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Yorodumi- PDB-5cuw: Crystal structure of Sortase E1 from Streptomyces coelicolor with... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5cuw | ||||||
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Title | Crystal structure of Sortase E1 from Streptomyces coelicolor with tripeptide in the active site | ||||||
Components | SrtE1 | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / sortase / class E / SrtE / transpeptidase / aminoacyltransferase / cysteine endopeptidase / bacterial protein / protein binding / catalytic domain / beta barrel | ||||||
Function / homology | Function and homology information sortase A / peptidase activity / membrane => GO:0016020 / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptomyces coelicolor (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.887 Å | ||||||
Authors | Kattke, M.D. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Clubb, R.T. | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Crystal structure of the first class E sortase transpeptidase, SrtE1 from Streptomyces coelicolor Authors: Kattke, M.D. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Elliot, M.A. / Clubb, R.T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5cuw.cif.gz | 79.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5cuw.ent.gz | 57 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5cuw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5cuw_validation.pdf.gz | 429.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5cuw_full_validation.pdf.gz | 430.5 KB | Display | |
Data in XML | 5cuw_validation.xml.gz | 8.6 KB | Display | |
Data in CIF | 5cuw_validation.cif.gz | 10.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/5cuw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/5cuw | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 21249.221 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 162-352 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (bacteria) Strain: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / Gene: SCO3850 / Plasmid: pET-15b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9XA14 |
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#2: Chemical | ChemComp-GOL / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.57 Å3/Da / Density % sol: 52.23 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 / Details: 50 mM HEPES, pH 7.5, 1.4 M sodium citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9791 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 12, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.88→43.53 Å / Num. obs: 17717 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 26.16 Å2 / Rmerge F obs: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Rrim(I) all: 0.207 / Χ2: 1.059 / Net I/σ(I): 6.82 / Num. measured all: 104280 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.887→43.526 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32 / Phase error: 26.84 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 108.74 Å2 / Biso mean: 33.7971 Å2 / Biso min: 15.57 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.887→43.526 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -6.6234 Å / Origin y: -20.9557 Å / Origin z: 6.0701 Å
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Refinement TLS group |
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