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- PDB-5cuw: Crystal structure of Sortase E1 from Streptomyces coelicolor with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cuw
タイトルCrystal structure of Sortase E1 from Streptomyces coelicolor with tripeptide in the active site
要素SrtE1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / sortase / class E / SrtE / transpeptidase / aminoacyltransferase / cysteine endopeptidase / bacterial protein / protein binding / catalytic domain / beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


sortase A / peptidase activity / membrane => GO:0016020 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sortase E / Sortase; Chain: A; / Sortase / Sortase family / Sortase domain superfamily / Sortase domain / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.887 Å
データ登録者Kattke, M.D. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Clubb, R.T.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of the first class E sortase transpeptidase, SrtE1 from Streptomyces coelicolor
著者: Kattke, M.D. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Elliot, M.A. / Clubb, R.T.
履歴
登録2015年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SrtE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3412
ポリマ－21,2491
非ポリマー921
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.110, 104.300, 79.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-537-

HOH

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要素

#1: タンパク質 SrtE1 / Putative integral membrane protein


分子量: 21249.221 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 162-352 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (バクテリア)
株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: SCO3850 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9XA14
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 断片: GOL / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.23 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 50 mM HEPES, pH 7.5, 1.4 M sodium citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→43.53 Å / Num. obs: 17717 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 26.16 Å2 / Rmerge F obs: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Rrim(I) all: 0.207 / Χ2: 1.059 / Net I/σ(I): 6.82 / Num. measured all: 104280
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.88-1.930.651.1081.38355713269161.26269.1
1.93-1.980.7710.83826091129012890.93999.9
1.98-2.040.8310.6762.465794125712510.7699.5
2.04-2.10.8160.5942.865567122312110.6799
2.1-2.170.8880.5113.184972118611730.58198.9
2.17-2.250.9040.5823.936742115211450.63699.4
2.25-2.330.9250.5554.677693111211100.699.8
2.33-2.430.940.4575.377284106510630.49699.8
2.43-2.540.9530.4155.986866101510140.4599.9
2.54-2.660.9490.3516.69688510019980.38199.7
2.66-2.810.9640.2877.3160829399370.31299.8
2.81-2.980.9770.258.5760678918910.271100
2.98-3.180.9770.20110.4956758268250.21899.9
3.18-3.440.9550.15912.153427947930.17399.9
3.44-3.760.9790.13413.6346987167140.14699.7
3.76-4.210.9880.11614.0739286656550.12898.5
4.21-4.860.9850.09315.6537795895880.10299.8
4.86-5.950.9880.09115.6234355125120.099100
5.95-8.420.9890.08415.0724193973930.09399
8.420.9910.08215.6914042452390.0997.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.99 Å47.32 Å
Translation1.99 Å47.32 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.887→43.526 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 26.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2273 879 5 %
Rwork0.1998 16698 -
obs0.2013 17577 97.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 108.74 Å2 / Biso mean: 33.7971 Å2 / Biso min: 15.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.887→43.526 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1213 0 14 37 1264
Biso mean--98.6 33.84 -
残基数----162
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071271
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0891728
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046192
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005223
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.007474
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8871-2.00530.34461310.33922501263289
2.0053-2.16010.30811470.2552785293299
2.1601-2.37750.25621480.2222813296199
2.3775-2.72150.26821490.20662827297699
2.7215-3.42860.2381500.18892848299899
3.4286-43.53730.17191540.16772924307898
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -6.6234 Å / Origin y: -20.9557 Å / Origin z: 6.0701 Å
111213212223313233
T0.1755 Å2-0.0146 Å20.0026 Å2-0.2502 Å20.0122 Å2--0.1759 Å2
L2.1046 °2-0.1137 °20.0383 °2-1.7581 °20.2268 °2--1.5328 °2
S0.0425 Å °0.1492 Å °-0.0475 Å °-0.0584 Å °0.0153 Å °0.0488 Å °0.0084 Å °-0.098 Å °-0.0524 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA168 - 351
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 38
3X-RAY DIFFRACTION1allC1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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