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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5cvu | ||||||
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タイトル | sinpyl alcohol bound monolignol 4-O-methyltransferase 5 | ||||||
要素 | (Iso)eugenol O-methyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / monolignol 4-O-methyltransferase / sinapyl alcohol / lignin / s-adenosylmethionine | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 (iso)eugenol O-methyltransferase / (iso)eugenol O-methyltransferase activity / : / : / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / methylation / protein dimerization activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Clarkia breweri (植物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Cai, Y. / Liu, C.-J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of sinapyl alcohol bound monolignol 4-O-methyltransferase at 1.60 Angstroms resolution 著者: Cai, Y. / Liu, C.-J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5cvu.cif.gz | 293.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5cvu.ent.gz | 237 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5cvu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5cvu_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5cvu_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5cvu_validation.xml.gz | 66.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5cvu_validation.cif.gz | 86.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/5cvu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/5cvu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | ( 分子量: 40042.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Clarkia breweri (植物) / 遺伝子: IEMT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O04385, (iso)eugenol O-methyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-55B / #3: 化合物 | ChemComp-SAH / #4: 化合物 | ChemComp-NO3 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.72 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: MOMT5 was grown via a hanging-drop vapor diffusion method in 22% (w/v) PEG 4000, 0.3 M Mg(NO3)2 (pH 7.2), and 1 mM DTT with 1 mM SAH and 1 mM sinapyl alcohol PH範囲: 7.0-7.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→75.81 Å / Num. obs: 156919 / % possible obs: 88.9 % / 冗長度: 5.59 % / Net I/σ(I): 13.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→75.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.381 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→75.81 Å
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拘束条件 |
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