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- PDB-5cw4: Structure of CfBRCC36-CfKIAA0157 complex (Selenium Edge) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cw4
タイトルStructure of CfBRCC36-CfKIAA0157 complex (Selenium Edge)
要素
  • BRCA1/BRCA2-containing complex subunit 3
  • Protein FAM175B
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Metal dependent enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


BRISC complex / BRCA1-A complex / attachment of spindle microtubules to kinetochore / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ / metal-dependent deubiquitinase activity / protein K63-linked deubiquitination / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / polyubiquitin modification-dependent protein binding / mitotic spindle assembly / spindle pole ...BRISC complex / BRCA1-A complex / attachment of spindle microtubules to kinetochore / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ / metal-dependent deubiquitinase activity / protein K63-linked deubiquitination / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / polyubiquitin modification-dependent protein binding / mitotic spindle assembly / spindle pole / microtubule binding / cysteine-type deubiquitinase activity / cell division / DNA repair / proteolysis / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / BRISC complex subunit FAM175B, helical domain / Brcc36 isopeptidase / BRCC36, C-terminal helical domain / BRCC36 C-terminal helical domain / FAM175 family / BRCA1-A complex subunit Abraxas 1 MPN domain / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / : ...: / BRISC complex subunit FAM175B, helical domain / Brcc36 isopeptidase / BRCC36, C-terminal helical domain / BRCC36 C-terminal helical domain / FAM175 family / BRCA1-A complex subunit Abraxas 1 MPN domain / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / : / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BRISC complex subunit FAM175B / Lys-63-specific deubiquitinase BRCC36
類似検索 - 構成要素
生物種Camponotus floridanus (アリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.543 Å
データ登録者Zeqiraj, E.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015
タイトル: Higher-Order Assembly of BRCC36-KIAA0157 Is Required for DUB Activity and Biological Function.
著者: Zeqiraj, E. / Tian, L. / Piggott, C.A. / Pillon, M.C. / Duffy, N.M. / Ceccarelli, D.F. / Keszei, A.F. / Lorenzen, K. / Kurinov, I. / Orlicky, S. / Gish, G.D. / Heck, A.J. / Guarne, A. / ...著者: Zeqiraj, E. / Tian, L. / Piggott, C.A. / Pillon, M.C. / Duffy, N.M. / Ceccarelli, D.F. / Keszei, A.F. / Lorenzen, K. / Kurinov, I. / Orlicky, S. / Gish, G.D. / Heck, A.J. / Guarne, A. / Greenberg, R.A. / Sicheri, F.
履歴
登録2015年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月30日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BRCA1/BRCA2-containing complex subunit 3
B: Protein FAM175B
C: BRCA1/BRCA2-containing complex subunit 3
D: Protein FAM175B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,4187
ポリマ－124,1684
非ポリマー2503
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20120 Å2
ΔGint-171 kcal/mol
Surface area42480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.106, 116.287, 231.538
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 BRCA1/BRCA2-containing complex subunit 3


分子量: 29288.389 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Camponotus floridanus (アリ) / 遺伝子: EAG_15736
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: E2AXC7
#2: タンパク質 Protein FAM175B


分子量: 32795.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Camponotus floridanus (アリ) / 遺伝子: EAG_01033
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: E2AB17
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Na HEPES (pH 7.0), 10% w/v PEG4000 and 10% (v/v) 2-propanol
PH範囲: 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→46.44 Å / Num. obs: 84216 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 71.92 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 1.906 / Net I/σ(I): 13.74 / Num. measured all: 243850
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.54-2.610.4521.1691.0217408633960201.42595
2.61-2.680.5590.9581.2517983619761461.16899.2
2.68-2.760.6640.6871.7417210607760210.84199.1
2.76-2.840.7460.5052.2215543580557440.62698.9
2.84-2.940.8760.3613.2217089572356710.43999.1
2.94-3.040.9220.2644.4816189541053640.32199.1
3.04-3.150.9570.1766.3615679535852940.21598.8
3.15-3.280.9770.1328.3814543503949690.16298.6
3.28-3.430.990.08911.5913370489747970.1198
3.43-3.60.9930.06615.4612919471445810.08197.2
3.6-3.790.9960.05219.913010439743240.06498.3
3.79-4.020.9960.04423.1812156417541110.05398.5
4.02-4.30.9980.03427.2111198396238640.04297.5
4.3-4.640.9980.02930.059529369735670.03696.5
4.64-5.090.9980.02733.889836336332990.03398.1
5.09-5.690.9980.02932.78884305029930.03598.1
5.69-6.570.9980.02931.537359268426000.03696.9
6.57-8.040.9990.02336.576294227622010.02996.7
8.04-11.370.9990.01941.135054175717360.02398.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XDSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.543→46.44 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.05 / 位相誤差: 26.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2401 2093 2.49 %
Rwork0.1889 82108 -
obs0.1901 84201 98.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 344.33 Å2 / Biso mean: 93.755 Å2 / Biso min: 37.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.543→46.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7606 0 29 4 7639
Biso mean--101.03 71.58 -
残基数----970
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037763
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55410480
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0211251
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021331
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8762854
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5432-2.60240.41350.32525269540494
2.6024-2.66740.3761400.31875540568099
2.6674-2.73960.34391350.28055504563999
2.7396-2.82020.27291380.28265556569499
2.8202-2.91120.32341450.26725528567399
2.9112-3.01520.31951410.25355528566999
3.0152-3.13590.28771400.235573571399
3.1359-3.27860.24581370.21545449558699
3.2786-3.45140.25141390.19945472561198
3.4514-3.66760.24961360.18365441557798
3.6676-3.95060.2331430.17415499564298
3.9506-4.34790.21321410.15985447558898
4.3479-4.97640.18951400.14595444558497
4.9764-6.26730.25871380.18585471560998
6.2673-46.44760.2081450.16865387553297
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.6832-0.71881.72296.0353-2.71856.21430.0462-0.05650.69230.16190.0515-0.0889-0.8008-0.0727-0.02510.39090.07970.04710.5076-0.03090.644756.9378128.7329-23.1642
23.98720.1228-0.43415.1337-0.84465.4580.16150.1240.29590.07890.07450.801-0.3364-0.4389-0.2630.39840.0523-0.01480.5469-0.04330.581549.1238124.0735-21.6246
32.23930.75411.55351.15791.1788.21490.06750.34870.1103-0.05020.1539-0.10450.03840.9153-0.23790.30710.07150.01140.6334-0.03790.558772.7212117.1043-19.8711
43.32421.20832.54524.5564-0.27627.68550.3380.4055-0.544-0.0102-0.08180.15150.84710.5085-0.37910.42980.1056-0.04550.4561-0.11250.515962.5612102.818-21.5806
51.41.15930.59383.94140.52386.46670.01460.1449-0.6806-0.31630.097-0.21350.88590.6157-0.02870.69540.1546-0.08380.6277-0.17080.761462.183196.0878-28.367
63.60033.5668-2.54549.92490.65413.31110.0294-0.1317-1.6622-0.00520.1305-0.32431.77240.84390.19111.11030.2021-0.11720.6326-0.13060.841559.88388.1721-27.8722
73.5553-1.12880.91346.9709-0.72364.11230.2245-0.0467-0.5772-0.00850.06850.34050.9154-0.1704-0.25150.4859-0.0180.05060.477-0.01350.500956.0701101.0371-17.4053
84.54912.7619-2.6372.6889-3.97046.50180.0204-0.6635-0.32930.30750.0389-0.22390.5431.12190.02940.52460.1751-0.02140.7379-0.16140.709782.9279109.9406-11.3768
95.20972.08795.62962.63332.07179.5247-0.10370.51640.2652-0.66350.05570.0358-0.0490.37010.01920.53160.17890.06350.6988-0.06580.654268.3112111.3884-38.3206
102.07790.5643-0.86864.0119-3.37723.24010.4748-0.2071-0.35320.32840.18110.61951.7391-0.1409-0.67841.1231-0.08190.03840.5013-0.02120.799866.8295108.143632.5122
116.1253-2.3876-1.27188.71280.89575.8767-0.1859-0.48320.16290.98550.4919-0.30181.9090.3403-0.33131.3350.0477-0.0870.5439-0.09120.755772.3463100.025632.5215
127.76836.5339-3.32855.8591-1.19859.6740.2192-0.10050.12180.4985-0.7407-1.14072.5421-0.7758-0.06391.5429-0.4959-0.17311.203-0.0311.477656.1308100.716827.5858
130.06440.49110.25330.9217-0.16076.68720.05730.0358-0.03960.28980.20560.33391.1731-0.0735-0.16240.72310.0564-0.03220.6429-0.02850.793570.2655111.010821.3718
144.9551-0.25212.97713.82.05093.0594-0.1665-0.53150.43730.58050.3276-0.1283-0.65591.51150.16740.8413-0.1880.1011.1263-0.13430.668983.6328128.128341.103
152.14791.06221.21393.4139-0.756.47220.1164-0.28480.71970.66310.06341.0066-1.781-0.2250.01211.01140.07160.30030.5497-0.0880.953867.8153133.701232.6161
167.3027-3.91871.96275.8586-4.55166.5430.2014-0.29530.75140.41750.0445-0.5752-0.90981.161-0.33940.9087-0.25690.04710.9619-0.20350.78882.2843127.613611.9169
171.8565-0.163-0.12751.6814-0.02072.6258-0.131-0.0349-0.37440.1664-0.01580.0890.73252.10460.31950.56660.1282-0.04841.0434-0.08570.626284.2384120.523637.7891
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 82 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 83 through 166 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 167 through 250 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 3 through 42 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 53 through 112 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 113 through 129 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 130 through 188 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 189 through 223 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 224 through 272 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 6 through 42 )C0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 43 through 97 )C0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 98 through 117 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 118 through 218 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 219 through 251 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 5 through 181 )D0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 182 through 218 )D0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 219 through 271 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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