02-1.13823.96280.1046-0.5091-0.16330.5031-0.4752-0.55390.01330.28660.42930.39410.0101-0.06220.76670.00470.510453.9916-15.73180.4318
143.21870.71361.37021.98141.00191.5672-0.0671-0.03560.03050.02540.1166-0.38270.13360.6884-0.050.38360.0090.01530.6680.01050.503651.745-9.4451-9.6022
154.7221-1.9181-1.96631.72852.17762.96880.51630.00440.1547-0.4037-0.1005-0.8360.07240.0616-0.36190.54560.00990.04840.62330.09630.619852.2979-22.9997-28.0072
161.25860.4885-0.22971.7840.47655.9252-0.1446-0.3192-0.08420.1626-0.28050.21240.4293-0.02420.18740.61520.0256-0.04090.49460.09040.580537.7564-33.1741-8.4321
178.34761.8507-1.04455.3458-0.49370.6465-0.2972-0.29690.2483-0.00010.0907-0.28110.1650.47390.18310.41060.0496-0.03440.6018-0.04320.346264.4354-12.4817-62.8995
189.0284-4.8643-6.56226.08051.98468.2281-0.9681-0.5864-1.37520.8660.13120.04241.5761.89360.95550.640.1159-0.03560.91440.09851.164574.5481-22.2912-61.2718
195.0463-3.1982-4.47563.86922.13377.6267-0.0511.5033-0.07650.1285-0.5752-0.18320.1384-0.07680.26630.47920.05530.05710.82990.00280.569768.3152-12.7783-62.8733
206.97210.63891.69460.676-0.8691.6794-0.0966-0.62910.2790.2841-0.05680.3095-0.220.18410.130.628-0.04940.09040.6972-0.10020.63254.2123-3.7556-60.2971
213.97612.7716-1.37499.43870.77974.77020.1447-0.0411-0.2893-0.5018-0.2055-0.4099-0.32310.76020.05680.33630.0540.04980.83360.05680.643465.1258-7.0207-68.6602
223.12450.5959-2.25661.6878-1.0862.3239-0.2901-0.0563-0.7760.1532-0.5668-0.32671.20781.45410.77830.58560.1604-0.03660.58810.00830.711359.9249-26.3002-52.5894
232.91811.5997-3.32654.6873-4.1374.6426-0.5105-0.5663-0.13740.0572-0.8494-0.7950.22070.73131.26640.58140.0616-0.07010.4723-0.01430.530850.2279-29.7775-39.1535
242.38260.65570.95512.1219-2.18197.66360.22390.5625-0.1827-0.53790.21770.08370.0389-0.4835-0.34090.63340.04810.00770.4941-0.15830.547346.6079-27.2485-77.4495
253.1180.9036-1.76211.7452-2.1736.88610.1530.12320.1447-0.2918-0.08250.20450.04890.1639-0.17490.40140.0292-0.00910.61480.00970.474440.0796-16.9789-66.0927
262.11781.91310.1422.48241.56462.66780.74410.50022.0371-0.58860.02251.99591.7951-1.0508-0.46960.67480.0647-0.22971.30750.31611.063335.0966-14.6299-88.2168
274.8662-1.5804-0.41832.2389-0.35753.22470.04290.6816-0.009-0.5839-0.01410.27470.3932-0.0983-0.02620.48310.0166-0.05150.62140.00160.617235.7136-13.8759-77.6327
285.8242-0.7446-0.29421.1202-0.49432.13750.06530.41770.5906-0.01770.03820.1770.2371-0.2339-0.02090.40730.05790.01880.63310.00360.521537.4376-8.3428-67.5055
291.83311.084-0.27191.4185-1.47171.72940.02870.2164-0.27760.0870.31140.26890.0359-0.22-0.27150.5946-0.01280.0240.7364-0.08670.640837.1099-24.7854-53.7581
301.42640.23420.15512.9842-2.85594.4278-0.07560.2935-0.1352-0.5333-0.3303-0.34530.72270.01920.26860.71710.10340.0090.4953-0.12880.62452.0492-31.7147-69.2798
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 25 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 42 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 43 through 67 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 68 through 83 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 84 through 97 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 98 through 128 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 129 through 140 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 141 through 166 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 167 through 196 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 197 through 218 )A0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 219 through 249 )A0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 5 through 81 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 82 through 127 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 128 through 176 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 177 through 203 )B0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 204 through 264 )B0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 4 through 66 )C0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 67 through 83 )C0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 84 through 97 )C0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 98 through 147 )C0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 148 through 166 )C0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 167 through 191 )C0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 192 through 218 )C0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 219 through 247 )C0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 5 through 66 )D0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 67 through 81 )D0
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 82 through 126 )D0
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 127 through 176 )D0
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 177 through 205 )D0
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 206 through 264 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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