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- PDB-5cvi: Structure of the manganese regulator SloR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cvi
タイトルStructure of the manganese regulator SloR
要素SloR
キーワードTranscription regulator / manganese regulator / DtxR family
機能・相同性
機能・相同性情報


transition metal ion binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
FeoA domain / Ferrous iron transport protein A (FeoA) / Ferrous iron transporter, core domain / Ferrous iron transporter FeoA domain / FeoA / : / DtxR-type HTH domain profile. / DTXR-type HTH domain / Iron dependent repressor, N-terminal DNA binding domain / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain ...FeoA domain / Ferrous iron transport protein A (FeoA) / Ferrous iron transporter, core domain / Ferrous iron transporter FeoA domain / FeoA / : / DtxR-type HTH domain profile. / DTXR-type HTH domain / Iron dependent repressor, N-terminal DNA binding domain / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Iron dependent repressor / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain superfamily / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Helix-turn-helix diphteria tox regulatory element / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / SH3 type barrels. / Arc Repressor Mutant, subunit A / Roll / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Manganese transport regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.804 Å
データ登録者Nye, D. / Glasfeld, A.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: SloR structure and DNA binding studies inform the SloR-SRE interaction in Streptococcus mutans
著者: Spatafora, G. / Corbett, J. / Cornacchione, L.P. / Daly, W.C. / Galan-Donlo, D. / Wysota, M. / Tivnan, P. / Collins, J. / Nye, D. / Levitz, T. / Breyer, W.A. / Glasfeld, A.
履歴
登録2015年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SloR
B: SloR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,90511
ポリマ－50,3202
非ポリマー5859
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2390 Å2
ΔGint-219 kcal/mol
Surface area22440 Å2
手法PISA
2
A: SloR
ヘテロ分子

B: SloR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,90511
ポリマ－50,3202
非ポリマー5859
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x+1/2,-y+1/2,-z+3/41
Buried area1090 Å2
ΔGint-229 kcal/mol
Surface area23740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.432, 60.432, 298.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 SloR


分子量: 25160.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
遺伝子: sloR / プラスミド: pSMT3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KIJ2
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 12% PEG 3350, 40 mM lithium sulfate, 1 mM zinc chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→59.23 Å / Num. obs: 25853 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 2.8→2.96 Å / Rmerge(I) obs: 0.532 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.804→59.23 Å / FOM work R set: 0.8545 / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2584 1307 5.06 %
Rwork0.1997 24546 -
obs0.2025 25853 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 128.9 Å2 / Biso mean: 35.99 Å2 / Biso min: 0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.804→59.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3470 0 18 32 3520
Biso mean--27.92 21.9 -
残基数----427
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033539
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5654766
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044539
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001604
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3231366
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8037-2.9160.34191630.26212632279597
2.916-3.04870.30751570.234527522909100
3.0487-3.20940.28931340.224927422876100
3.2094-3.41050.28241230.219827542877100
3.4105-3.67380.29841540.209727102864100
3.6738-4.04340.24021550.184527432898100
4.0434-4.62830.23081340.174427382872100
4.6283-5.83040.26091650.182927042869100
5.8304-59.24570.20241220.197327712893100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.60021.6399-0.21272.83780.84232.38190.2839-0.57550.58390.0675-0.26060.2406-0.7061-0.0640.02820.3606-0.04480.0690.3853-0.13250.344829.8471-0.6571124.8745
20.0978-0.3144-0.27681.10910.44193.56070.1817-0.1969-0.05430.3302-0.0288-0.0522-0.13470.0938-0.11360.1952-0.0775-0.05970.2256-0.0350.152650.3958-4.2181125.361
35.7866-0.06421.88482.32360.7981.80340.36030.1172-0.2233-0.0419-0.1411-0.11110.1343-0.1473-0.18960.32270.0027-0.02020.23080.06010.207435.85016.994483.8039
40.8370.50480.30481.75652.21284.37160.03390.0813-0.0109-0.33150.0825-0.0887-0.27940.1204-0.15140.1748-0.016-0.00910.1220.01170.166250.6211-7.574282.3768
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 3:67)A3 - 67
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 68:214)A68 - 214
3X-RAY DIFFRACTION3(chain B and resid 1:70)B1 - 70
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 71:215)B71 - 215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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